6bkz

Novel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Non-equivalent Allosteric Inhibition with Cmpd3

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

Homo sapiens

UniProt O75874

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–414 链 B; UniProt 1–414 未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 DWM (7R)-1-[(4-fluorophenyl)methyl]-N-{3-[(1R)-1-hydroxyethyl]phenyl}-7-methyl-5-(1H-pyrrole-2-carbonyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-3-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;290 K;18% PEG8K, 0.2M Calcium Acetate, 0.1M Na Cacodylate pH6.5 分辨率 2.01 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 59 个其他 PDB 条目、92 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IDHC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–414; UniProt 1–414 作者链 B; PDB构建体 1–414; UniProt 1–414

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6bkz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6bkz
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6bkz
沉积日期 deposition_date2017-11-09
结构标题 titleNovel Modes of Inhibition of Wild-Type IDH1: Non-equivalent Allosteric Inhibition with Cmpd3
关键词 keywordsdehydrogenase, inhibitor, OXIDOREDUCTASE, oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex; oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.18
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.40
零角强度 I(0) i0146453000.00
分子量 molecular_weight95334.0 kDa
排除体积 excluded_volume119170 ų
包络体积 envelope_volume146800 ų
水化壳体积 shell_volume41808 ų
包络直径 envelope_diameter95.7
壳层 Rg shell_rg36.86
包络 Rg envelope_rg28.41
形状 Rg shape_rg28.41
总 Rg total_rg29.20
总原子数 total_atoms6702
残基数 n_residues824
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.6
Rg (实空间) rg_real29.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real1.4650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal146500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9070
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.7
偏度 Skewness skewness0.184
峰度 Kurtosis kurtosis-0.486
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha41450000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.957

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6bkza_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family familyc.77.1.1 — Dimeric isocitrate & isopropylmalate dehydrogenases
结构域编号 domain_idd6bkzb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.77 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.77.1 — Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like
家族 Family familyc.77.1.1 — Dimeric isocitrate & isopropylmalate dehydrogenases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6bkzA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Isopropylmalate Dehydrogenase
结构域编号 domain_id6bkzB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)