SAXSdb — 6bnm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 219–377	未记录	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；0.1 M Sodium Acetate pH 5, 3.325 M Sodium Chloride	分辨率 1.90 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PREX2_HUMAN
Isoform	Q70Z35-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–162； UniProt 219–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bnm
沉积日期 deposition_date	2017-11-17
结构标题 title	Crystal Structure of the P-Rex2 PH domain
关键词 keywords	pleckstrin homology domain, beta sandwich, phosphatidylinositol-binding, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.02 Å
零角强度 I(0) i0	5372770.00
分子量 molecular_weight	16272.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20169 Å³
包络体积 envelope_volume	23210 Å³
水化壳体积 shell_volume	13261 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.4 Å
壳层 Rg shell_rg	20.55 Å
包络 Rg envelope_rg	15.32 Å
形状 Rg shape_rg	15.03 Å
总 Rg total_rg	16.03 Å
总原子数 total_atoms	1139
残基数 n_residues	137
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.4 Å
Rg (实空间) rg_real	16.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3730e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5373000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8692
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.192
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.264
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	942900.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.767; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein
分子量 formula_weight	19066.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1213

GEFEKLEVLEEWQSHIEGWEGSNITDTCTEMLMCGVLLKISSGNIQERVFFLFDNLLVYCKRKHRRLKNSKASTDGHRYLFRGRINTEVMEVENVDDGTADFHSSGHIVVNGWKIHNTAKNKWFVCMAKTPEEKHEWFEAILKERERRKGLKLGMEQDTWVM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6bnma1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6bnma2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6bnmA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.105 Å
晶胞边长 b length_b	60.105 Å
晶胞边长 c length_c	86.238 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	52.050 Å
R 因子 r_factor	0.1928
R_work r_work	0.1908
R_free r_free	0.2316

fit	/app/data/saxs_computation/bn/6bnm/6bnm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bn/6bnm/6bnm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bn/6bnm/6bnm.dat

Crystal Structure of the P-Rex2 PH domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction