SAXSdb — 6bog

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase-associated protein RapA

Escherichia coli O45:K1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–968	片段：Full-length 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；Ammonium sulfate, 1,4-Dioxane, Ethylene glycol, MES	分辨率 3.21 Å R-free 0.279
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–968	片段：Full-length 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；Ammonium sulfate, 1,4-Dioxane, Ethylene glycol, MES	分辨率 3.21 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6BOG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8T0L E. coli Sw2/Snf2 ATPase RapA bound to both ADP-AlF3 and reconstituted E. coli RNA polymerase post-termination complex on negatively-supercoiled DNA 提交 2023-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 2–967（966 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAPA_ECO45
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–968； UniProt 1–968 作者链 B； PDB构建体 1–968； UniProt 1–968

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bog
沉积日期 deposition_date	2017-11-20
结构标题 title	Crystal structure of RapA, a Swi2/Snf2 protein that recycles RNA polymerase during transcription
关键词 keywords	hydrolase, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.74 Å
零角强度 I(0) i0	793262000.00
分子量 molecular_weight	222050.0 kDa
排除体积 excluded_volume	273250 Å³
包络体积 envelope_volume	389050 Å³
水化壳体积 shell_volume	74045 Å³
包络直径 envelope_diameter	147.3 Å
壳层 Rg shell_rg	48.27 Å
包络 Rg envelope_rg	44.06 Å
形状 Rg shape_rg	44.72 Å
总 Rg total_rg	44.99 Å
总原子数 total_atoms	15473
残基数 n_residues	1888
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	150.4 Å
Rg (实空间) rg_real	44.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	793200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8140
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.395
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	123900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA polymerase-associated protein RapA
分子量 formula_weight	111023.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15473

MPFTLGQRWISDTESELGLGTVVAVDARTVTLLFPSTGENRLYARSDSPVTRVMFNPGDTITSHDGWQMQVEEVKEENGLLTYIGTRLDTEESGVALREVFLDSKLVFSKPQDRLFAGQIDRMDRFALRYRARKYSSEQFRMPYSGLRGQRTSLIPHQLNIAHDVGRRHAPRVLLADEVGLGKTIEAGMILHQQLLSGAAERVLIIVPETLQHQWLVEMLRRFNLRFALFDDERYAEAQHDAYNPFDTEQLVICSLDFARRSKQRLEHLCEAEWDLLVVDEAHHLVWSEDAPSREYQAIEQLAEHVPGVLLLTATPEQLGMESHFARLRLLDPNRFHDFAQFVEEQKNYRPVADAVAMLLAGNKLSNDELNMLGEMIGEQDIEPLLQAANSDSEDAQSARQELVSMLMDRHGTSRVLFRNTRNGVKGFPKRELHTIKLPLPTQYQTAIKVSGIMGARKSAEDRARDMLYPERIYQEFEGDNATWWNFDPRVEWLMGYLTSHRSQKVLVICAKAATALQLEQVLREREGIRAAVFHEGMSIIERDRAAAWFAEEDTGAQVLLCSEIGSEGRNFQFASHMVMFDLPFNPDLLEQRIGRLDRIGQAHDIQIHVPYLEKTAQSVLVRWYHEGLDAFEHTCPTGRTIYDSVYNDLINYLASPDQTEGFDDLIKNCREQHEALKAQLEQGRDRLLEIHSNGGEKAQALAESIEEQDDDTNLIAFAMNLFDIIGINQDDRGDNMIVLTPSDHMLVPDFPGLSEDGITITFDREVALAREDAQFITWEHPLIRNGLDLILSGDTGSSTISLLKNKALPVGTLLVELIYVVEAQAPKQLQLNRFLPPTPVRMLLDKNGNNLAAQVEFETFNRQLNAVNRHTGSKLVNAVQQDVHAILQLGEAQIEKSARALIDAARNEADEKLSAELSRLEALRAVNPNIRDDELTAIESNRQQVMESLDQAGWRLDALRLIVVTHQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O45:K1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	585035
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	6bogA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	6bogA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

结构域编号 domain_id	6bogA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10810 — Tandem AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	6bogA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6bogA06
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2230 —

结构域编号 domain_id	6bogA07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	6bogA08
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 —

结构域编号 domain_id	6bogB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	6bogB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	930 —

结构域编号 domain_id	6bogB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10810 — Tandem AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	6bogB05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6bogB06
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2230 —

结构域编号 domain_id	6bogB07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	6bogB08
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1500 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	123.856 Å
晶胞边长 b length_b	123.856 Å
晶胞边长 c length_c	187.994 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.205 Å
最低分辨率 resolution_low	29.193 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2437
R_free r_free	0.2789

fit	/app/data/saxs_computation/bo/6bog/6bog.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bo/6bog/6bog.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bo/6bog/6bog.dat

Crystal structure of RapA, a Swi2/Snf2 protein that recycles RNA polymerase during transcription

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase-associated protein RapA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction