SAXSdb — 6boz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-lysine methyltransferase KMT5A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 232–393 链 B； UniProt 232–393	片段：human SETD8 catalytic domain (232-393) 突变：C343S	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 E1J N-(3-{[7-(2-aminoethoxy)-6-methoxy-2-(pyrrolidin-1-yl)quinazolin-4-yl]amino}propyl)prop-2-enamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；290 K；20% (w/v) PEG 6,000, 0.2 M MgCl, 0.1 M HEPES (pH 7.0)	分辨率 2.40 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6BOZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZKK Crystal structure of hSET8 in ternary complex with H4 peptide (16-24) and AdoHcy 提交 2005-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 231–393（163 aa）片段：sequence database residues 231-393 链 B 231–393（163 aa）片段：sequence database residues 231-393 链 C 231–393（163 aa）片段：sequence database residues 231-393 链 D 231–393（163 aa）片段：sequence database residues 231-393	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；pentaerythritol ethoxylate, ammonium sulfate, Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.199
3F9W Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y334F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.206
3F9W Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y334F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.206
3F9W Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y334F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.206
3F9W Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y334F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.206
3F9X Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20me2 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y334F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.25 Å R-free 0.207
3F9X Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20me2 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y334F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.25 Å R-free 0.207
3F9X Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20me2 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y334F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.25 Å R-free 0.207
3F9X Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20me2 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y334F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.25 Å R-free 0.207
3F9Y Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20me1 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y334F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.220
3F9Y Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y334F / H4-Lys20me1 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y334F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.220
3F9Z Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y245F / H4-Lys20 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y245F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.257
3F9Z Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y245F / H4-Lys20 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y245F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.257
3F9Z Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y245F / H4-Lys20 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y245F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.257
3F9Z Structural Insights into Lysine Multiple Methylation by SET Domain Methyltransferases, SET8-Y245F / H4-Lys20 / AdoHcy 提交 2008-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 232–393（162 aa）片段：SET domain: UNP residues 232-393	突变：Y245F	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；25% Pentaerythritol ethoxylate, 50mM Ammonium sulfate, 50mM Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.257
4IJ8 Crystal structure of the complex of SETD8 with SAM 提交 2012-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–393（162 aa）链 B 232–393（162 aa）	突变：C343S 突变：C343S	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；1.2 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 10-fold excess SAM, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.199
5HQ2 Structural model of Set8 histone H4 Lys20 methyltransferase bound to nucleosome core particle 提交 2016-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric	链 M 153–352（200 aa）	突变：H347F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.5；277 K；25 mM sodium acetate pH 5.5, 40 mM sodium citrate,1 mM DTT, 6% PEG2000-MME	分辨率 4.50 Å R-free 0.397
5T5G human SETD8 in complex with MS2177 提交 2016-08-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 234–380（147 aa）片段：UNP residues 234-380	突变：C343S	UNX UNKNOWN LIGAND × 12 75P 7-(2-aminoethoxy)-6-methoxy-2-(pyrrolidin-1-yl)-N-[5-(pyrrolidin-1-yl)pentyl]quinazolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；30% PEG-2000-MME, 0.1 M postassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
5TEG Crystal structure of hSETD8 in complex with histone H4K20 norleucine mutant peptide and S-Adenosylmethionine 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 234–393（160 aa）片段：unp residues 234-393	突变：C302S	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；33% (v/v) Pentaerythritol ethoxylate, 50 mM ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 1.30 Å R-free 0.210
5TEG Crystal structure of hSETD8 in complex with histone H4K20 norleucine mutant peptide and S-Adenosylmethionine 提交 2016-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 234–393（160 aa）片段：unp residues 234-393	突变：C302S	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；290 K；33% (v/v) Pentaerythritol ethoxylate, 50 mM ammonium sulfate, 50 mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 1.30 Å R-free 0.210
5TH7 Complex of SETD8 with MS453 提交 2016-09-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 234–380（147 aa）片段：UNP residues 234-380 链 B 234–380（147 aa）片段：UNP residues 234-380	突变：C302S 突变：C302S	7BY N-(3-{[6,7-dimethoxy-2-(pyrrolidin-1-yl)quinazolin-4-yl]amino}propyl)propanamide × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 21 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；291 K；20% PEG-3350, 0.2 M ammonium fluoride, 0.1 M sodium cacodylate	分辨率 1.95 Å R-free 0.237
5V2N Crystal Structure of APO Human SETD8 提交 2017-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 231–393（163 aa）片段：UNP residues 231-393	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEGMME 550, 5% ethylene glycol, and 100 mM TRIS (pH 8.2-8.8)	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
5W1Y SETD8 in complex with a covalent inhibitor 提交 2017-06-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–393（162 aa）链 B 232–393（162 aa）	突变：C343S 突变：C343S	9SV 2-(4-methylpiperazin-1-yl)-3-(phenylsulfanyl)naphthalene-1,4-dione × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 36	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M sodium fluoride, 20% PEG-3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.237
7D1Z Cryo-EM structure of SET8-nucleosome complex 提交 2020-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–352（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
7D20 Cryo-EM structure of SET8-CENP-A-nucleosome complex 提交 2020-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–352（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7XPX Cryo-EM structure of the histone methyltransferase SET8 bound to H4K20Ecx-nucleosome 提交 2022-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 194–393（200 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9CR7 Structure of human SETD8 in complex with covalent inhibitor AM2928 提交 2024-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–380（149 aa）链 B 232–380（149 aa）	未记录	E1J N-(3-{[7-(2-aminoethoxy)-6-methoxy-2-(pyrrolidin-1-yl)quinazolin-4-yl]amino}propyl)prop-2-enamide × 1 H81 N-(3-{[7-(2-aminoethoxy)-6-methoxy-2-(pyrrolidin-1-yl)quinazolin-4-yl]amino}propyl)prop-2-ynamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；290 K；20% PEG 3350 and 0.2 M Lithium Nitrate	分辨率 2.05 Å R-free 0.233

共 16 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KMT5A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 28–189； UniProt 232–393 作者链 B； PDB构建体 28–189； UniProt 232–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6boz
沉积日期 deposition_date	2017-11-21
结构标题 title	Structure of human SETD8 in complex with covalent inhibitor MS4138
关键词 keywords	protein-small molecule inhibitor complex, TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.48 Å
零角强度 I(0) i0	18300400.00
分子量 molecular_weight	31631.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39336 Å³
包络体积 envelope_volume	47586 Å³
水化壳体积 shell_volume	19931 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.26 Å
包络 Rg envelope_rg	20.83 Å
形状 Rg shape_rg	20.46 Å
总 Rg total_rg	21.37 Å
总原子数 total_atoms	2225
残基数 n_residues	273
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.7 Å
Rg (实空间) rg_real	21.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8737
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.439
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.266
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5649000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.967

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	N-lysine methyltransferase KMT5A
分子量 formula_weight	21748.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-,2.1.1.43
突变 mutation	C343S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2299

MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSRKSKAELQSEERKRIDELIESGKEEGMKIDLIDGKGRGVIATKQFSRGDFVVEYHGDLIEITDAKKREALYAQDPSTGCYMYYFQYLSKTYCVDATRETNRLGRLINHSKSGNCQTKLHDIDGVPHLILIASRDIAAGEELLYDYGDRSKASIEAHPWLKH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-(3-{[7-(2-aminoethoxy)-6-methoxy-2-(pyrrolidin-1-yl)quinazolin-4-yl]amino}propyl)prop-2-enamide
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6bozA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	6bozB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	31.560 Å
晶胞边长 b length_b	68.060 Å
晶胞边长 c length_c	125.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	62.950 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1787
R_free r_free	0.2419

fit	/app/data/saxs_computation/bo/6boz/6boz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bo/6boz/6boz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bo/6boz/6boz.dat

Structure of human SETD8 in complex with covalent inhibitor MS4138

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-lysine methyltransferase KMT5A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction