6bpg

Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa with bound rubidium ions

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	RUBIDIUM ION × 8	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	RUBIDIUM ION × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BETB_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–490； UniProt 1–490 作者链 B； PDB构建体 1–490； UniProt 1–490 作者链 C； PDB构建体 1–490； UniProt 1–490 作者链 D； PDB构建体 1–490； UniProt 1–490 作者链 E； PDB构建体 1–490； UniProt 1–490 作者链 F； PDB构建体 1–490； UniProt 1–490 作者链 G； PDB构建体 1–490； UniProt 1–490 作者链 H； PDB构建体 1–490； UniProt 1–490

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bpg
沉积日期 deposition_date	2017-11-23
结构标题 title	Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa with bound rubidium ions
关键词 keywords	CATION BINDING SITE, ALDEHYDE DEHYDROGENASE, BADH, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6bpg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6bpg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6bpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.28 Å
Rg（电子密度）	36.37 Å
总 Rg	36.88 Å
原子数	14984
残基数	1956
排除体积	266400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6bpg__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6bpg__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase
分子量 formula_weight	53390.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	29968

MARFEEQKLYIGGRYVEASSGATFETINPANGEVLAKVQRASREDVERAVQSAVEGQKVWAAMTAMQRSRILRRAVDILRERNDELAALETLDTGKPLAETRSVDIVTGADVLEYYAGLVPAIEGEQIPLRETSFVYTRREPLGVVAGIGAWNYPVQIALWKSAPALAAGNAMIFKPSEVTPLTALKLAEIYTEAGVPDGVFNVLTGSGREVGQWLTEHPLIEKISFTGGTSTGKKVMASASSSSLKEVTMELGGKSPLIIFPDADLDRAADIAVMANFFSSGQVCTNGTRVFIHRSQQARFEAKVLERVQRIRLGDPQDENTNFGPLVSFPHMESVLGYIESGKAQKARLLCGGERVTDGAFGKGAYVAPTVFTDCRDDMTIVREEIFGPVMSILVYDDEDEAIRRANDTEYGLAAGVVTQDLARAHRAIHRLEAGICWINTWGESPAEMPVGGYKQSGVGRENGLTTLAHYTRIKSVQVELGDYASVF

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	RUBIDIUM ION
分子量 formula_weight	85.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6bpga_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6bpgb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6bpgc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6bpgd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6bpge_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6bpgf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6bpgg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6bpgh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.82 — ALDH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.82.1 — ALDH-like
家族 Family family	c.82.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6bpgA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bpgA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	6bpgB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bpgB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	6bpgC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bpgC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	6bpgD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bpgD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	6bpgE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bpgE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	6bpgF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bpgF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	6bpgG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bpgG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	6bpgH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	605 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6bpgH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	309 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2

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晶胞边长 a length_a	325.954 Å
晶胞边长 b length_b	130.358 Å
晶胞边长 c length_c	100.695 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.086 Å
最低分辨率 resolution_low	29.220 Å
R 因子 r_factor	0.1835
R_work r_work	0.1808
R_free r_free	0.2340

Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa with bound rubidium ions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6bpg__assembly_1__model_1

6bpg__assembly_1__model_1 | I(q)

6bpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of betaine aldehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa with bound rubidium ions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6bpg__assembly_1__model_1

6bpg__assembly_1__model_1 | I(q)

6bpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)