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6bq1

Human PI4KIIIa lipid kinase complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 255.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4-kinase III alpha (PI4KA)

Homo sapiens

UniProt P42356

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 932–2102 链 E； UniProt 932–2102 未记录 Tetratricopeptide repeat protein 7B × 2 （Q86TV6） Protein FAM126A × 2 （Q9BYI3） E4S 5-{2-amino-1-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]-1H-benzimidazol-6-yl}-N-(2-fluorophenyl)-2-methoxypyridine-3-sulfonamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6BQ1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9B9G Structure of the PI4KA complex bound to Calcineurin 提交 2024-04-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–2102（2102 aa）
链 B 1–2102（2102 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1 s
分辨率 3.50 Å
9BAX PI4KA complex bound to C-terminus of EFR3A 提交 2024-04-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–2102（2102 aa）
链 B 1–2102（2102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1.5 s
分辨率 3.65 Å
9OT6 Cryo-EM structure of the PI4KA complex bound to an EFR3 interfering nanobody (F3IN) 提交 2025-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–2102（2102 aa）
链 B 1–2102（2102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1.5 s.
分辨率 3.54 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PI4KA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1, 4
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 477–1647； UniProt 932–2102 作者链 E； PDB构建体 478–1648； UniProt 932–2102

Tetratricopeptide repeat protein 7B

Homo sapiens

UniProt Q86TV6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–843 链 F； UniProt 1–843 未记录 Phosphatidylinositol 4-kinase III alpha (PI4KA) × 1 （P42356） Protein FAM126A × 2 （Q9BYI3） Phosphatidylinositol 4-kinase III alpha (PI4KA) × 1 （P42356） E4S 5-{2-amino-1-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]-1H-benzimidazol-6-yl}-N-(2-fluorophenyl)-2-methoxypyridine-3-sulfonamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6BQ1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5DSE Crystal Structure of the TTC7B/Hyccin Complex 提交 2015-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–843（837 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.35 ul protein + 1.35 ul mother liquor (0.1 M HEPES [pH 7.0-7.4], 4-5% polyethylene glycol [PEG] 8,000) + 0.3 ul 0.2 M 3-(1-Pyridino)-1-propane sulfonate (NDSB-201)
分辨率 2.90 Å R-free 0.242
5DSE Crystal Structure of the TTC7B/Hyccin Complex 提交 2015-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 7–843（837 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.35 ul protein + 1.35 ul mother liquor (0.1 M HEPES [pH 7.0-7.4], 4-5% polyethylene glycol [PEG] 8,000) + 0.3 ul 0.2 M 3-(1-Pyridino)-1-propane sulfonate (NDSB-201)
分辨率 2.90 Å R-free 0.242
9B9G Structure of the PI4KA complex bound to Calcineurin 提交 2024-04-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 D 1–843（843 aa）
链 F 1–843（843 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1 s
分辨率 3.50 Å
9BAX PI4KA complex bound to C-terminus of EFR3A 提交 2024-04-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 1–843（843 aa）
链 F 1–843（843 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1.5 s
分辨率 3.65 Å
9OT6 Cryo-EM structure of the PI4KA complex bound to an EFR3 interfering nanobody (F3IN) 提交 2025-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 1–843（843 aa）
链 F 1–843（843 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1.5 s.
分辨率 3.54 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TTC7B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 21–863； UniProt 1–843 作者链 F； PDB构建体 21–863； UniProt 1–843

Protein FAM126A

Homo sapiens

UniProt Q9BYI3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–289 链 G； UniProt 2–289 未记录 Phosphatidylinositol 4-kinase III alpha (PI4KA) × 1 （P42356） Tetratricopeptide repeat protein 7B × 2 （Q86TV6） Phosphatidylinositol 4-kinase III alpha (PI4KA) × 1 （P42356） E4S 5-{2-amino-1-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]-1H-benzimidazol-6-yl}-N-(2-fluorophenyl)-2-methoxypyridine-3-sulfonamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6BQ1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5DSE Crystal Structure of the TTC7B/Hyccin Complex 提交 2015-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–308（307 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.35 ul protein + 1.35 ul mother liquor (0.1 M HEPES [pH 7.0-7.4], 4-5% polyethylene glycol [PEG] 8,000) + 0.3 ul 0.2 M 3-(1-Pyridino)-1-propane sulfonate (NDSB-201)
分辨率 2.90 Å R-free 0.242
5DSE Crystal Structure of the TTC7B/Hyccin Complex 提交 2015-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2–308（307 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.35 ul protein + 1.35 ul mother liquor (0.1 M HEPES [pH 7.0-7.4], 4-5% polyethylene glycol [PEG] 8,000) + 0.3 ul 0.2 M 3-(1-Pyridino)-1-propane sulfonate (NDSB-201)
分辨率 2.90 Å R-free 0.242
9B9G Structure of the PI4KA complex bound to Calcineurin 提交 2024-04-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 E 1–308（308 aa）
链 G 1–308（308 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1 s
分辨率 3.50 Å
9BAX PI4KA complex bound to C-terminus of EFR3A 提交 2024-04-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–308（308 aa）
链 G 1–308（308 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1.5 s
分辨率 3.65 Å
9OT6 Cryo-EM structure of the PI4KA complex bound to an EFR3 interfering nanobody (F3IN) 提交 2025-05-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–308（308 aa） 片段：residues 1-308
链 G 1–308（308 aa） 片段：residues 1-308
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1.5 s.
分辨率 3.54 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HYCCI_HUMAN
Isoform Q9BYI3-3
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 5–292； UniProt 2–289 作者链 G； PDB构建体 5–292； UniProt 2–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6bq1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6bq1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6bq1
沉积日期 deposition_date2017-11-27
结构标题 titleHuman PI4KIIIa lipid kinase complex
关键词 keywordskinase, phosphoinositide synthesis, Transferase-Signaling Protein complex; Transferase/Signaling Protein
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier76.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron76.65 Å
零角强度 I(0) i03903340000.00
分子量 molecular_weight527500.0 kDa
排除体积 excluded_volume659190 ų
包络体积 envelope_volume1131800 ų
水化壳体积 shell_volume129640 ų
包络直径 envelope_diameter285.5 Å
壳层 Rg shell_rg67.49 Å
包络 Rg envelope_rg75.26 Å
形状 Rg shape_rg76.65 Å
总 Rg total_rg76.52 Å
总原子数 total_atoms37217
残基数 n_residues5003
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax255.5 Å
Rg (实空间) rg_real76.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.22 Å
I(0) (实空间) i0_real3.9000e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.8780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal74.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3886000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8491
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary73.0 Å
偏度 Skewness skewness0.497
峰度 Kurtosis kurtosis-0.204
角度范围 angular_range— – 0.1050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0106
最高正则化参数 α highest_alpha172900000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.355
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)