6bql

Crystal Structure of the Human CAMKK2B in complex with TAE-226

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2

Homo sapiens

UniProt Q96RR4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 161–449 片段:residues 161-449 BI9 2-({5-CHLORO-2-[(2-METHOXY-4-MORPHOLIN-4-YLPHENYL)AMINO]PYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-N-METHYLBENZAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 NH4 AMMONIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;24% PEG 3350; 0.14 M Ammonium Acetate; 0.1M CHC buffer pH 7.5 分辨率 2.00 Å R-free 0.225
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 161–449 片段:residues 161-449 BI9 2-({5-CHLORO-2-[(2-METHOXY-4-MORPHOLIN-4-YLPHENYL)AMINO]PYRIMIDIN-4-YL}AMINO)-N-METHYLBENZAMIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 4 NH4 AMMONIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;24% PEG 3350; 0.14 M Ammonium Acetate; 0.1M CHC buffer pH 7.5 分辨率 2.00 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KKCC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–291; UniProt 161–449

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6bql

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6bql
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6bql
沉积日期 deposition_date2017-11-28
结构标题 titleCrystal Structure of the Human CAMKK2B in complex with TAE-226
关键词 keywordstransferase, protein kinase domain, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Transferase Inhibitor Complex; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.50
零角强度 I(0) i016702800.00
分子量 molecular_weight31542.0 kDa
排除体积 excluded_volume39764 ų
包络体积 envelope_volume46848 ų
水化壳体积 shell_volume20072 ų
包络直径 envelope_diameter66.2
壳层 Rg shell_rg25.99
包络 Rg envelope_rg19.94
形状 Rg shape_rg19.52
总 Rg total_rg20.39
总原子数 total_atoms2221
残基数 n_residues278
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.4
Rg (实空间) rg_real20.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real1.6700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8240
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6
偏度 Skewness skewness0.272
峰度 Kurtosis kurtosis-0.380
角度范围 angular_range— – 0.3800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3632000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6bqla1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6bqla2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)