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6bsj

Structure of HIV-1 RT complexed with an RNA/DNA hybrid sequence non-preferred for RNA hydrolysis

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q74085

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 168–724 未记录 REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT × 1 （A0A076Q3N8） ;DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*C)-3') ; × 1 RNA (25-MER) × 1 EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400 分辨率 2.89 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6BSJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6BSG Structure of HIV-1 RT complexed with RNA/DNA hybrid in an RNA hydrolysis-off mode 提交 2017-12-03 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 168–724（557 aa）
未记录 EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400
分辨率 2.44 Å R-free 0.224
6BSI Structure of HIV-1 RT complexed with an RNA/DNA hybrid containing the polypurine-tract sequence 提交 2017-12-03 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 168–724（557 aa）
未记录 EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400
分辨率 3.25 Å R-free 0.241

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q74085_9HIV1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–558； UniProt 168–724

REVERSE TRANSCRIPTASE P51 SUBUNIT

Human immunodeficiency virus 1

UniProt A0A076Q3N8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 168–607 未记录 REVERSE TRANSCRIPTASE P66 SUBUNIT × 1 （Q74085） ;DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*GP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*GP*CP*C)-3') ; × 1 RNA (25-MER) × 1 EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400 分辨率 2.89 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6BSJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6BHJ Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a 38-mer Hairpin Template-Primer RNA-DNA Aptamer 提交 2017-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 166–722（557 aa）
链 B 168–595（428 aa）
突变：C280S, D498N 突变：C280S MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；278 K；10% PEG 8000, 25 mM BisTris-Propane pH 6.8, 75 mM BisTris-Propane pH 7.4, 50 mM Ammonium Sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose
分辨率 2.81 Å R-free 0.244
6BHJ Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase Bound to a 38-mer Hairpin Template-Primer RNA-DNA Aptamer 提交 2017-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 C 166–722（557 aa）
链 D 168–595（428 aa）
突变：C280S, D498N 突变：C280S MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；278 K；10% PEG 8000, 25 mM BisTris-Propane pH 6.8, 75 mM BisTris-Propane pH 7.4, 50 mM Ammonium Sulfate, 5% glycerol, 5% sucrose
分辨率 2.81 Å R-free 0.244
6BSG Structure of HIV-1 RT complexed with RNA/DNA hybrid in an RNA hydrolysis-off mode 提交 2017-12-03 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 168–607（440 aa）
未记录 EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400
分辨率 2.44 Å R-free 0.224
6BSH Structure of HIV-1 RT complexed with RNA/DNA hybrid in the RNA hydrolysis mode 提交 2017-12-03 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 168–607（440 aa）
未记录 EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400
分辨率 2.65 Å R-free 0.227
6BSI Structure of HIV-1 RT complexed with an RNA/DNA hybrid containing the polypurine-tract sequence 提交 2017-12-03 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 168–607（440 aa）
未记录 EFZ (-)-6-CHLORO-4-CYCLOPROPYLETHYNYL-4-TRIFLUOROMETHYL-1,4-DIHYDRO-2H-3,1-BENZOXAZIN-2-ONE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Sodium citrate pH 5.2, CaCl2, PEG400
分辨率 3.25 Å R-free 0.241
6VUG Diabody bound to a Reverse Transcriptase Aptamer Complex 提交 2020-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 B 168–595（428 aa） 片段：P51 subunit, residues 168-595
未记录 SO4 SULFATE ION × 11 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.4 M Ammonium Sulfate 0.1 M HEPES pH 7.8 0.1 M NaCl
分辨率 3.00 Å R-free 0.255

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A076Q3N8_9HIV1
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 2–441； UniProt 168–607

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6bsj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6bsj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6bsj
沉积日期 deposition_date2017-12-03
结构标题 titleStructure of HIV-1 RT complexed with an RNA/DNA hybrid sequence non-preferred for RNA hydrolysis
关键词 keywordsHIV-RT, DNA-RNA complex, RNase H, VIRAL PROTEIN, viral protein-dna-rna complex, viral protein-dna-rna-inhibitor complex; viral protein/dna/rna/inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.59 Å
零角强度 I(0) i0256282000.00
分子量 molecular_weight123730.0 kDa
排除体积 excluded_volume152620 ų
包络体积 envelope_volume202620 ų
水化壳体积 shell_volume49955 ų
包络直径 envelope_diameter116.4 Å
壳层 Rg shell_rg40.58 Å
包络 Rg envelope_rg33.30 Å
形状 Rg shape_rg33.58 Å
总 Rg total_rg34.16 Å
总原子数 total_atoms8687
残基数 n_residues990
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.6 Å
Rg (实空间) rg_real33.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal256300000.0000
解质量估计 total_estimate0.6772
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.3 Å
偏度 Skewness skewness0.303
峰度 Kurtosis kurtosis-0.339
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38730000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.078; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.869
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id6bsjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id6bsjA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id6bsjA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id6bsjA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id6bsjA05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id6bsjB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id6bsjB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id6bsjB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id6bsjB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)