SAXSdb — 6bvc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aminoglycoside-(3)-N-acetyltransferase

Serratia marcescens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–177	未记录	COA COENZYME A × 2 CL CHLORIDE ION × 2 PE3 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL × 4 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；0.2M NaCl, 25% PEG3350, 0.1M Na Citrate pH5.6, cryo paratone	分辨率 1.81 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6BVC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BO4 CRYSTAL STRUCTURE OF A GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE: SERRATIA MARESCENS AMINOGLYCOSIDE 3-N-ACETYLTRANSFERASE 提交 1998-08-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–168（168 aa）链 B 1–168（168 aa）	未记录	SPD SPERMIDINE × 1 COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；SITTING DROP, 4 DEGREES C, 3.5MG/ML PROTEIN + 5MM COA, 100MM TRIS-HCL PH7.8, 0.8% PEG4K, 18% T-BUTANOL, 20MM SRCL2, 7% DIOXANE, 5% 2,4-METHYLPENTANEDIOL, 40MM HEXANEDIOL, 10MM DITHIOTHREITOL, 2MM TRIS(2-CARBOXY- ETHYL)PHOSPHINE-HCL, 10MM SPERMIDINE, 2.5% GLYCEROL, vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.250

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q53396_SERMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bvc
沉积日期 deposition_date	2017-12-12
结构标题 title	Crystal structure of AAC(3)-Ia in complex with coenzyme A
关键词 keywords	;aminoglycoside, antibiotic, resistance, GCN5 family N-acetyltransferase, GNAT, alpha/beta protein, coenzyme A, CoA, Structural Genomics, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, CSGID, transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.33 Å
零角强度 I(0) i0	6666840.00
分子量 molecular_weight	18321.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22783 Å³
包络体积 envelope_volume	28374 Å³
水化壳体积 shell_volume	14822 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.6 Å
壳层 Rg shell_rg	22.19 Å
包络 Rg envelope_rg	16.78 Å
形状 Rg shape_rg	16.31 Å
总 Rg total_rg	17.44 Å
总原子数 total_atoms	1284
残基数 n_residues	154
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.7 Å
Rg (实空间) rg_real	17.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6670e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.9580e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6667000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7816
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.159
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.252
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	962200.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.725; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aminoglycoside-(3)-N-acetyltransferase
分子量 formula_weight	19436.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1498

MLRSSNDVTQQGSRPKTKLGGSSMGIIRTCRLGPDQVKSMRAALDLFGREFGDVATYSQHQPDSDYLGNLLRSKTFIALAAFDQEAVVGALAAYVLPKFEQPRSEIYIYDLAVSGEHRRQGIATALINLLKHEANALGAYVIYVQADYGDDPAVALYTKLGIREEVMHFDIDPSTAT

来源 Source

来源生物 organism	Serratia marcescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	615
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COENZYME A
分子量 formula_weight	767.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL
分子量 formula_weight	634.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	184

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6bvca_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6bvcA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.028 Å
晶胞边长 b length_b	100.875 Å
晶胞边长 c length_c	53.031 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.808 Å
最低分辨率 resolution_low	50.438 Å
R 因子 r_factor	0.1637
R_work r_work	0.1623
R_free r_free	0.1914

fit	/app/data/saxs_computation/bv/6bvc/6bvc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bv/6bvc/6bvc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bv/6bvc/6bvc.dat

Crystal structure of AAC(3)-Ia in complex with coenzyme A