SAXSdb — 6bx3

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific

Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A6ZT27_YEAS7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–278； UniProt 799–1076

COMPASS component BRE2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P43132

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （A6ZT27） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BRE2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–417； UniProt 87–503

COMPASS component SDC1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q03323

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （A6ZT27） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–42； UniProt 122–163 作者链 N； PDB构建体 1–42； UniProt 122–163

COMPASS component SPP1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q03012

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （A6ZT27） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–237； UniProt 117–353

COMPASS component SWD1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P39706

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （A6ZT27） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） COMPASS component SWD3 × 1 （P38123）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SWD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–412； UniProt 2–413

COMPASS component SWD3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38123

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific × 1 （A6ZT27） COMPASS component BRE2 × 1 （P43132） COMPASS component SDC1 × 2 （Q03323） COMPASS component SPP1 × 1 （Q03012） COMPASS component SWD1 × 1 （P39706）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SWD3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 2–315

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bx3
沉积日期 deposition_date	2017-12-16
结构标题 title	Structure of histone H3k4 methyltransferase
关键词 keywords	Histone H3K4 Methyltransferase, GENE REGULATION-Transferase complex; GENE REGULATION/Transferase
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6bx3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6bx3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6bx3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.14 Å
Rg（电子密度）	45.64 Å
总 Rg	45.61 Å
原子数	10456
残基数	1413
排除体积	184140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6bx3__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific
分子量 formula_weight	32162.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	10456

KIWQSRRKTLEEEKASDWQIELNGTLFDSELQPGSSFKAEGFRKVTDKLKINYLPHRRRVHQPLNTVNIHNERNEYTPELCQREESSNKEPSDSVPQEVSSSRDNRASNRRFQQDIEAQKAAIGTESELLSLNQLNKRKKPVMFARSAIHNWGLYALDSIAAKEMIIEYVGERIRQPVAEMREKRYLKNGIGSSYLFRVDENTVIDATKKGGIARFINHCCDPNCTAKIIKVGGRRRIVIYALRDIAASEELTYDYKFEREKDDEERLPCLCGAPNCK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	307796
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	COMPASS component BRE2
分子量 formula_weight	48306.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

FDHSGMSVMDRSEGLSISRDGNDLVSVPDQYGWRTARSDVCIKEGMTYWEVEVIRGGNKKFADGVNNKENADDSVDEVQSGIYEKMHKQVNDTPHLRFGVCRREASLEAPVGFDVYGYGIRDISLESIHEGKLNCVLENGSPLKEGDKIGFLLSLPSIHTQIKQAKEFTKRRIFALNSHMDTMNEPWREDAENGPSRKKLKQETTNKEFQRALLEDIEYNDVVRDQIAIRYKNQLFFEATDYVKTTKPEYYSSDKRERQDYYQLEDSYLAIFQNGKYLGKAFENLKPLLPPFSELQYNEKFYLGYWQHGEARDESNDKNTTSAKKKKQQQKKKKGLILRNKYVNNNKLGYYPTISCFNGGTARIISEEDKLEYLDQIRSAYCVDGNSKVNTLDTLYKEQIAEDIVWDIIDELEQIAL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	COMPASS component SDC1
分子量 formula_weight	4810.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

TRKYLNTNVTPHLLAGMRLIAVQQPEDPLRVLGEYLIEQSNI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	COMPASS component SPP1
分子量 formula_weight	28189.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

HGREFVNDIWSRLKTDEDRAVVKKMVEQTGHIDKFKKFGQLDFIDNNIVVKTDDEKEIFDQIVVRDMTLKTLEDDLQEVQEISLPLFKKKLELLEVYLGWLDNVYTEMRKLDDDAASHVECGKEDSKGTKRKKKKNSSRSRARKNICGYCSTYERIPCSVEEFVRDFGSNEEATKIHEVCTKWKCNRHLDWVSTNQEQYLQQIDSLESMQERLQHLIQARKKQLNIQYYEEILRRGL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	COMPASS component SWD1
分子量 formula_weight	47047.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

NILLQDPFAVLKEHPEKLTHTIENPLRTECLQFSPCGDYLALGCANGALVIYDMDTFRPICVPGNMLGAHVRPITSIAWSPDGRLLLTSSRDWSIKLWDLSKPSKPLKEIRFDSPIWGCQWLDAKRRLCVATIFEESDAYVIDFSNDPVASLLSKSDEKQLSSTPDHGYVLVCTVHTKHPNIIIVGTSKGWLDFYKFHSLYQTECIHSLKITSSNIKHLIVSQNGERLAINCSDRTIRQYEISIDDENSAVELTLEHKYQDVINKLQWNCILFSNNTAEYLVASTHGSSAHELYIWETTSGTLVRVLEGAEEELIDINWDFYSMSIVSNGFESGNVYVWSVVIPPKWSALAPDFEEVEENVDYLEKEDEFDEVDEAEQQQGLEQEEEIAIDLRTREQYDVRGNNLLVERFTI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	COMPASS component SWD3
分子量 formula_weight	34655.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

FQFVTPVGTQNGLKATCAKISPDGQFLAITQGLNILIYDINRRTVSQTLVTSHARPFSELCWSPDGQCIATASDDFSVEIIHLSYGLLHTFIGHTAPVISLTFNRKGNLLFTSSMDESIKIWDTLNGSLMKTISAHSEAVVSVDVPMNDSSILSSGSYDGLIRIFDAETGHCLKTLTYDKDWKRENGVVPISQVKFSENARYLLVKSLDGVVKIWDCIGGCVVRTFQVQPLEKGVLHHSCGMDFLNPEDGSTPLVISGYENGDIYCWNSDTKSLLQLLDGSLYHHSSPVMSIHCFGNIMCSLALNGDCCLWRWV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	163539

Structure of histone H3k4 methyltransferase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COMPASS component BRE2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COMPASS component SDC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COMPASS component SPP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COMPASS component SWD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COMPASS component SWD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6bx3__assembly_1__model_1

6bx3__assembly_1__model_1 | I(q)

6bx3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)