6bzd

Structure of 14-3-3 gamma R57E mutant bound to GlcNAcylated peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein gamma

Homo sapiens

UniProt P61981

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–247 链 B； UniProt 2–247	突变：R57E	GlcNAcylated peptide × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；25% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% glycerol	分辨率 2.67 Å R-free 0.281
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–247 链 D； UniProt 2–247	突变：R57E	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；25% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 20% glycerol	分辨率 2.67 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6BZD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2B05 Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine peptide 提交 2005-09-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.302
2B05 Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine peptide 提交 2005-09-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.302
2B05 Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine peptide 提交 2005-09-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.302
2B05 Crystal Structure of 14-3-3 gamma in complex with a phosphoserine peptide 提交 2005-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.55 Å R-free 0.302
3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.230
3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.230
3UZD Crystal structure of 14-3-3 GAMMA 提交 2011-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.3M Mg (OAc)2, 20% PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.230
4E2E Crystal structure of a tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, gamma polypeptide (YWHAG) from Homo sapiens at 2.25 A resolution 提交 2012-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–247（247 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；1.00M LiCl, 20.00% PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.229
4E2E Crystal structure of a tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, gamma polypeptide (YWHAG) from Homo sapiens at 2.25 A resolution 提交 2012-03-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–247（247 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；1.00M LiCl, 20.00% PEG-6000, 0.1M HEPES pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.229
4J6S 14-3-3gamma complexed with the N-terminal sequence of tyrosine hydroxylase (residues 1-43) 提交 2013-02-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–247（247 aa）链 B 1–247（247 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.1；283 K；30% PEG 2000 MME, 0.1M Potassium Thiocyanate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 283.0K	分辨率 3.08 Å R-free 0.254
4J6S 14-3-3gamma complexed with the N-terminal sequence of tyrosine hydroxylase (residues 1-43) 提交 2013-02-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–247（247 aa）链 D 1–247（247 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.1；283 K；30% PEG 2000 MME, 0.1M Potassium Thiocyanate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 283.0K	分辨率 3.08 Å R-free 0.254
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
4O46 14-3-3-gamma in complex with influenza NS1 C-terminal tail phosphorylated at S228 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–247（247 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium nitrate, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.249
5D3E Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CFTR R-domain peptide pS768-pS795 提交 2015-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–238（238 aa）链 B 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, NaCl, DTT, (NH4)2SO4, Poly(acrylic acid sodium salt 2100	分辨率 2.75 Å R-free 0.244
5D3E Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CFTR R-domain peptide pS768-pS795 提交 2015-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–238（238 aa）链 F 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, NaCl, DTT, (NH4)2SO4, Poly(acrylic acid sodium salt 2100	分辨率 2.75 Å R-free 0.244
5D3E Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CFTR R-domain peptide pS768-pS795 提交 2015-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–238（238 aa）链 J 1–238（238 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, NaCl, DTT, (NH4)2SO4, Poly(acrylic acid sodium salt 2100	分辨率 2.75 Å R-free 0.244
6A5S Structure of 14-3-3 gamma in complex with TFEB 14-3-3 binding motif 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–247（247 aa）链 B 1–247（247 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.3；289 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M calcium acetate, and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
6A5S Structure of 14-3-3 gamma in complex with TFEB 14-3-3 binding motif 提交 2018-06-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–247（247 aa）链 G 1–247（247 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.3；289 K；0.1 M Tris-HCl, 0.2 M calcium acetate, and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
6BYJ Structure of human 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAc peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–241（240 aa）链 D 2–241（240 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.269
6BYJ Structure of human 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAc peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–241（240 aa）链 C 2–241（240 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.269
6BYJ Structure of human 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAc peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–241（240 aa）链 F 2–241（240 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.269
6BYL Structure of 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAcylated thr peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–241（240 aa）链 D 2–241（240 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.35 Å R-free 0.285
6BYL Structure of 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAcylated thr peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 2–241（240 aa）链 C 2–241（240 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.35 Å R-free 0.285
6BYL Structure of 14-3-3 gamma bound to O-GlcNAcylated thr peptide 提交 2017-12-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–241（240 aa）链 F 2–241（240 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；29% PEG 4000, 200 mM sodium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.35 Å R-free 0.285
6FEL Structure of 14-3-3 gamma in complex with CaMKK2 14-3-3 binding motif Ser511 提交 2018-01-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；291.15 K；sodium citrate, potassium sodium tartrate, and ammonium sulfate	分辨率 2.84 Å R-free 0.280
6FEL Structure of 14-3-3 gamma in complex with CaMKK2 14-3-3 binding motif Ser511 提交 2018-01-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；291.15 K；sodium citrate, potassium sodium tartrate, and ammonium sulfate	分辨率 2.84 Å R-free 0.280
6GKF Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser139 提交 2018-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
6GKF Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser139 提交 2018-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
6GKF Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser139 提交 2018-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–234（234 aa）链 F 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
6GKF Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser139 提交 2018-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–234（234 aa）链 H 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.289
6GKG Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser164 提交 2018-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 E 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；Tris-HCl, PEG 4000, lithium sulfate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
6GKG Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser164 提交 2018-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–234（234 aa）链 F 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；Tris-HCl, PEG 4000, lithium sulfate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
6GKG Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser164 提交 2018-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–234（234 aa）链 G 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；Tris-HCl, PEG 4000, lithium sulfate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
6GKG Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 14-3-3 binding motif Ser164 提交 2018-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–234（234 aa）链 H 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293.15 K；Tris-HCl, PEG 4000, lithium sulfate	分辨率 2.85 Å R-free 0.287
6S9K Structure of 14-3-3 gamma in complex with caspase-2 peptide containing 14-3-3 binding motif Ser139 and NLS 提交 2019-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）	突变：none	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；PEG 400, calcium chloride, HEPES, 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
6SAD Structure of 14-3-3 gamma in complex with double phosphorylated caspase-2 peptide on Ser139 and Ser164 提交 2019-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	突变：none 突变：none	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol	分辨率 2.75 Å R-free 0.271
6Y4K Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CaMKK2 14-3-3 binding motif Ser100 and Fusicoccin A 提交 2020-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	未记录	FSC FUSICOCCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；PEG400, HEPES, magnesium chloride, hexafluoropropanol	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
6Y6B Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CaMKK2 14-3-3 binding motif Ser100 and 16-OMe-Fusicoccin H 提交 2020-02-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	未记录	OD8 (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[[(1~{S},3~{R},6~{S},7~{S},8~{R},9~{R},10~{R},11~{R},14~{S})-14-(me thoxymethyl)-3,10-dimethyl-9-oxidanyl-6-propan-2-yl-8-tricyclo[9.3.0.0^{3,7}]tetradecanyl]oxy]oxane-3,4,5-triol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；PEG400, HEPES, magnesium chloride, hexafluoropropanol	分辨率 3.08 Å R-free 0.282
6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 B 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
6ZBT Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser342 提交 2020-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
6ZC9 Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448 提交 2020-06-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 C 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
6ZC9 Structure of 14-3-3 gamma in complex with Nedd4-2 14-3-3 binding motif Ser448 提交 2020-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	突变：S235Stop 突变：S235Stop	CFH 1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；PEG 400, magnesium chloride, HEPES, hexafluoro-2-propanol	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
7A6R Structure of 14-3-3 gamma in complex with DAPK2 peptide containing the 14-3-3 binding motif 提交 2020-08-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 C 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290.15 K；HEPES, MgCl2, PEG400, hexafluoro-2-propanol	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
7A6R Structure of 14-3-3 gamma in complex with DAPK2 peptide containing the 14-3-3 binding motif 提交 2020-08-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290.15 K；HEPES, MgCl2, PEG400, hexafluoro-2-propanol	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
7A6Y Structure of 14-3-3 gamma in complex with DAPK2 peptide stabilized by FC-A 提交 2020-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–234（234 aa）链 C 1–234（234 aa）	未记录	FSC FUSICOCCIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290.15 K；HEPES, MgCl2, PEG400, hexafluoro-2-propanol, FC-A	分辨率 2.50 Å R-free 0.259
7A6Y Structure of 14-3-3 gamma in complex with DAPK2 peptide stabilized by FC-A 提交 2020-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–234（234 aa）链 D 1–234（234 aa）	未记录	FSC FUSICOCCIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290.15 K；HEPES, MgCl2, PEG400, hexafluoro-2-propanol, FC-A	分辨率 2.50 Å R-free 0.259
9CI3 Structure of the LRRK2/14-3-3 complex 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–247（247 aa）链 C 1–247（247 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å

共 21 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	1433G_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–246； UniProt 2–247 作者链 B； PDB构建体 1–246； UniProt 2–247 作者链 C； PDB构建体 1–246； UniProt 2–247 作者链 D； PDB构建体 1–246； UniProt 2–247

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bzd
沉积日期 deposition_date	2017-12-22
结构标题 title	Structure of 14-3-3 gamma R57E mutant bound to GlcNAcylated peptide
关键词 keywords	reader protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.31 Å
零角强度 I(0) i0	206023000.00
分子量 molecular_weight	111170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137900 Å³
包络体积 envelope_volume	194060 Å³
水化壳体积 shell_volume	47909 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.36 Å
包络 Rg envelope_rg	31.35 Å
形状 Rg shape_rg	33.31 Å
总 Rg total_rg	33.97 Å
总原子数 total_atoms	7806
残基数 n_residues	967
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.9 Å
Rg (实空间) rg_real	34.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	206100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8954
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.6 Å
偏度 Skewness skewness	-0.154
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.649
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.920

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	14-3-3 protein gamma
分子量 formula_weight	28177.3 kDa
突变 mutation	R57E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7889

VDREQLVQKARLAEQAERYDDMAAAMKNVTELNEPLSNEERNLLSVAYKNVVGARESSWRVISSIEQKTSADGNEKKIEMVRAYREKIEKELEAVCQDVLSLLDNYLIKNCSETQYESKVFYLKMKGDYYRYLAEVATGEKRATVVESSEKAYSEAHEISKEHMQPTHPIRLGLALNYSVFYYEIQNAPEQACHLAKTAFDDAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDQQDDDGGEGNN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GlcNAcylated peptide
分子量 formula_weight	2012.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,K

TSTTATPPVSQASSTTTSTW

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	83

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6bzdA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	6bzdB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	6bzdC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

结构域编号 domain_id	6bzdD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 14-3-3 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.366 Å
晶胞边长 b length_b	60.000 Å
晶胞边长 c length_c	125.786 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.670 Å
最低分辨率 resolution_low	65.024 Å
R 因子 r_factor	0.2469
R_work r_work	0.2456
R_free r_free	0.2812

fit	/app/data/saxs_computation/bz/6bzd/6bzd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bz/6bzd/6bzd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bz/6bzd/6bzd.dat

Structure of 14-3-3 gamma R57E mutant bound to GlcNAcylated peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)