SAXSdb — 6c0v

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multidrug resistance protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–1280	突变：E556Q, E1201Q	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6C0V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6QEX Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 fab and taxol 提交 2019-01-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CLR CHOLESTEROL × 16 TA1 TAXOL × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.60 Å
7A65 Nanodisc reconstituted, drug-free human ABCB1 in complex with MRK16 Fab 提交 2020-08-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7A69 Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and vincristine 提交 2020-08-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	R1Q vincristine × 1 CLR CHOLESTEROL × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7A6C Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and elacridar 提交 2020-08-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	R0Z elacridar × 2 CLR CHOLESTEROL × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7A6E Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and tariquidar 提交 2020-08-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	R1H tariquidar × 2 CLR CHOLESTEROL × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7A6F Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with MRK16 Fab and zosuquidar 提交 2020-08-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ZQU Zosuquidar × 2 CLR CHOLESTEROL × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7O9W Encequidar-bound human P-glycoprotein in complex with UIC2-Fab 提交 2021-04-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	V5Q ~{N}-[2-[2-[4-[2-(6,7-dimethoxy-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl)ethyl]phenyl]-1,2,3,4-tetrazol-5-yl]-4,5-dimethoxy-phenyl]-4-oxidanylidene-2,3-dihydrochromene-2-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8GMG CryoEM structure of P-Glycoprotein in Apo state 提交 2023-03-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8GMJ CryoEM structure of P-Glycoprotein in collapsed closed state under continuous turnover conditions with verapamil 提交 2023-03-26	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8SA0 CryoEM structure of P-Glycoprotein in occluded closed state under continuous turnover conditions with verapamil 提交 2023-03-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1274（1274 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 I6H Dexverapamil × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8SA1 CryoEM structure of P-Glycoprotein in inward facing 2 state under continuous turnover conditions with verapamil 提交 2023-03-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 I6H Dexverapamil × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8SB7 CryoEM structure of P-Glycoprotein in inward facing 1 state under continuous turnover conditions with verapamil 提交 2023-04-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 I6H Dexverapamil × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8SB8 CryoEM structure of P-Glycoprotein in collapsed closed state with vanadate 提交 2023-04-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 AOV ADP ORTHOVANADATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8SB9 CryoEM structure of P-Glycoprotein in inward facing 1 state under continuous turnover conditions with vinblastine 提交 2023-04-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 VLB (2ALPHA,2'BETA,3BETA,4ALPHA,5BETA)-VINCALEUKOBLASTINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8SBA CryoEM structure of P-Glycoprotein in inward facing 2 state under continuous turnover conditions with vinblastine 提交 2023-04-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 VLB (2ALPHA,2'BETA,3BETA,4ALPHA,5BETA)-VINCALEUKOBLASTINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8Y6H P-glycoprotein in complex with UIC2 Fab and triple elacridar molecules in LMNG detergent 提交 2024-02-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	R0Z elacridar × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
8Y6I P-glycoprotein in complex with UIC2 Fab and triple elacridar molecules in nanodisc 提交 2024-02-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 12 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 R0Z elacridar × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.54 Å
9CR8 SapNP reconstituted human ABCB1 提交 2024-07-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	UPL UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES (pH 7.5), 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9CTC SapNP reconstituted Human ABCB1 in complex with Zosuquidar and ATP/Mg 提交 2024-07-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZQU Zosuquidar × 2 UPL UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID × 22	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES (pH 7.5), 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9CTF SapNP Reconstituted Human ABCB1 bound to Taxol in presence of ATP 提交 2024-07-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	UPL UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID × 22 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES (pH 7.5), 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9CTG SapNP Reconstituted Human ABCB1 bound to ATP gammaS 提交 2024-07-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1280（1280 aa）	未记录	UPL UNKNOWN BRANCHED FRAGMENT OF PHOSPHOLIPID × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES (pH 7.5), 150mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MDR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1280； UniProt 1–1280

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6c0v
沉积日期 deposition_date	2018-01-02
结构标题 title	Molecular structure of human P-glycoprotein in the ATP-bound, outward-facing conformation
关键词 keywords	;ABC transporter; ABCB1; P-glycoprotein; cryo-EM; multidrug resistance, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.50 Å
零角强度 I(0) i0	232904000.00
分子量 molecular_weight	127470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	161370 Å³
包络体积 envelope_volume	220720 Å³
水化壳体积 shell_volume	49708 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.43 Å
包络 Rg envelope_rg	38.92 Å
形状 Rg shape_rg	38.52 Å
总 Rg total_rg	38.72 Å
总原子数 total_atoms	8976
残基数 n_residues	1154
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.1 Å
Rg (实空间) rg_real	38.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	232800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8107
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.626
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.183
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	130200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.660; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.896; Smooth: 0.661

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Multidrug resistance protein 1
分子量 formula_weight	142660.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.44
突变 mutation	E556Q, E1201Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8976

MDLEGDRNGGAKKKNFFKLNNKSEKDKKEKKPTVSVFSMFRYSNWLDKLYMVVGTLAAIIHGAGLPLMMLVFGEMTDIFANAGNLEDLMSNITNRSDINDTGFFMNLEEDMTRYAYYYSGIGAGVLVAAYIQVSFWCLAAGRQIHKIRKQFFHAIMRQEIGWFDVHDVGELNTRLTDDVSKINEGIGDKIGMFFQSMATFFTGFIVGFTRGWKLTLVILAISPVLGLSAAVWAKILSSFTDKELLAYAKAGAVAEEVLAAIRTVIAFGGQKKELERYNKNLEEAKRIGIKKAITANISIGAAFLLIYASYALAFWYGTTLVLSGEYSIGQVLTVFFSVLIGAFSVGQASPSIEAFANARGAAYEIFKIIDNKPSIDSYSKSGHKPDNIKGNLEFRNVHFSYPSRKEVKILKGLNLKVQSGQTVALVGNSGCGKSTTVQLMQRLYDPTEGMVSVDGQDIRTINVRFLREIIGVVSQEPVLFATTIAENIRYGRENVTMDEIEKAVKEANAYDFIMKLPHKFDTLVGERGAQLSGGQKQRIAIARALVRNPKILLLDQATSALDTESEAVVQVALDKARKGRTTIVIAHRLSTVRNADVIAGFDDGVIVEKGNHDELMKEKGIYFKLVTMQTAGNEVELENAADESKSEIDALEMSSNDSRSSLIRKRSTRRSVRGSQAQDRKLSTKEALDESIPPVSFWRIMKLNLTEWPYFVVGVFCAIINGGLQPAFAIIFSKIIGVFTRIDDPETKRQNSNLFSLLFLALGIISFITFFLQGFTFGKAGEILTKRLRYMVFRSMLRQDVSWFDDPKNTTGALTTRLANDAAQVKGAIGSRLAVITQNIANLGTGIIISFIYGWQLTLLLLAIVPIIAIAGVVEMKMLSGQALKDKKELEGSGKIATEAIENFRTVVSLTQEQKFEHMYAQSLQVPYRNSLRKAHIFGITFSFTQAMMYFSYAGCFRFGAYLVAHKLMSFEDVLLVFSAVVFGAMAVGQVSSFAPDYAKAKISAAHIIMIIEKTPLIDSYSTEGLMPNTLEGNVTFGEVVFNYPTRPDIPVLQGLSLEVKKGQTLALVGSSGCGKSTVVQLLERFYDPLAGKVLLDGKEIKRLNVQWLRAHLGIVSQEPILFDCSIAENIAYGDNSRVVSQEEIVRAAKEANIHAFIESLPNKYSTKVGDKGTQLSGGQKQRIAIARALVRQPHILLLDQATSALDTESEKVVQEALDKAREGRTCIVIAHRLSTIQNADLIVVFQNGRVKEHGTHQQLLAQKGIYFSMVSVQAGTKRQSNSLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	145.610 Å
R 因子 r_factor	0.2419
R_work r_work	0.2419
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	143451

fit	/app/data/saxs_computation/c0/6c0v/6c0v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c0/6c0v/6c0v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c0/6c0v/6c0v.dat

Molecular structure of human P-glycoprotein in the ATP-bound, outward-facing conformation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multidrug resistance protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D