SAXSdb — 6c1u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-CpG-binding domain protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	12-mer DNA × 1 12-mer DNA × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 24 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	12-mer DNA × 1 12-mer DNA × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 18 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MBD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–79； UniProt 143–220 作者链 B； PDB构建体 2–79； UniProt 143–220 作者链 E； PDB构建体 2–79； UniProt 143–220 作者链 F； PDB构建体 2–79； UniProt 143–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6c1u
沉积日期 deposition_date	2018-01-05
结构标题 title	MBD2 in complex with a deoxy-oligonucleotide
关键词 keywords	MBD, DNA-binding, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6c1u__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`6c1u__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methyl-CpG-binding domain protein 2
分子量 formula_weight	8791.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,F
原子数 atom_count	3076

GATESGKRMDCPALPPGWKKEEVIRKSGLSAGKSDVYYFSPSGKKFRSKPQLARYLGNTVDLSSFDFRTGKMMPSKLQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	12-mer DNA
分子量 formula_weight	3759.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G

CGGAGTGTGGGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	12-mer DNA
分子量 formula_weight	3582.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

GCCCACACTCCG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	42

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6c1uA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A

结构域编号 domain_id	6c1uB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A

结构域编号 domain_id	6c1uE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A

结构域编号 domain_id	6c1uF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A

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晶胞边长 a length_a	36.912 Å
晶胞边长 b length_b	40.015 Å
晶胞边长 c length_c	105.890 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	84.48 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	62.77 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	35.100 Å
R 因子 r_factor	0.2331
R_work r_work	0.2316
R_free r_free	0.2717

MBD2 in complex with a deoxy-oligonucleotide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-CpG-binding domain protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

MBD2 in complex with a deoxy-oligonucleotide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-CpG-binding domain protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)