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6c2f

MBD2 in complex with methylated DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methyl-CpG-binding domain protein 2

Homo sapiens

UniProt Q9UBB5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 12-mer DNA × 1 12-mer DNA × 1 UNKNOWN LIGAND × 2 与全部聚合物一致
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 12-mer DNA × 1 12-mer DNA × 1 UNKNOWN LIGAND × 2 与全部聚合物一致
3 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 12-mer DNA × 1 12-mer DNA × 1 UNKNOWN LIGAND × 2 与全部聚合物一致
4 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 12-mer DNA × 1 12-mer DNA × 1 UNKNOWN LIGAND × 2 与全部聚合物一致
5 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 12-mer DNA × 1 12-mer DNA × 1 UNKNOWN LIGAND × 2 与全部聚合物一致
6 蛋白–DNA 单体 蛋白 1 DNA 2 12-mer DNA × 1 12-mer DNA × 1 UNKNOWN LIGAND × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2l2l 6c1a 6c1a 6c1t 6c1u 6c1u 6c1v 6c1v 6c2f 6c2f 6c2f 6c2f

共 26 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MBD2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–79； UniProt 143–220 作者链 D； PDB构建体 2–79； UniProt 143–220 作者链 G； PDB构建体 2–79； UniProt 143–220 作者链 J； PDB构建体 2–79； UniProt 143–220 作者链 M； PDB构建体 2–79； UniProt 143–220 作者链 P； PDB构建体 2–79； UniProt 143–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6c2f
沉积日期 deposition_date2018-01-08
结构标题 titleMBD2 in complex with methylated DNA
关键词 keywordsmethylated dna, dna binding, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6c2f__assembly_1__model_1 trimeric （3） 排除 — —
排除原因： 来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2 1 6c2f__assembly_2__model_1 trimeric （3） 排除 — —
排除原因： 来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
3 1 6c2f__assembly_3__model_1 trimeric （3） 排除 — —
排除原因： 来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
4 1 6c2f__assembly_4__model_1 trimeric （3） 排除 — —
排除原因： 来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
5 1 6c2f__assembly_5__model_1 trimeric （3） 排除 — —
排除原因： 来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
6 1 6c2f__assembly_6__model_1 trimeric （3） 排除 — —
排除原因： 来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6c2fA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id6c2fD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id6c2fG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id6c2fJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id6c2fM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
结构域编号 domain_id6c2fP00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology890 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A
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7. 引用文献 (1)