SAXSdb — 6c7p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Apocarotenoid-15,15'-oxygenase

Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE (II) ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE (II) ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACOX_SYNY3
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–490； UniProt 1–490 作者链 B； PDB构建体 1–490； UniProt 1–490

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6c7p
沉积日期 deposition_date	2018-01-23
结构标题 title	Crystal structure of D477G ACO/RPE65 chimera, monoclinic crystal form
关键词 keywords	non-heme iron, chimera, 7-bladed propeller, dominant mutation, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6c7p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6c7p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6c7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.63 Å
Rg（电子密度）	21.47 Å
总 Rg	22.43 Å
原子数	3739
残基数	474
排除体积	66393 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6c7p__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6c7p__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Apocarotenoid-15,15'-oxygenase
分子量 formula_weight	54401.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.75
突变 mutation	P44L, D45W, P431S, R432H, G434D, G435A, V436L, A437E, W442V, D461N, Q463K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	7546

MVTSPPTSSPSQRSYSPQDWLRGYQSQPQEWDYWVEDVEGSIPLWLQGTLYRNGPGLLEIGDRPLKHPFDGDGMVTAFKFPGDGRVHFQSKFVRTQGYVEEQKAGKMIYRGVFGSQPAGGWLKTIFDLRLKNIANTNITYWGDRLLALWEGGQPHRLEPSNLATIGLDDLGGILAEGQPLSAHPRIDPASTFDGGQPCYVTFSIKSSLSSTLTLLELDPQGKLLRQKTETFPGFAFIHDFAITPHYAIFLQNNVTLNGLPYLFGLRGAGECVQFHPDKPAQIILVPRDGGEIKRIPVQAGFVFHHANAFEENGKIILDSICYNSLPQVDTDGDFRSTNFDNLDPGQLWRFTIDPAAATVEKQLMVSRCCEFPVVHPQQVGRPYRYVYMGAAHHSTGNAPLQAILKVDLESGTETLRSFAPHGFAGEPIFVSHPGALEEDDGVLLCLIYKADLHRSELVILNAKDITAPAIATLKLKHHIPYPLHGSWAQT

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6c7pa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.15 — Retinal pigment epithelial membrane protein-like
家族 Family family	b.69.15.1 — RPE65-like

结构域编号 domain_id	d6c7pb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.15 — Retinal pigment epithelial membrane protein-like
家族 Family family	b.69.15.1 — RPE65-like

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晶胞边长 a length_a	191.431 Å
晶胞边长 b length_b	56.170 Å
晶胞边长 c length_c	136.912 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	133.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	41.760 Å
R 因子 r_factor	0.2219
R_work r_work	0.2199
R_free r_free	0.2598

Crystal structure of D477G ACO/RPE65 chimera, monoclinic crystal form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Apocarotenoid-15,15'-oxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c7p__assembly_1__model_1

6c7p__assembly_1__model_1 | I(q)

6c7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of D477G ACO/RPE65 chimera, monoclinic crystal form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Apocarotenoid-15,15'-oxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c7p__assembly_1__model_1

6c7p__assembly_1__model_1 | I(q)

6c7p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)