6c9k

Single-Particle reconstruction of DARP14 - A designed protein scaffold displaying ~17kDa DARPin proteins

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DARP14 - Subunit B

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	DARP14 - Subunit A with DARPin × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9I2D8_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 F； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 G； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 H； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 M； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 N； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 O； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 P； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 U； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 V； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 W； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123 作者链 X； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6c9k
沉积日期 deposition_date	2018-01-26
结构标题 title	Single-Particle reconstruction of DARP14 - A designed protein scaffold displaying ~17kDa DARPin proteins
关键词 keywords	Designed Complex, DARPin, Scaffold, Single-Particle Cryo-EM, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6c9k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6c9k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6c9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.09 Å
Rg（电子密度）	59.10 Å
总 Rg	58.87 Å
原子数	37632
残基数	4923
排除体积	671350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6c9k__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DARP14 - Subunit A with DARPin
分子量 formula_weight	35019.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,I,J,K,L,Q,R,S,T
原子数 atom_count	37632

MRITTKVGDKGSTRLFGGEEVWKDSPIIEANGTLDELTSFIGEAKHYVDEEMKGILEEIQNDIYKIMGEIGSKGKIEGISEERIAWLLKLILRYMEMVNLKSFVLPGGTLESAKLDVCRTIARRALRKVLTVTREFGIGAEAAAYLLALSDLLFLLARVIEIELGKKLLEAARAGQDDEVRILMANGADVNAHDDQGSTPLHLAAWIGHPEIVEVLLKHGADVNARDTDGWTPLHLAADNGHLEIVEVLLKYGADVNAQDAYGLTPLHLAADRGHLEIVEVLLKHGADVNAQDKFGKTAFDISIDNGNEDLAEILQKLN

来源 Source

来源生物 organism	synthetic
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DARP14 - Subunit B
分子量 formula_weight	14346.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,M,N,O,P,U,V,W,X

MPHLVIEATANLRLETSPGELLEQANKALFASGQFGEADIKSRFVTLEAYRQGTAAVERAYLHACLSILDGRDIATRTLLGASLCAVLAEAVAGGGEEGVQVSVEVREMERLSYAKRVVARQRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6c9kE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kU00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kV00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kW00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

结构域编号 domain_id	6c9kX00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

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分辨率 resolution	3.49 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	183753

Single-Particle reconstruction of DARP14 - A designed protein scaffold displaying ~17kDa DARPin proteins

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DARP14 - Subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c9k__assembly_1__model_1

6c9k__assembly_1__model_1 | I(q)

6c9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Single-Particle reconstruction of DARP14 - A designed protein scaffold displaying ~17kDa DARPin proteins

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DARP14 - Subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c9k__assembly_1__model_1

6c9k__assembly_1__model_1 | I(q)

6c9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)