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6ccm

Crystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-((3-bromobenzyl)amino)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphopantetheine adenylyltransferase

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0A6I6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 2-{[(3-bromophenyl)methyl]amino}-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(6H)-one × 3 SULFATE ION × 15 water × 6 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 24 2-{[(3-bromophenyl)methyl]amino}-5-methyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(6H)-one × 12 SULFATE ION × 60 water × 24 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
6b7a 6b7b 6b7c 6b7d 6b7e 6b7f

共 6 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
1b6t 5jbn 6b7a 6b7a 6b7a 6b7a 6b7b 6b7b 6b7c 6b7c 6b7c 6b7d

共 48 个 assembly，这里只显示前 12 个

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COAD_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159 作者链 B； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ccm
沉积日期 deposition_date2018-02-07
结构标题 titleCrystal structure of E.coli Phosphopantetheine Adenylyltransferase (PPAT/CoaD) in complex with 2-((3-bromobenzyl)amino)-5-methyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one
关键词 keywords;PPAT CoaD FBDD phosphopantetheine adenylyltransferase Gram-negative antibacterial antibiotic, TRANSFERASE, TRANSFERASE-antibiotic complex ;; TRANSFERASE/antibiotic
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ccm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ccm__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ccm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）29.50 Å
Rg（电子密度）28.26 Å
总 Rg29.07 Å
原子数7620
残基数954
排除体积135500 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6ccm__assembly_1__model_1 hexameric （6） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 6ccm__assembly_2__model_1 24-meric （24） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd6ccma1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family familyc.26.1.3 — Adenylyltransferase
结构域编号 domain_idd6ccma2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6ccmb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family familyc.26.1.3 — Adenylyltransferase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6ccmA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily620 — HUPs
结构域编号 domain_id6ccmB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily620 — HUPs
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7. 引用文献 (1)