SAXSdb — 6cdj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;(2aS,4R,4aS,7aS,7bS)-octahydro-2H-1,7-dioxacyclopenta[cd]inden-4-yl [(2S,3R)-4-[{[2-(cyclopropylamino)-1,3-benzothiazol-6-yl]sulfonyl}(2-methylpropyl)amino]-1-(3,5-difluorophenyl)-3-hydroxybutan-2-yl]carbamate ; × 1 SODIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 3 GLYCEROL × 1 ACETATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5RZ08_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cdj
沉积日期 deposition_date	2018-02-08
结构标题 title	HIV-1 wild type protease with GRL-03314A, 6-5-5-ring fused umbrella-like tetrahydropyranofuran as the P2-ligand, a cyclopropylaminobenzothiazole as the P2'-ligand and 3,5-difluorophenylmethyl as the P1-ligand
关键词 keywords	;aspartic acid protease, HIV-1 protease inhibitor of GRL-03314A, Umb-THF, antiviral, multidrug-resistant, synthesis, backbone binding, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6cdj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6cdj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6cdj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.14 Å
Rg（电子密度）	17.17 Å
总 Rg	18.23 Å
原子数	1569
残基数	198
排除体积	28757 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6cdj__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protease
分子量 formula_weight	10740.7 kDa
突变 mutation	Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2023

PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2aS,4R,4aS,7aS,7bS)-octahydro-2H-1,7-dioxacyclopenta[cd]inden-4-yl [(2S,3R)-4-[{[2-(cyclopropylamino)-1,3-benzothiazol-6-yl]sulfonyl}(2-methylpropyl)amino]-1-(3,5-difluorophenyl)-3-hydroxybutan-2-yl]carbamate ;
分子量 formula_weight	720.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	216

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6cdja_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

结构域编号 domain_id	d6cdjb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.1 — Retroviral protease (retropepsin)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6cdjA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	6cdjB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

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晶胞边长 a length_a	58.959 Å
晶胞边长 b length_b	86.077 Å
晶胞边长 c length_c	46.157 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.130 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1440
R_work r_work	0.1425
R_free r_free	0.1731

HIV-1 wild type protease with GRL-03314A, 6-5-5-ring fused umbrella-like tetrahydropyranofuran as the P2-ligand, a cyclopropylaminobenzothiazole as the P2'-ligand and 3,5-difluorophenylmethyl as the P1-ligand

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6cdj__assembly_1__model_1

6cdj__assembly_1__model_1 | I(q)

6cdj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

HIV-1 wild type protease with GRL-03314A, 6-5-5-ring fused umbrella-like tetrahydropyranofuran as the P2-ligand, a cyclopropylaminobenzothiazole as the P2'-ligand and 3,5-difluorophenylmethyl as the P1-ligand

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6cdj__assembly_1__model_1

6cdj__assembly_1__model_1 | I(q)

6cdj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)