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6cds

Human neurofibromin 2/merlin/schwannomin residues 1-339 in complex with PIP2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 128.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Merlin

Homo sapiens

UniProt P35240

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–339 突变：G302E PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 50 mM MgCl2(H2O)6, 35 % PEG 550 monomethyl ether 分辨率 2.62 Å R-free 0.237
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–339 突变：G302E PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 50 mM MgCl2(H2O)6, 35 % PEG 550 monomethyl ether 分辨率 2.62 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6CDS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1H4R Crystal Structure of the FERM domain of Merlin, the Neurofibromatosis 2 Tumor Suppressor Protein. 提交 2001-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–313（313 aa） 片段：FERM DOMAIN RESIDUES 1-313
链 B 1–313（313 aa） 片段：FERM DOMAIN RESIDUES 1-313
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED USING HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION WIHTH 56% AMMONIUM SULFATE, 2% DIOXANE, 100 MM CACODYLATE, PH 6.5. A 1:1 RATIO OF PROTEIN TO WELL SOLUTION WAS USED.
分辨率 1.80 Å R-free 0.227
3U8Z human merlin FERM domain 提交 2011-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 18–312（295 aa） 片段：FERM domain (UNP residues 20-312)
链 C 18–312（295 aa） 片段：FERM domain (UNP residues 20-312)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；protein in 50 mM Tris, pH 8.0, 300 mM sodium chloride, reservoir: 4.5% PEG4000, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.64 Å R-free 0.229
3U8Z human merlin FERM domain 提交 2011-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 18–312（295 aa） 片段：FERM domain (UNP residues 20-312)
链 D 18–312（295 aa） 片段：FERM domain (UNP residues 20-312)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；protein in 50 mM Tris, pH 8.0, 300 mM sodium chloride, reservoir: 4.5% PEG4000, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.64 Å R-free 0.229
4ZRI Crystal structure of Merlin-FERM and Lats2 提交 2015-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–320（320 aa） 片段：FERM domain, UNP residues 1-320
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；18% iso-Propanol, 0.1M Tris, 5% PEG8000
分辨率 2.70 Å R-free 0.270
4ZRI Crystal structure of Merlin-FERM and Lats2 提交 2015-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–320（320 aa） 片段：FERM domain, UNP residues 1-320
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；18% iso-Propanol, 0.1M Tris, 5% PEG8000
分辨率 2.70 Å R-free 0.270
4ZRJ Structure of Merlin-FERM and CTD 提交 2015-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–320（320 aa） 片段：FERM domain, UNP residues 1-320
链 B 506–595（90 aa） 片段：C terminal domain, UNP residues 506-595
突变：S518D, A585W GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bis-Tris, 21% PEG 3000
分辨率 2.30 Å R-free 0.247
7LWH Human neurofibromin 2/merlin residues 1-339 in complex with LATS1 提交 2021-03-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–339（339 aa）
未记录 IMD IMIDAZOLE × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；600 mM imidazole (pH 6.5), 15% (w/v) polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.61 Å R-free 0.233

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MERL_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339 作者链 B； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6cds

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6cds
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cds
沉积日期 deposition_date2018-02-09
结构标题 titleHuman neurofibromin 2/merlin/schwannomin residues 1-339 in complex with PIP2
关键词 keywordsNEUROFIBROMIN 2, SCHWANNOMIN, merlin, Tumor Suppressor protein, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.99 Å
零角强度 I(0) i094672700.00
分子量 molecular_weight78175.0 kDa
排除体积 excluded_volume98130 ų
包络体积 envelope_volume143390 ų
水化壳体积 shell_volume34768 ų
包络直径 envelope_diameter140.1 Å
壳层 Rg shell_rg39.98 Å
包络 Rg envelope_rg36.28 Å
形状 Rg shape_rg35.90 Å
总 Rg total_rg36.62 Å
总原子数 total_atoms5491
残基数 n_residues650
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax128.5 Å
Rg (实空间) rg_real36.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real9.4670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal94660000.0000
解质量估计 total_estimate0.8523
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.9 Å
偏度 Skewness skewness0.403
峰度 Kurtosis kurtosis-0.454
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7177000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.722; Smooth: 0.912
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6cdsa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cdsa2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family familya.11.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cdsa3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cdsb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cdsb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.11 — Acyl-CoA binding protein-like
超家族 Superfamily superfamilya.11.2 — Second domain of FERM
家族 Family familya.11.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cdsb3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6cdsA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6cdsB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)