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6cee

Crystal structure of fragment 3-(1-Methyl-2-oxo-1,2-dihydroquinoxalin-3-yl)propionic acid bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone deacetylase 6

Homo sapiens

UniProt Q9UBN7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1109–1213 未记录 ZN ZINC ION × 3 EYM 3-(4-methyl-3-oxo-3,4-dihydroquinoxalin-2-yl)propanoic acid × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2 M Na-formate, 0.2 M Na-acetate pH4.6, 5 % ethylene glycol 分辨率 1.55 Å R-free 0.169

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6CEE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3C5K Crystal structure of human HDAC6 zinc finger domain 提交 2008-01-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1215（107 aa） 片段：Residues 1109-1215
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；3.5M Na formate, 100mM Bis-tris propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 1.55 Å R-free 0.227
3GV4 Crystal structure of human HDAC6 zinc finger domain and ubiquitin C-terminal peptide RLRGG 提交 2009-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1109–1215（107 aa） 片段：UNP residues 1109-1215
未记录 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；20% PEG3350, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 1.72 Å R-free 0.230
3PHD Crystal structure of human HDAC6 in complex with ubiquitin 提交 2010-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1109–1215（107 aa）
链 B 1109–1215（107 aa）
链 C 1109–1215（107 aa）
链 D 1109–1215（107 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；297 K；15% PEG 3350, 0.1M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.6, temperature 297K
分辨率 3.00 Å R-free 0.265
5B8D Crystal structure of a low occupancy fragment candidate (N-(4-Methyl-1,3-thiazol-2-yl)propanamide) bound adjacent to the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2016-06-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 FMT FORMIC ACID × 2 6T4 ~{N}-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 36 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M Na-formate, 0.2M Na-acetate pH4.6, 5% ethylene glycol
分辨率 1.05 Å R-free 0.146
5EDU Crystal structure of human histone deacetylase 6 catalytic domain 2 in complex with trichostatin A 提交 2015-10-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 479–835（357 aa） 片段：MBP + HD6 catalytic domain 2 (UNP residues 479-835)
未记录 TSN TRICHOSTATIN A × 1 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M potassium sodium tartrate, 20% PEG3350
分辨率 2.79 Å R-free 0.275
5EDU Crystal structure of human histone deacetylase 6 catalytic domain 2 in complex with trichostatin A 提交 2015-10-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 479–835（357 aa） 片段：MBP + HD6 catalytic domain 2 (UNP residues 479-835)
未记录 TSN TRICHOSTATIN A × 1 ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M potassium sodium tartrate, 20% PEG3350
分辨率 2.79 Å R-free 0.275
5KH3 Crystal structure of fragment (3-(5-Chloro-1,3-benzothiazol-2-yl)propanoic acid) bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2016-06-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 13 6U6 3-(5-chloranyl-1,3-benzothiazol-2-yl)propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M Na-formate, 0.2M Na-acetate pH4.6, 5% ethylene glycol
分辨率 1.60 Å R-free 0.191
5KH7 Crystal structure of fragment (3-[6-Oxo-3-(3-pyridinyl)-1(6H)-pyridazinyl]propanoic acid) bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2016-06-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 6T7 3-(6-oxidanylidene-3-pyridin-3-yl-pyridazin-1-yl)propanoic acid × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M Na-formate, 0.2M Na-acetate pH4.6, 5% ethylene glycol
分辨率 1.70 Å R-free 0.183
5KH9 Crystal structure of a low occupancy fragment candidate (5-[(4-Isopropylphenyl)amino]-6-methyl-1,2,4-triazin-3(2H)-one) bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2016-06-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 FMT FORMIC ACID × 1 6T5 6-methyl-5-[(4-propan-2-ylphenyl)amino]-2~{H}-1,2,4-triazin-3-one × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 33 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M Na-formate, 0.2M Na-acetate pH4.6, 5% ethylene glycol
分辨率 1.07 Å R-free 0.150
5WBN Crystal structure of fragment 3-(3-Benzyl-2-oxo-2H-[1,2,4]triazino[2,3-c]quinazolin-6-yl)propanoic acid bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2017-06-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1108–1213（106 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 9ZV 3-(3-benzyl-2-oxo-2H-[1,2,4]triazino[2,3-c]quinazolin-6-yl)propanoic acid × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 8 FMT FORMIC ACID × 3 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M Na-formate, 0.2M Na-acetate pH4.6, 5% ethylene glycol
分辨率 1.64 Å R-free 0.168
5WPB Crystal structure of fragment 3-(3-(pyridin-2-ylmethoxy)quinoxalin-2-yl)propanoic acid bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2017-08-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 957–1056（100 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 B8P 3-{3-[(pyridin-2-yl)methoxy]quinoxalin-2-yl}propanoic acid × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M Na-formate, 0.2M Na-acetate pH4.6, 5% ethylene glycol
分辨率 1.55 Å R-free 0.162
6CE6 Structure of HDAC6 zinc-finger ubiquitin binding domain soaked with 3,3'-(benzo[1,2-d:5,4-d']bis(thiazole)-2,6-diyl)dipropionic acid 提交 2018-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 EYP 3,3'-(benzo[1,2-d:5,4-d']bis[1,3]thiazole-2,6-diyl)dipropanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2 M Na-formate, 0.2 M Na-acetate pH4.6, 5 % ethylene glycol
分辨率 1.60 Å R-free 0.196
6CE8 Crystal structure of fragment 2-(Benzo[d]thiazol-2-yl)acetic acid bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2018-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 EYV (1,3-benzothiazol-2-yl)acetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2 M Na-formate, 0.2 M Na-acetate pH4.6, 5 % ethylene glycol
分辨率 1.55 Å R-free 0.168
6CEA Crystal structure of fragment 3-(quinolin-2-yl)propanoic acid bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2018-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 EYY 3-(quinolin-2-yl)propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2 M Na-formate, 0.2 M Na-acetate pH4.6, 5 % ethylene glycol
分辨率 1.60 Å R-free 0.198
6CEC Crystal structure of fragment 3-(3-Methoxy-2-quinoxalinyl)propanoic acid bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2018-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 EY7 3-(3-methoxyquinoxalin-2-yl)propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2 M Na-formate, 0.2 M Na-acetate pH4.6, 5 % ethylene glycol
分辨率 1.55 Å R-free 0.186
6CED Crystal structure of fragment 3-(3-Methyl-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)propanoic acid bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2018-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 EYA 3-(3-methyl-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)propanoic acid × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2 M Na-formate, 0.2 M Na-acetate pH4.6, 5 % ethylene glycol
分辨率 1.70 Å R-free 0.191
6CEF Crystal structure of fragment 3-(1,3-Benzothiazol-2-yl)propanoic acid bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain 提交 2018-02-11 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 EYJ 3-(1,3-benzothiazol-2-yl)propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2 M Na-formate, 0.2 M Na-acetate pH4.6, 5 % ethylene glycol
分辨率 1.80 Å R-free 0.181
7ZYU HDAC6 ZnF domain inhibitor - DARPin (Designed Ankyrin repeat protein) F10 提交 2022-05-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1108–1215（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；3.6 M sodium formate, Bis-Tris 0.1M pH=6.7, 10% w/v Glycerol, 30% w/v 1,8-Diaminooctane(additive).
分辨率 2.43 Å R-free 0.250
8G43 Structure of HDAC6 zinc-finger ubiquitin binding domain in complex with 3-(3-(2-(methylamino)-2-oxoethyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)propanoic acid 提交 2023-02-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ZU6 3-{3-[2-(methylamino)-2-oxoethyl]-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl}propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2 M sodium formate, 0.2 M sodium acetate pH4.6, 5 % ethylene glycol
分辨率 1.55 Å R-free 0.177
8G44 Structure of HDAC6 zinc-finger ubiquitin binding domain in complex with 3-(3-(2-(benzylamino)-2-oxoethyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)propanoic acid 提交 2023-02-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ZU9 3-{3-[2-(benzylamino)-2-oxoethyl]-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl}propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2 M sodium formate, 0.2 M sodium acetate pH4.6, 5 % ethylene glycol
分辨率 1.55 Å R-free 0.193
8G45 Structure of HDAC6 zinc-finger ubiquitin binding domain in complex with SGC-UBD253 chemical probe 提交 2023-02-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1109–1213（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ZUE 3-[8-chloro-3-(2-{[(2-methoxyphenyl)methyl]amino}-2-oxoethyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；2 M sodium formate, 0.2 M sodium acetate pH4.6, 5 % ethylene glycol
分辨率 1.62 Å R-free 0.190

共 20 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HDAC6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–107； UniProt 1109–1213

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cee
沉积日期 deposition_date2018-02-11
结构标题 titleCrystal structure of fragment 3-(1-Methyl-2-oxo-1,2-dihydroquinoxalin-3-yl)propionic acid bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain
关键词 keywordsHISTONE DEACETYLASE, HDAC, HDAC6, UBIQUITIN, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, SGC, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6ceeA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (0)