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6cf6

RNF146 TBM-Tankyrase ARC2-3 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tankyrase-1

Mus musculus

UniProt Q6PFX9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 308–655 链 B； UniProt 308–655 未记录 RNF146 × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；30 mM sodium citrate pH 5.6, 60 mM ammonium acetate, 27% 2-methyl-2,4-pentanediol 分辨率 1.93 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6CF6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3UTM Crystal structure of a mouse Tankyrase-Axin complex 提交 2011-11-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 308–655（348 aa） 片段：mTNKS1 ARC23 (UNP Residues 308-655)
链 B 308–655（348 aa） 片段：mTNKS1 ARC23 (UNP Residues 308-655)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；295 K；0.06 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.2M ammonium acetate, 18% MPD, and 20mM DTT, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 2.00 Å R-free 0.238
4N4T Co-crystal structure of tankyrase 1 with compound 3 [(4S)-3-{4-[6-amino-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-3-yl]phenyl}-5,5-dimethyl-4-phenyl-1,3-oxazolidin-2-one] 提交 2013-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1097–1307（211 aa） 片段：UNP residues 1104-1314
未记录 ZN ZINC ION × 1 2GV (4S)-3-{4-[6-amino-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-3-yl]phenyl}-5,5-dimethyl-4-phenyl-1,3-oxazolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2-0.4 M DiAmmonium Tartrate, 12.5-25% PEG 3350, pH 5.0-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.31 Å R-free 0.275
4N4T Co-crystal structure of tankyrase 1 with compound 3 [(4S)-3-{4-[6-amino-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-3-yl]phenyl}-5,5-dimethyl-4-phenyl-1,3-oxazolidin-2-one] 提交 2013-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1097–1307（211 aa） 片段：UNP residues 1104-1314
未记录 ZN ZINC ION × 1 2GV (4S)-3-{4-[6-amino-5-(pyrimidin-2-yl)pyridin-3-yl]phenyl}-5,5-dimethyl-4-phenyl-1,3-oxazolidin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2-0.4 M DiAmmonium Tartrate, 12.5-25% PEG 3350, pH 5.0-6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.31 Å R-free 0.275
5HKP Crystal structure of mouse Tankyrase/human TRF1 complex 提交 2016-01-14 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 308–655（348 aa） 片段：UNP residues 308-655
链 B 308–655（348 aa） 片段：UNP residues 308-655
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.035M Calcium Chloride dihydrate 0.07M MES monohydrate pH6.0 0.03M Tris pH8.5 31.5% v/v Polyethylene glycol 200 6% v/v Ethanol
分辨率 2.20 Å R-free 0.229

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TNKS1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–348； UniProt 308–655 作者链 B； PDB构建体 1–348； UniProt 308–655

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6cf6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6cf6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cf6
沉积日期 deposition_date2018-02-13
结构标题 titleRNF146 TBM-Tankyrase ARC2-3 complex
关键词 keywordscomplex, E3 ligase, PARP, ankyrin repeat, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.95 Å
零角强度 I(0) i085991000.00
分子量 molecular_weight71700.0 kDa
排除体积 excluded_volume89065 ų
包络体积 envelope_volume113530 ų
水化壳体积 shell_volume30254 ų
包络直径 envelope_diameter128.0 Å
壳层 Rg shell_rg36.67 Å
包络 Rg envelope_rg34.57 Å
形状 Rg shape_rg33.94 Å
总 Rg total_rg34.20 Å
总原子数 total_atoms5030
残基数 n_residues661
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.6 Å
Rg (实空间) rg_real34.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real8.5990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal85990000.0000
解质量估计 total_estimate0.8474
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary43.3 Å
偏度 Skewness skewness0.346
峰度 Kurtosis kurtosis-0.357
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6095000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.777; Smooth: 0.890
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6cf6A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id6cf6A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id6cf6B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
结构域编号 domain_id6cf6B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Ankyrin repeat-containing domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)