6cik

Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V(D)J recombination-activating protein 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 5	V(D)J recombination-activating protein 2 × 2 （P21784） High mobility group protein B1 × 1 （P09429） Intact 12RSS substrate reverse strand × 1 Intact 12RSS substrate forward strand × 1 Nicked 23RSS intermediate reverse strand × 1 ;DNA (5'-D(APTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTP*A)-3') ; × 1 Nicked 23RSS intermediate forward strand × 1 ZINC ION × 2 MANGANESE (II) ION × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAG1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–625； UniProt 384–1008 作者链 C； PDB构建体 1–625； UniProt 384–1008

V(D)J recombination-activating protein 2

Mus musculus

UniProt P21784

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 5	V(D)J recombination-activating protein 1 × 2 （P15919） High mobility group protein B1 × 1 （P09429） Intact 12RSS substrate reverse strand × 1 Intact 12RSS substrate forward strand × 1 Nicked 23RSS intermediate reverse strand × 1 ;DNA (5'-D(APTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTP*A)-3') ; × 1 Nicked 23RSS intermediate forward strand × 1 ZINC ION × 2 MANGANESE (II) ION × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAG2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359 作者链 D； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359

High mobility group protein B1

Homo sapiens

UniProt P09429

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 5	V(D)J recombination-activating protein 1 × 2 （P15919） V(D)J recombination-activating protein 2 × 2 （P21784） Intact 12RSS substrate reverse strand × 1 Intact 12RSS substrate forward strand × 1 Nicked 23RSS intermediate reverse strand × 1 ;DNA (5'-D(APTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTP*A)-3') ; × 1 Nicked 23RSS intermediate forward strand × 1 ZINC ION × 2 MANGANESE (II) ION × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HMGB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cik
沉积日期 deposition_date	2018-02-24
结构标题 title	Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+
关键词 keywords	VDJ recombination, RSS, RAG1/2, RECOMBINATION, RECOMBINATION-DNA complex; RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6cik__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6cik__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6cik__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.21 Å
Rg（电子密度）	45.57 Å
总 Rg	45.72 Å
原子数	18697
残基数	2147
排除体积	320350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6cik__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V(D)J recombination-activating protein 1
分子量 formula_weight	71716.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-,2.3.2.27
突变 mutation	E962Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	18735

VHINKGGRPRQHLLSLTRRAQKHRLRELKIQVKEFADKEEGGDVKAVCLTLFLLALRARNEHRQADELEAIMQGRGSGLQPAVCLAIRVNTFLSCSQYHKMYRTVKAITGRQIFQPLHALRNAEKVLLPGYHPFEWQPPLKNVSSRTDVGIIDGLSGLASSVDEYPVDTIAKRFRYDSALVSALMDMEEDILEGMRSQDLDDYLNGPFTVVVKESCDGMGDVSEKHGSGPAVPEKAVRFSFTVMRITIEHGSQNVKVFEEPKPNSELCCKPLCLMLADESDHETLTAILSPLIAEREAMKSSELTLEMGGIPRTFKFIFRGTGYDEKLVREVEGLEASGSVYICTLCDTTRLEASQNLVFHSITRSHAENLQRYEVWRSNPYHESVEELRDRVKGVSAKPFIETVPSIDALHCDIGNAAEFYKIFQLEIGEVYKHPNASKEERKRWQATLDKHLRKRMNLKPIMRMNGNFARKLMTQETVDAVCELIPSEERHEALRELMDLYLKMKPVWRSSCPAKECPESLCQYSFNSQRFAELLSTKFKYRYEGKITNYFHKTLAHVPEIIERDGSIGAWASEGNQSGNKLFRRFRKMNARQSKCYEMEDVLKHHWLYTSKYLQKFMNAHNA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V(D)J recombination-activating protein 2
分子量 formula_weight	40036.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MSLQMVTVGHNIALIQPGFSLMNFDGQVFFFGQKGWPKRSCPTGVFHFDIKQNHLKLKPAIFSKDSCYLPPLRYPATCSYKGSIDSDKHQYIIHGGKTPNNELSDKIYIMSVACKNNKKVTFRCTEKDLVGDVPEPRYGHSIDVVYSRGKSMGVLFGGRSYMPSTQRTTEKWNSVADCLPHVFLIDFEFGCATSYILPELQDGLSFHVSIARNDTVYILGGHSLASNIRPANLYRIRVDLPLGTPAVNCTVLPGGISVSSAILTQTNNDEFVIVGGYQLENQKRMVCSLVSLGDNTIEISEMETPDWTSDIKHSKIWFGSNMGNGTIFLGIPGDNKQAMSEAFYFYTLRCSEEDLSEDQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	High mobility group protein B1
分子量 formula_weight	18897.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MGKGDPKKPRGKMSSYAFFVQTCREEHKKKHPDASVNFSEFSKKCSERWKTMSAKEKGKFEDMAKADKARYEREMKTYIPPKGETKKKFKDPNAPKRPPSAFFLFCSEYRPKIKGEHPGLSIGDVAKKLGEMWNNTAADDKQPYEKKAAKLKEKYEKDIAAYR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Intact 12RSS substrate reverse strand
分子量 formula_weight	12140.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGGTTTTTGTTAAGGGCTGTATCACTGTGTAAGACAGGC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Intact 12RSS substrate forward strand
分子量 formula_weight	12194.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

GCCTGTCTTACACAGTGATACAGCCCTTAACAAAAACCCG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Nicked 23RSS intermediate reverse strand
分子量 formula_weight	16978.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

AGGGTTTTTGTCTGGCTTCACACTTGATTTGCATCACTGTGTAAGACAGGCCAGA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	4551.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCTGGCCTGTCTTA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Nicked 23RSS intermediate forward strand
分子量 formula_weight	12326.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

CACAGTGATGCAAATCAAGTGTGAAGCCAGACAAAAACCC

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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晶胞边长 a length_a	156.423 Å
晶胞边长 b length_b	123.149 Å
晶胞边长 c length_c	186.327 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	37.842 Å
R 因子 r_factor	0.2109
R_work r_work	0.2089
R_free r_free	0.2489

Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V(D)J recombination-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V(D)J recombination-activating protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

High mobility group protein B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6cik__assembly_1__model_1

6cik__assembly_1__model_1 | I(q)

6cik__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 引用文献 (1)