6cik

Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 147.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V(D)J recombination-activating protein 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 5 DNA 5 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 384–1008 链 C； UniProt 384–1008	突变：E962Q	V(D)J recombination-activating protein 2 × 2 （P21784） High mobility group protein B1 × 1 （P09429） Intact 12RSS substrate reverse strand × 1 Intact 12RSS substrate forward strand × 1 Nicked 23RSS intermediate reverse strand × 1 ;DNA (5'-D(APTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTP*A)-3') ; × 1 Nicked 23RSS intermediate forward strand × 1 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；12-16% PEG 3350, 200 mM NaNO3, 50 mM HEPES, pH 6.9	分辨率 3.15 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6CIK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RMD RAG1 DIMERIZATION DOMAIN 提交 1997-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 265–380（116 aa）片段：ZINC-BINDING DIMERIZATION DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；5-10 % PEG 4K, 100MM HEPES, PH 7.5, 10% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
21WB NZD domain of Mouse RAG1 提交 2025-12-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 89–223（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
3GNA Crystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA 提交 2009-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 389–464（76 aa）片段：Nonamer binding domain: UNP residues 389-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
3GNB Crystal structure of the RAG1 nonamer-binding domain with DNA 提交 2009-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 389–464（76 aa）片段：Nonamer binding domain: UNP residues 389-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 392–1008（617 aa）片段：UNP Residues 391-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 392–1008（617 aa）片段：UNP Residues 391-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 C 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 383-1008	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.	分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 C 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 383-1008	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.	分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 C 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 C 384–1008（625 aa）片段：UNP residues 384-1008	未记录	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
6CG0 Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A) 提交 2018-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 A 265–1039（775 aa）链 C 265–1039（775 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
6CIJ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A) 提交 2018-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 A 265–1040（776 aa）链 C 265–1040（776 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6CIL PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+ 提交 2018-02-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 A 384–1008（625 aa）链 C 384–1008（625 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 4.15 Å R-free 0.231
6CIM Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric	链 A 384–1008（625 aa）链 C 384–1008（625 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 3.60 Å R-free 0.254
6OEM Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA0) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6OEN Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OEO Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
6OEP Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-NFC/23RSS-PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6OEQ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-PRC/23RSS-NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OER Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA2) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
6OES Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex (without NBD domain) 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å
6OET Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	突变：E962Q 突变：E962Q	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6V0V Cryo-EM structure of mouse WT RAG1/2 NFC complex (DNA0) 提交 2019-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 265–1039（775 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
6XNX Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Dynamic-Form) 提交 2020-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 261–1008（748 aa）链 C 261–1008（748 aa）	突变：R848M, E649V 突变：R848M, E649V	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6XNY Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Paired-Form) 提交 2020-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 261–1008（748 aa）链 C 261–1008（748 aa）	突变：R848M, E649V 突变：R848M, E649V	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6XNZ Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Target Capture Complex 提交 2020-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 261–1008（748 aa）链 C 261–1008（748 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9JPU CryoEM structure of mouse RAG SEC-PHD 提交 2024-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9JPX CryoEM structure of mouse RAG SEC-0 提交 2024-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9JQN CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA 提交 2024-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9JTS CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (12RSS side) 提交 2024-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9JTU CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (23RSS side) 提交 2024-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 A 1–1040（1040 aa）链 C 1–1040（1040 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å

共 30 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAG1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–625； UniProt 384–1008 作者链 C； PDB构建体 1–625； UniProt 384–1008

V(D)J recombination-activating protein 2

Mus musculus

UniProt P21784

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 5 DNA 5 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–359 链 D； UniProt 1–359	未记录	V(D)J recombination-activating protein 1 × 2 （P15919） High mobility group protein B1 × 1 （P09429） Intact 12RSS substrate reverse strand × 1 Intact 12RSS substrate forward strand × 1 Nicked 23RSS intermediate reverse strand × 1 ;DNA (5'-D(APTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTP*A)-3') ; × 1 Nicked 23RSS intermediate forward strand × 1 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；12-16% PEG 3350, 200 mM NaNO3, 50 mM HEPES, pH 6.9	分辨率 3.15 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6CIK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JWO A PHD finger motif in the C-terminus of RAG2 modulates recombination activity 提交 2007-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 414–487（74 aa）片段：PHD finger motif: Residues 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RAG2 PHD domain, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2V83 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487 链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487 链 C 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；10% PEG 5000 MONOMETHYL ETHER, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K.	分辨率 2.40 Å R-free 0.230
2V85 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me1K4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
2V85 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me1K4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 20% PEG 3350, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.197
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V87 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
2V87 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
2V88 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me2 peptide 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM POTASSIUM FLUORIDE. TEMPERATURE 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2V88 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me2 peptide 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM POTASSIUM FLUORIDE. TEMPERATURE 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
2V89 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS OF COMPLEX WERE OBTAINED AT 3 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION AND 1:1.5 MOLAR RATIO OF PROTEIN TO PEPTIDE USING HANGING DROP AND VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 293K. PRECIPITANT SOLUTION: 26% PEG 3350, 0.18M POTASSIUM THIOCYANATE.	分辨率 1.10 Å R-free 0.155
2V89 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3K4me3 peptide at 1.1A resolution 提交 2007-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 414–487（74 aa）片段：RESIDUES 414-487	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；CRYSTALS OF COMPLEX WERE OBTAINED AT 3 MG/ML PROTEIN CONCENTRATION AND 1:1.5 MOLAR RATIO OF PROTEIN TO PEPTIDE USING HANGING DROP AND VAPOR DIFFUSION TECHNIQUE AT 293K. PRECIPITANT SOLUTION: 26% PEG 3350, 0.18M POTASSIUM THIOCYANATE.	分辨率 1.10 Å R-free 0.155
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 2–350（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
4WWX Crystal structure of the core RAG1/2 recombinase 提交 2014-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 2–350（349 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 7.1), 10-15% PEG 3350, 200 mM tribasic ammonium citrate (pH 7.0), 100 mM KCl	分辨率 3.20 Å R-free 0.259
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZDZ Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in Ca2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	CA CALCIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 2.80 Å R-free 0.242
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.	分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE0 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked(with Dideoxy) 12RSS/23RSS complex in Mg2+ 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200 mM Potassium formate.	分辨率 2.75 Å R-free 0.234
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE1 Hairpin Forming Complex, RAG1/2-Nicked 12RSS/23RSS complex in 2mM Mn2+ for 10 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.00 Å R-free 0.232
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 B 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
5ZE2 Hairpin Complex, RAG1/2-hairpin 12RSS/23RSS complex in 5mM Mn2+ for 2 min at 4'C 提交 2018-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 D 1–387（387 aa）片段：UNP residues 1-387	突变：M1V	ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100mM MES (pH 6.8), 15% PEG 3350, 200mM Potassium formate	分辨率 3.30 Å R-free 0.237
6CG0 Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A) 提交 2018-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 B 1–520（520 aa）链 D 1–520（520 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
6CIJ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A) 提交 2018-02-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 B 1–520（520 aa）链 D 1–520（520 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6CIL PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+ 提交 2018-02-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–359（359 aa）链 D 1–359（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 4.15 Å R-free 0.231
6CIM Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric	链 B 1–359（359 aa）链 D 1–359（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 3.60 Å R-free 0.254
6OEM Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA0) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6OEN Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OEO Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
6OEP Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-NFC/23RSS-PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6OEQ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 12RSS-PRC/23RSS-NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OER Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA2) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
6OES Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex (without NBD domain) 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.06 Å
6OET Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 STC complex 提交 2019-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6V0V Cryo-EM structure of mouse WT RAG1/2 NFC complex (DNA0) 提交 2019-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–520（520 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.61 Å
6XNX Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Dynamic-Form) 提交 2020-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 3–361（359 aa）链 D 3–361（359 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
6XNY Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Strand Transfer Complex (Paired-Form) 提交 2020-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 3–361（359 aa）链 D 3–361（359 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6XNZ Structure of RAG1 (R848M/E649V)-RAG2-DNA Target Capture Complex 提交 2020-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 3–361（359 aa）链 D 3–361（359 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH7.6, 0.5 mM TCEP, 5 mM MgCl2 and 150 mM KCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9JPU CryoEM structure of mouse RAG SEC-PHD 提交 2024-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）链 E 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.25 Å
9JPX CryoEM structure of mouse RAG SEC-0 提交 2024-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
9JQN CryoEM structure of mouse RAG SEC-2DNA 提交 2024-09-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9JTS CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (12RSS side) 提交 2024-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9JTU CryoEM structure of mouse RAG SEC-1DNA (23RSS side) 提交 2024-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：decameric	链 B 1–527（527 aa）链 D 1–527（527 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.43 Å

共 33 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAG2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359 作者链 D； PDB构建体 1–359； UniProt 1–359

High mobility group protein B1

Homo sapiens

UniProt P09429

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 5 DNA 5 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 N； UniProt 1–163	未记录	V(D)J recombination-activating protein 1 × 2 （P15919） V(D)J recombination-activating protein 2 × 2 （P21784） Intact 12RSS substrate reverse strand × 1 Intact 12RSS substrate forward strand × 1 Nicked 23RSS intermediate reverse strand × 1 ;DNA (5'-D(APTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTP*A)-3') ; × 1 Nicked 23RSS intermediate forward strand × 1 ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；12-16% PEG 3350, 200 mM NaNO3, 50 mM HEPES, pH 6.9	分辨率 3.15 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6CIK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LY4 HMGB1-facilitated p53 DNA binding occurs via HMG-box/p53 transactivation domain interaction and is regulated by the acidic tail 提交 2012-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–84（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 ambient NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0.5 mM PMSF, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RTU Solution structure of oxidized human HMGB1 A box 提交 2013-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–84（84 aa）片段：HMG box 1, UNP residues 1-84	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；293 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 0.5-0.6 mM [U-13C; U-15N] protein-1, 50 mM potassium phosphate-2, 10 % [U-2H] D2O-3, 150 mM potassium chloride-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-0.6 mM [U-13C; U-15N] protein-5, 5 % C12E5/n-hexanol-6, 10 % U-2H D2O-7, 150 mM potassium chloride-8, 50 mM potassium phosphate-9, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2YRQ Solution structure of the tandem HMG box domain from Human High mobility group protein B1 提交 2007-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–166（166 aa）片段：HMG box domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.09mM HMG box domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl (pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6CG0 Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex (3.17 A) 提交 2018-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 N 15–140（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
6CIJ Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 HFC complex containing partial HMGB1 linker(3.9 A) 提交 2018-02-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：undecameric	链 N 1–163（163 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6CIL PRE-REACTION COMPLEX, RAG1(E962Q)/2-INTACT/INTACT 12/23RSS COMPLEX IN MN2+ 提交 2018-02-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 N 1–163（163 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 4.15 Å R-free 0.231
6CIM Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-nicked/intact 12/23RSS complex in Mn2+ 提交 2018-02-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：decameric	链 N 1–163（163 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；18% PEG3350, 200 mM KNO3, 50 mM HEPES pH 6.9	分辨率 3.60 Å R-free 0.254
6OEM Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA0) 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 H 15–155（141 aa）链 N 15–155（141 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6OEN Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 PRC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric	链 H 1–163（163 aa）链 N 1–163（163 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6OEO Cryo-EM structure of mouse RAG1/2 NFC complex (DNA1) 提交 2019-03-27	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：nonameric	链 N 1–163（163 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
8I9M The RAGE and HMGB1 complex 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 89–163（75 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.19 Å
9CG9 Cryo-EM structure of an HMGB1 box bound to nucleosome at SHL-2 提交 2024-06-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 1–215（215 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied to grid.	分辨率 2.94 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HMGB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–163； UniProt 1–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cik
沉积日期 deposition_date	2018-02-24
结构标题 title	Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+
关键词 keywords	VDJ recombination, RSS, RAG1/2, RECOMBINATION, RECOMBINATION-DNA complex; RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.57 Å
零角强度 I(0) i0	1377530000.00
分子量 molecular_weight	269220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	320350 Å³
包络体积 envelope_volume	476740 Å³
水化壳体积 shell_volume	85054 Å³
包络直径 envelope_diameter	160.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.82 Å
包络 Rg envelope_rg	45.15 Å
形状 Rg shape_rg	45.60 Å
总 Rg total_rg	45.72 Å
总原子数 total_atoms	18697
残基数 n_residues	2147
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.7 Å
Rg (实空间) rg_real	46.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3780e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3600e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1378000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8903
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	56.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.186
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.441
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	96100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.862

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V(D)J recombination-activating protein 1
分子量 formula_weight	71716.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-,2.3.2.27
突变 mutation	E962Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	18735

VHINKGGRPRQHLLSLTRRAQKHRLRELKIQVKEFADKEEGGDVKAVCLTLFLLALRARNEHRQADELEAIMQGRGSGLQPAVCLAIRVNTFLSCSQYHKMYRTVKAITGRQIFQPLHALRNAEKVLLPGYHPFEWQPPLKNVSSRTDVGIIDGLSGLASSVDEYPVDTIAKRFRYDSALVSALMDMEEDILEGMRSQDLDDYLNGPFTVVVKESCDGMGDVSEKHGSGPAVPEKAVRFSFTVMRITIEHGSQNVKVFEEPKPNSELCCKPLCLMLADESDHETLTAILSPLIAEREAMKSSELTLEMGGIPRTFKFIFRGTGYDEKLVREVEGLEASGSVYICTLCDTTRLEASQNLVFHSITRSHAENLQRYEVWRSNPYHESVEELRDRVKGVSAKPFIETVPSIDALHCDIGNAAEFYKIFQLEIGEVYKHPNASKEERKRWQATLDKHLRKRMNLKPIMRMNGNFARKLMTQETVDAVCELIPSEERHEALRELMDLYLKMKPVWRSSCPAKECPESLCQYSFNSQRFAELLSTKFKYRYEGKITNYFHKTLAHVPEIIERDGSIGAWASEGNQSGNKLFRRFRKMNARQSKCYEMEDVLKHHWLYTSKYLQKFMNAHNA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V(D)J recombination-activating protein 2
分子量 formula_weight	40036.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MSLQMVTVGHNIALIQPGFSLMNFDGQVFFFGQKGWPKRSCPTGVFHFDIKQNHLKLKPAIFSKDSCYLPPLRYPATCSYKGSIDSDKHQYIIHGGKTPNNELSDKIYIMSVACKNNKKVTFRCTEKDLVGDVPEPRYGHSIDVVYSRGKSMGVLFGGRSYMPSTQRTTEKWNSVADCLPHVFLIDFEFGCATSYILPELQDGLSFHVSIARNDTVYILGGHSLASNIRPANLYRIRVDLPLGTPAVNCTVLPGGISVSSAILTQTNNDEFVIVGGYQLENQKRMVCSLVSLGDNTIEISEMETPDWTSDIKHSKIWFGSNMGNGTIFLGIPGDNKQAMSEAFYFYTLRCSEEDLSEDQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	High mobility group protein B1
分子量 formula_weight	18897.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MGKGDPKKPRGKMSSYAFFVQTCREEHKKKHPDASVNFSEFSKKCSERWKTMSAKEKGKFEDMAKADKARYEREMKTYIPPKGETKKKFKDPNAPKRPPSAFFLFCSEYRPKIKGEHPGLSIGDVAKKLGEMWNNTAADDKQPYEKKAAKLKEKYEKDIAAYR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Intact 12RSS substrate reverse strand
分子量 formula_weight	12140.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGGTTTTTGTTAAGGGCTGTATCACTGTGTAAGACAGGC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Intact 12RSS substrate forward strand
分子量 formula_weight	12194.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

GCCTGTCTTACACAGTGATACAGCCCTTAACAAAAACCCG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Nicked 23RSS intermediate reverse strand
分子量 formula_weight	16978.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

AGGGTTTTTGTCTGGCTTCACACTTGATTTGCATCACTGTGTAAGACAGGCCAGA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPCPTPGPGPCPCPTPGPTPCPTPTP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	4551.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

ATCTGGCCTGTCTTA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Nicked 23RSS intermediate forward strand
分子量 formula_weight	12326.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M

CACAGTGATGCAAATCAAGTGTGAAGCCAGACAAAAACCC

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	156.423 Å
晶胞边长 b length_b	123.149 Å
晶胞边长 c length_c	186.327 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	37.842 Å
R 因子 r_factor	0.2109
R_work r_work	0.2089
R_free r_free	0.2489

fit	/app/data/saxs_computation/ci/6cik/6cik.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ci/6cik/6cik.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ci/6cik/6cik.dat

Pre-Reaction Complex, RAG1(E962Q)/2-intact/nicked 12/23RSS complex in Mn2+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V(D)J recombination-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V(D)J recombination-activating protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

High mobility group protein B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)