SAXSdb — 6clv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydropteroate synthase

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–267	突变：F17L, E208K	6MB 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–267	突变：F17L, E208K	6MB 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–267	突变：F17L, E208K	6MB 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–267	突变：F17L, E208K	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–267 链 D； UniProt 1–267	突变：F17L, E208K	6MB 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210
6	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–267 链 C； UniProt 1–267	突变：F17L, E208K	6MB 4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6CLV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AD1 DIHYDROPTEROATE SYNTHETASE (APO FORM) FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS 提交 1997-02-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–267（266 aa）链 B 2–267（266 aa）	未记录	K POTASSIUM ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.218
1AD4 DIHYDROPTEROATE SYNTHETASE COMPLEXED WITH OH-CH2-PTERIN-PYROPHOSPHATE FROM STAPHYLOCOCCUS AUREUS 提交 1997-02-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–267（266 aa）链 B 2–267（266 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3 K POTASSIUM ION × 2 HH2 6-HYDROXYMETHYLPTERIN-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–267（267 aa）链 B 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K 突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204
6CLU Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure 提交 2018-03-02	结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–267（267 aa）链 D 1–267（267 aa）	突变：F17L, E208K 突变：F17L, E208K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium Nitrate, and 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.204

共 3 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHPS_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 25–291； UniProt 1–267 作者链 B； PDB构建体 25–291； UniProt 1–267 作者链 C； PDB构建体 25–291； UniProt 1–267 作者链 D； PDB构建体 25–291； UniProt 1–267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6clv
沉积日期 deposition_date	2018-03-02
结构标题 title	Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure
关键词 keywords	antibiotic resistance mutations, sulfonamide resistance, ANTIMICROBIAL PROTEIN; ANTIMICROBIAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.14 Å
零角强度 I(0) i0	179381000.00
分子量 molecular_weight	106090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	132610 Å³
包络体积 envelope_volume	169390 Å³
水化壳体积 shell_volume	43107 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.70 Å
包络 Rg envelope_rg	31.68 Å
形状 Rg shape_rg	32.17 Å
总 Rg total_rg	32.65 Å
总原子数 total_atoms	7443
残基数 n_residues	1002
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	179400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9110
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.004
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.748
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	66800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.952

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dihydropteroate synthase
分子量 formula_weight	32406.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.15
突变 mutation	F17L, E208K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7542

MGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHMLEMTKTKIMGILNVTPDSLSDGGKFNNVESAVTRVKAMMDEGADIIDVGGVSTRPGHEMITVEEELNRVLPVVEAIVGFDVKISVDTFRSEVAEACLKLGVDIINDQWAGLYDHRMFQVVAKYDAEIVLMHNGNGNRDEPVVEEMLTSLLAQAHQAKIAGIPSNKIWLDPGIGFAKTRNEEAEVMARLDELVATEYPVLLATSRKRFTKKMMGYDTTPVERDEVTAATTAYGIMKGVRAVRVHNVELNAKLAKGIDFLKENENARHNFS

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-{[(2-amino-4-oxo-3,4-dihydropteridin-6-yl)methyl]amino}-N-(3,4-dimethyl-1,2-oxazol-5-yl)benzene-1-sulfonamide
分子量 formula_weight	442.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6clva_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.21 — Dihydropteroate synthetase-like
家族 Family family	c.1.21.1 — Dihydropteroate synthetase

结构域编号 domain_id	d6clvb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.21 — Dihydropteroate synthetase-like
家族 Family family	c.1.21.1 — Dihydropteroate synthetase

结构域编号 domain_id	d6clvc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.21 — Dihydropteroate synthetase-like
家族 Family family	c.1.21.1 — Dihydropteroate synthetase

结构域编号 domain_id	d6clvd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.21 — Dihydropteroate synthetase-like
家族 Family family	c.1.21.1 — Dihydropteroate synthetase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6clvA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	6clvB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	6clvC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	6clvD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.750 Å
晶胞边长 b length_b	79.750 Å
晶胞边长 c length_c	175.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	47.432 Å
R 因子 r_factor	0.2119
R_work r_work	0.1907
R_free r_free	0.2099

fit	/app/data/saxs_computation/cl/6clv/6clv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cl/6clv/6clv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cl/6clv/6clv.dat

Staphylococcus aureus Dihydropteroate Synthase (saDHPS) F17L E208K double mutant structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydropteroate synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction