6cmj

Human CAMKK2 with GSK650393

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2

Homo sapiens

UniProt Q96RR4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 149–465 片段:UNP residues 149-465 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) F6J 2-(2-methylpropyl)-4-(5-phenyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)benzoic acid × 1 FMT FORMIC ACID × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;4 M sodium formate, 3% PEG8000, 20 mM ammonium sulfate 分辨率 2.40 Å R-free 0.219
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 149–465 片段:UNP residues 149-465 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) F6J 2-(2-methylpropyl)-4-(5-phenyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)benzoic acid × 1 FMT FORMIC ACID × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;4 M sodium formate, 3% PEG8000, 20 mM ammonium sulfate 分辨率 2.40 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KKCC2_HUMAN
Isoform Q96RR4-3
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 20–321; UniProt 149–465 作者链 B; PDB构建体 20–321; UniProt 149–465

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6cmj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6cmj
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cmj
沉积日期 deposition_date2018-03-05
结构标题 titleHuman CAMKK2 with GSK650393
关键词 keywordskinase, signaling protein, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.73
零角强度 I(0) i068229400.00
分子量 molecular_weight65861.0 kDa
排除体积 excluded_volume82720 ų
包络体积 envelope_volume103920 ų
水化壳体积 shell_volume30094 ų
包络直径 envelope_diameter105.3
壳层 Rg shell_rg35.57
包络 Rg envelope_rg29.70
形状 Rg shape_rg29.71
总 Rg total_rg30.33
总原子数 total_atoms4626
残基数 n_residues569
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.8
Rg (实空间) rg_real30.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70
I(0) (实空间) i0_real6.8230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.41
I(0) (倒空间) i0_reciprocal68230000.0000
解质量估计 total_estimate0.8741
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary29.1
偏度 Skewness skewness0.406
峰度 Kurtosis kurtosis-0.497
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha17140000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.901; Smooth: 0.929

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6cmja_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6cmjb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)