6cox

CYCLOOXYGENASE-2 (PROSTAGLANDIN SYNTHASE-2) COMPLEXED WITH A SELECTIVE INHIBITOR, SC-558 IN I222 SPACE GROUP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 99.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYCLOOXYGENASE-2

Mus musculus

UniProt Q05769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–604 链 B; UniProt 18–604 未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 S58 1-PHENYLSULFONAMIDE-3-TRIFLUOROMETHYL-5-PARABROMOPHENYLPYRAZOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8;20 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM NACL, 0.6% BETA- OCTYLGLUCOSIDE, 10 MG/ML PROTEIN, 1MM INHIBITOR MIXED WITH A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20-34% MONOMETHYL PEG 550, 10-240 MGCL2, 50 MM EPPS PH 8.0 IN THE RATIO OF 1:1 分辨率 2.80 Å R-free 0.309

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PGH2_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–587; UniProt 18–604 作者链 B; PDB构建体 1–587; UniProt 18–604

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6cox

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6cox
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cox
沉积日期 deposition_date1996-12-18
结构标题 titleCYCLOOXYGENASE-2 (PROSTAGLANDIN SYNTHASE-2) COMPLEXED WITH A SELECTIVE INHIBITOR, SC-558 IN I222 SPACE GROUP
关键词 keywords;PEROXIDASE, DIOXYGENASE, CYCLOOXYGENASE, NONSTEROIDAL ANTIINFLAMMATORY DRUGS, INFLAMMATION, ARTHRITIS, PROSTAGLANDIN, PROSTAGLANDIN SYNTHASE, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.18
零角强度 I(0) i0250725000.00
分子量 molecular_weight130130.0 kDa
排除体积 excluded_volume163790 ų
包络体积 envelope_volume191470 ų
水化壳体积 shell_volume49285 ų
包络直径 envelope_diameter103.1
壳层 Rg shell_rg39.94
包络 Rg envelope_rg31.01
形状 Rg shape_rg31.16
总 Rg total_rg31.95
总原子数 total_atoms9168
残基数 n_residues1102
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax99.3
Rg (实空间) rg_real31.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real2.5070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal250700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8312
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.5
偏度 Skewness skewness0.201
峰度 Kurtosis kurtosis-0.502
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha63460000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6coxa1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.2 — Myeloperoxidase-like
结构域编号 domain_idd6coxa2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module
结构域编号 domain_idd6coxb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.2 — Myeloperoxidase-like
结构域编号 domain_idd6coxb2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6coxA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
结构域编号 domain_id6coxA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type
结构域编号 domain_id6coxB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
结构域编号 domain_id6coxB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)