SAXSdb — 6cpk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 352–411	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成：1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Shank3 SH3, 20 mM Bis-Tris, 100 mM KCl, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Shank3 SH3, 20 mM Bis-Tris, 100 mM KCl, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成：1 mM [U-99% 15N] Shank3 SH3, 20 mM Bis-Tris, 100 mM KCl, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM Shank3 SH3, 20 mM Bis-Tris, 100 mM KCl, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6CPK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7C7I Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(E30D,K31E) 提交 2020-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–99（99 aa）链 D 1–99（99 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；14.4% (w/v) PEG 8000, Sodium cacodylate/Hydrochloric acid (pH 6.5), 160 mM Calcium acetate, 20% (v/v) Glycerol	分辨率 2.28 Å R-free 0.246
7C7J Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(G12V,Q63E) 提交 2020-05-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–99（99 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid (pH 8.0), 200 mM Calcium acetate	分辨率 2.39 Å R-free 0.255
7C7J Crystal structure of SHANK3 SPN domain in complex with GTP-bound Rap1b(G12V,Q63E) 提交 2020-05-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–99（99 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10% (w/v) PEG 8000, 100 mM Imidazole/Hydrochloric acid (pH 8.0), 200 mM Calcium acetate	分辨率 2.39 Å R-free 0.255

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHAN3_HUMAN
Isoform	Q9BYB0-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–61； UniProt 352–411

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cpk
沉积日期 deposition_date	2018-03-13
结构标题 title	Solution structure of SH3 domain from Shank3
关键词 keywords	PSD, scaffold protein, postsynaptic density, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.95 Å
零角强度 I(0) i0	376267000.00
分子量 molecular_weight	164740.0 kDa
排除体积 excluded_volume	206270 Å³
包络体积 envelope_volume	15651 Å³
水化壳体积 shell_volume	10203 Å³
包络直径 envelope_diameter	47.0 Å
壳层 Rg shell_rg	18.84 Å
包络 Rg envelope_rg	14.30 Å
形状 Rg shape_rg	10.85 Å
总 Rg total_rg	11.46 Å
总原子数 total_atoms	23025
残基数 n_residues	1525
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	41.8 Å
Rg (实空间) rg_real	11.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	376300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7041
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	14.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.362
峰度 Kurtosis kurtosis	0.223
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	115300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.395; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.963; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6cpka_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6cpkA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3
分子量 formula_weight	6616.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	23025

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/cp/6cpk/6cpk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cp/6cpk/6cpk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cp/6cpk/6cpk.dat

Solution structure of SH3 domain from Shank3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)