6cuu

Thermus thermophiles RNA polymerase in complex with promoter DNA and antibiotic Kanglemycin A

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q72HM5） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q72HM6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q72ID6） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q72L95） ;DNA (5'-D(PTPGPCPAPTPCPAPGPAPGPCPCPCPAPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPGPAPGPCPCPTPCPTPGPAPTPGPCP*A)-3') ; × 1 Kanglemycin A × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_THET2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315 作者链 B； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)

UniProt Q72HM5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q72I32） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q72HM6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q72ID6） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q72L95） ;DNA (5'-D(PTPGPCPAPTPCPAPGPAPGPCPCPCPAPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPGPAPGPCPCPTPCPTPGPAPTPGPCP*A)-3') ; × 1 Kanglemycin A × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_THET2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1119； UniProt 1–1119

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)

UniProt Q72HM6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q72I32） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q72HM5） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q72ID6） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q72L95） ;DNA (5'-D(PTPGPCPAPTPCPAPGPAPGPCPCPCPAPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPGPAPGPCPCPTPCPTPGPAPTPGPCP*A)-3') ; × 1 Kanglemycin A × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_THET2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1524； UniProt 1–1524

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)

UniProt Q72ID6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q72I32） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q72HM5） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q72HM6） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （Q72L95） ;DNA (5'-D(PTPGPCPAPTPCPAPGPAPGPCPCPCPAPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPGPAPGPCPCPTPCPTPGPAPTPGPCP*A)-3') ; × 1 Kanglemycin A × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_THET2
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

RNA polymerase sigma factor SigA

Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)

UniProt Q72L95

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 6 DNA 2	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q72I32） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q72HM5） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q72HM6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q72ID6） ;DNA (5'-D(PTPGPCPAPTPCPAPGPAPGPCPCPCPAPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPGPAPGPCPCPTPCPTPGPAPTPGPCP*A)-3') ; × 1 Kanglemycin A × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIGA_THET2
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cuu
沉积日期 deposition_date	2018-03-26
结构标题 title	Thermus thermophiles RNA polymerase in complex with promoter DNA and antibiotic Kanglemycin A
关键词 keywords	RNA polymerase, Kanglemycin A, transcription inhibitor, TRANSCRIPTION, transcription-dna-antibiotic complex; transcription/dna/antibiotic
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6cuu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6cuu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6cuu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.03 Å
Rg（电子密度）	52.77 Å
总 Rg	52.75 Å
原子数	28403
残基数	3526
排除体积	504160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6cuu__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	35056.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	28403

MLDSKLKAPVFTVRTQGREYGEFVLEPLERGFGVTLGNPLRRILLSSIPGTAVTSVYIEDVLHEFSTIPGVKEDVVEIILNLKELVVRFLNPSLQTVTLLLKAEGPKEVKARDFLPVADVEIMNPDLHIATLEEGGRLNMEVRVDRGVGYVPAEKHGIKDRINAIPVDAVFSPVRRVAFQVEDTRLGQRTDLDKLTLRIWTDGSVTPLEALNQAVEILREHLTYFSNPQAAAVAAPEEAKEPEAPPEQEEELDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLKNIPGIGERSLEEIKEALEKKGFTLKE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	125436.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEIKRFGRIREVIPLPPLTEIQVESYRRALQADVPPEKRENVGIQAAFRETFPIEEEDKGKGGLVLDFLEYRLGEPPFPQDECREKDLTYQAPLYARLQLIHKDTGLIKEDEVFLGHIPLMTEDGSFIINGADRVIVSQIHRSPGVYFTPDPARPGRYIASIIPLPKRGPWIDLEVEPNGVVSMKVNKRKFPLVLLLRVLGYDQETLARELGAYGELVQGLMDESVFAMRPEEALIRLFTLLRPGDPPKRDKAVAYVYGLIADPRRYDLGEAGRYKAEEKLGIRLSGRTLARFEDGEFKDEVFLPTLRYLFALTAGVPGHEVDDIDHLGNRRIRTVGELMTDQFRVGLARLARGVRERMLMGSEDSLTPAKLVNSRPLEAAIREFFSRSQLSQFKDETNPLSSLRHKRRISALGPGGLTRERAGFDVRDVHRTHYGRICPVETPEGANIGLITSLAAYARVDELGFIRTPYRRVVGGVVTDEVVYMTATEEDRYTIAQANTPLEGNRIAAERVVARRKGEPVIVSPEEVEFMDVSPKQVFSVNTNLIPFLEHDDANRALMGSNMQTQAVPLIRAQAPVVMTGLEERVVRDSLAALYAEEDGEVAKVDGNRIVVRYEDGRLVEYPLRRFYRSNQGTALDQRPRVVVGQRVRKGDLLADGPASENGFLALGQNVLVAIMPFDGYNFEDAIVISEELLKRDFYTSIHIERYEIEARDTKLGPERITRDIPHLSEAALRDLDEEGVVRIGAEVKPGDILVGRTSFKGESEPTPEERLLRSIFGEKARDVKDTSLRVPPGEGGIVVRTVRLRRGDPGVELKPGVREVVRVYVAQKRKLQVGDKLANRHGNKGVVAKILPVEDMPHLPDGTPVDVILNPLGVPSRMNLGQILETHLGLAGYFLGQRYISPIFDGAKEPEIKELLAQAFEVYFGKRKGEGFGVDKREVEVLRRAEKLGLVTPGKTPEEQLKELFLQGKVVLYDGRTGEPIEGPIVVGQMFIMKLYHMVEDKMHARSTGPYSLITQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAHTLQEMLTLKSDDIEGRNAAYEAIIKGEDVPEPSVPESFRVLVKELQALALDVQTLDEKDNPVDIFEGLASKR

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	170997.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKKEVRKVRIALASPEKIRSWSYGEVEKPETINYRTLKPERDGLFDERIFGPIKDYECACGKYKRQRFEGKVCERCGVEVTKSIVRRYRMGHIELATPAAHIWFVKDVPSKIGTLLDLSATELEQVLYFSKYIVLDPKGAILNGVPVEKRQLLTDEEYRELRYGKQETYPLPPGVDALVKDGEEVVKGQELAPGVVSRLDGVALYRFPRRVRVEYVKKERAGLRLPLAAWVEKEAYKPGEILAELPEPYLFRAEEEGVVELKELEEGAFLVLRREDEPVATYFLPVGMTPLVVHGEIVEKGQPLAEAKGLLRMPRQVRAAQVEAEEEGETVYLTLFLEWTEPKDYRVQPHMNVVVPEGARVEAGDKIVAAIDPEEEVIAEAEGVVHLHEPASILVVKARVYPFEDDVEVSTGDRVAPGDVLADGGKVKSDVYGRVEVDLVRNVVRVVESYDIDARMGAEAIQQLLKELDLEALEKELLEEMKHPSRARRAKARKRLEVVRAFLDSGNRPEWMILEAVPVLPPDLRPMVQVDGGRFATSDLNDLYRRLINRNNRLKKLLAQGAPEIIIRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGAPVTNPGSDRPLRSLTDILSGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKRMALELFKPFLLKKMEEKGIAPNVKAARRMLERQRDIKDEVWDALEEVIHGKVVLLNRAPTLHRLGIQAFQPVLVEGQSIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHVPLSSFAQAEARIQMLSAHNLLSPASGEPLAKPSRDIILGLYYITQVRKEKKGAGLEFATPEEALAAHERGEVALNAPIKVAGRETSVGRLKYVFANPDEALLAVAHGIVDLQDVVTVRYMGKRLETSPGRILFARIVAEAVEDEKVAWELIQLDVPQEKNSLKDLVYQAFLRLGMEKTARLLDALKYYGFTFSTTSGITIGIDDAVIPEEKKQYLEEADRKLLQIEQAYEMGFLTDRERYDQILQLWTETTEKVTQAVFKNFEENYPFNPLYVMAQSGARGNPQQIRQLCGLRGLMQKPSGETFEVPVRSSFREGLTVLEYFISSHGARKGGADTALRTADSGYLTRKLVDVTHEIVVREADCGTTNYISVPLFQPDEVTRSLRLRKRADIEAGLYGRVLAREVEVLGVRLEEGRYLSMDDVHLLIKAAEAGEIQEVPVRSPLTCQTRYGVCQKCYGYDLSMARPVSIGEAVGIVAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGAADITQGLPRVIELFEARRPKAKAVISEIDGVVRIEETEEKLSVFVESEGFSKEYKLPKEARLLVKDGDYVEAGQPLTRGAIDPHQLLEAKGPEAVERYLVEEIQKVYRAQGVKLHDKHIEIVVRQMMKYVEVTDPGDSRLLEGQVLEKWDVEALNERLIAEGKTPVAWKPLLMGVTKSALSTKSWLSAASFQNTTHVLTEAAIAGKKDELIGLKENVILGRLIPAGTGSDFVRFTQVVDQKTLKAIEEARKEAVEAKERPAARRGVKREQPGKQA

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	11533.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAEPGIDKLFGMVDSKYRLTVVVAKRAQQLLRHGFKNTVLEPEERPKMQTLEGLFDDPNAVTWAMKELLTGRLVFGENLVPEDRLQKEMERLYPVEREE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SigA
分子量 formula_weight	48568.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKKSKRKNAQAQEAQETEVLVQEEAEELPEFPEGEPDPDLEDPDLALEDDLLDLPEEGEGLDLEEEEEDLPIPKISTSDPVRQYLHEIGQVPLLTLEEEVELARKVEEGMEAIKKLSEITGLDPDLIREVVRAKILGSARVRHIPGLKETLDPKTVEEIDQKLKSLPKEHKRYLHIAREGEAARQHLIEANLRLVVSIAKKYTGRGLSFLDLIQEGNQGLIRAVEKFEYKRRFKFSTYATWWIRQAINRAIADQARTIRIPVHMVETINKLSRTARQLQQELGREPTYEEIAEAMGPGWDAKRVEETLKIAQEPVSLETPIGDEKDSFYGDFIPDEHLPSPVDAATQSLLSEELEKALSKLSEREAMVLKLRKGLIDGREHTLEEVGAFFGVTRERIRQIENKALRKLKYHESRTRKLRDFLD

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPCPAPTPCPAPGPAPGPCPCPCPAPAPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6674.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CCTGCATCAGAGCCCAAAATAC

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPTPAPAPTPGPGPGPAPGPCPCPTPCPTPGPAPTPGPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	8412.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

TATAATGGGAGCTGGCTCTGATGCAGG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	Kanglemycin A
分子量 formula_weight	986.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 19 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d6cuua1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.3 — RBP11-like subunits of RNA polymerase
家族 Family family	d.74.3.1 — RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d6cuua2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.181 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.181.1 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
家族 Family family	d.181.1.1 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit

结构域编号 domain_id	d6cuub1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.3 — RBP11-like subunits of RNA polymerase
家族 Family family	d.74.3.1 — RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d6cuub2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.181 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.181.1 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
家族 Family family	d.181.1.1 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit

结构域编号 domain_id	d6cuuc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.29 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
超家族 Superfamily superfamily	e.29.1 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
家族 Family family	e.29.1.1 — RNA-polymerase beta

结构域编号 domain_id	d6cuud_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.29 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
超家族 Superfamily superfamily	e.29.1 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
家族 Family family	e.29.1.2 — RNA-polymerase beta-prime

结构域编号 domain_id	d6cuue_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.143 — RPB6/omega subunit-like
超家族 Superfamily superfamily	a.143.1 — RPB6/omega subunit-like
家族 Family family	a.143.1.1 — RNA polymerase omega subunit

结构域编号 domain_id	d6cuuf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.177 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
超家族 Superfamily superfamily	a.177.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.177.1.1 — Sigma2 domain of RNA polymerase sigma factors

结构域编号 domain_id	d6cuuf2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.4.13.1 — Sigma3 domain

结构域编号 domain_id	d6cuuf3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.13 — Sigma3 and sigma4 domains of RNA polymerase sigma factors
家族 Family family	a.4.13.2 — Sigma4 domain

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	6cuuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	6cuuA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	6cuuB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	6cuuB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	6cuuC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

结构域编号 domain_id	6cuuC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	6cuuD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3

结构域编号 domain_id	6cuuD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain

结构域编号 domain_id	6cuuE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega

▶

晶胞边长 a length_a	185.221 Å
晶胞边长 b length_b	101.315 Å
晶胞边长 c length_c	294.279 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.994 Å
最低分辨率 resolution_low	46.305 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.2012
R_free r_free	0.2483

Thermus thermophiles RNA polymerase in complex with promoter DNA and antibiotic Kanglemycin A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor SigA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6cuu__assembly_1__model_1

6cuu__assembly_1__model_1 | I(q)

6cuu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 19 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (9 domains)