6cyq

Crystal structure of CTX-M-14 S70G/N106S beta-lactamase in complex with hydrolyzed cefotaxime

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid ; × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	;(2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9L5C7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–263； UniProt 29–291 作者链 B； PDB构建体 1–263； UniProt 29–291 作者链 C； PDB构建体 1–263； UniProt 29–291 作者链 D； PDB构建体 1–263； UniProt 29–291 作者链 E； PDB构建体 1–263； UniProt 29–291 作者链 F； PDB构建体 1–263； UniProt 29–291 作者链 G； PDB构建体 1–263； UniProt 29–291 作者链 H； PDB构建体 1–263； UniProt 29–291

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cyq
沉积日期 deposition_date	2018-04-06
结构标题 title	Crystal structure of CTX-M-14 S70G/N106S beta-lactamase in complex with hydrolyzed cefotaxime
关键词 keywords	Beta-lactamase CTX-M-14, hydrolase-antibiotic complex; hydrolase/antibiotic
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6cyq__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6cyq__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6cyq__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.37 Å
Rg（电子密度）	17.35 Å
总 Rg	18.26 Å
原子数	1959
残基数	260
排除体积	34635 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6cyq__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6cyq__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6cyq__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6cyq__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6cyq__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6cyq__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`6cyq__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`6cyq__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-lactamase
分子量 formula_weight	27943.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
突变 mutation	N106S, D240G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	17965

QTSAVQQKLAALEKSSGGRLGVALIDTADNTQVLYRGDERFPMCGTSKVMAAAAVLKQSETQKQLLNQPVEIKPADLVNYSPIAEKHVNGTMTLAELSAAALQYSDNTAMNKLIAQLGGPGGVTAFARAIGDETFRLDRTEPTLNTAIPGDPRDTTTPRAMAQTLRQLTLGHALGETQRAQLVTWLKGNTTGAASIRAGLPTSWTVGDKTGSGDYGTTNDIAVIWPQGRAPLVLVTYFTQPQQNAESRRDVLASAARIIAEGL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2R)-2-[(R)-{[(2Z)-2-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-2-(methoxyimino)acetyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro -2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	413.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2068

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6cyqa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

结构域编号 domain_id	d6cyqb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

结构域编号 domain_id	d6cyqc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

结构域编号 domain_id	d6cyqd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

结构域编号 domain_id	d6cyqe_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

结构域编号 domain_id	d6cyqf_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

结构域编号 domain_id	d6cyqg_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

结构域编号 domain_id	d6cyqh_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6cyqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	6cyqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	6cyqC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	6cyqD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	6cyqE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	6cyqF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	6cyqG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

结构域编号 domain_id	6cyqH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

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晶胞边长 a length_a	83.375 Å
晶胞边长 b length_b	83.375 Å
晶胞边长 c length_c	232.058 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.698 Å
最低分辨率 resolution_low	34.472 Å
R 因子 r_factor	0.1715
R_work r_work	0.1701
R_free r_free	0.1995

Crystal structure of CTX-M-14 S70G/N106S beta-lactamase in complex with hydrolyzed cefotaxime

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6cyq__assembly_4__model_1

6cyq__assembly_4__model_1 | I(q)

6cyq__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of CTX-M-14 S70G/N106S beta-lactamase in complex with hydrolyzed cefotaxime

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6cyq__assembly_4__model_1

6cyq__assembly_4__model_1 | I(q)

6cyq__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)