SAXSdb — 6d1v

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diaminopimelate epimerase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	RNA pyrophosphohydrolase × 1 （P0A776） ;RNA (5'-D((APC))-R(PGP*U)-3') ; × 1 GLYCEROL × 7 CHLORIDE ION × 5 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DAPF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–275； UniProt 1–274

RNA pyrophosphohydrolase

Escherichia coli

UniProt P0A776

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	Diaminopimelate epimerase × 1 （P0A6K1） ;RNA (5'-D((APC))-R(PGP*U)-3') ; × 1 GLYCEROL × 7 CHLORIDE ION × 5 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPPH_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–160； UniProt 1–159

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6d1v
沉积日期 deposition_date	2018-04-12
结构标题 title	Crystal structure of E. coli RppH-DapF complex, monomer bound to RNA
关键词 keywords	RNA decay, RppH, DapF, isomerase-hydrolase complex, isomerase-hydrolase-rna complex; isomerase/hydrolase/rna
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6d1v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6d1v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6d1v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.02 Å
Rg（电子密度）	27.59 Å
总 Rg	28.21 Å
原子数	3545
残基数	436
排除体积	62655 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6d1v__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Diaminopimelate epimerase
分子量 formula_weight	30332.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3839

SMQFSKMHGLGNDFMVVDAVTQNVFFSPELIRRLADRHLGVGFDQLLVVEPPYDPELDFHYRIFNADGSEVAQCGNGARCFARFVRLKGLTNKRDIRVSTANGRMVLTVTDDDLVRVNMGEPNFEPSAVPFRANKAEKTYIMRAAEQTILCGVVSMGNPHCVIQVDDVDTAAVETLGPVLESHERFPERANIGFMQVVKREHIRLRVYERGAGETQACGSGACAAVAVGIQQGLLAEEVRVELPGGRLDIAWKGPGHPLYMTGPAVHVYDGFIHL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA pyrophosphohydrolase
分子量 formula_weight	18894.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SMIDDDGYRPNVGIVICNRQGQVMWARRFGQHSWQFPQGGINPGESAEQAMYRELFEEVGLSRKDVRILASTRNWLRYKLPKRLVRWDTKPVCIGQKQKWFLLQLVSGDAEINMQTSSTPEFDGWRWVSYWYPVRQVVSFKRDVYRRVMKEFASVVMSLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-D((APC))-R(PGP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	1093.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

XGU

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	288

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6d1vA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	310 — Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6d1vA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	310 — Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6d1vB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

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晶胞边长 a length_a	160.644 Å
晶胞边长 b length_b	191.986 Å
晶胞边长 c length_c	51.207 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.810 Å
最低分辨率 resolution_low	61.601 Å
R 因子 r_factor	0.1994
R_work r_work	0.1988
R_free r_free	0.2196

Crystal structure of E. coli RppH-DapF complex, monomer bound to RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diaminopimelate epimerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA pyrophosphohydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6d1v__assembly_1__model_1

6d1v__assembly_1__model_1 | I(q)

6d1v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of E. coli RppH-DapF complex, monomer bound to RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diaminopimelate epimerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA pyrophosphohydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6d1v__assembly_1__model_1

6d1v__assembly_1__model_1 | I(q)

6d1v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)