SAXSdb — 6d6b

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional activator protein LasR

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2,4-dibromo-6-{[(2-nitrobenzene-1-carbonyl)amino]methyl}phenyl 2-nitrobenzoate × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2,4-dibromo-6-{[(2-nitrobenzene-1-carbonyl)amino]methyl}phenyl 2-nitrobenzoate × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2,4-dibromo-6-{[(2-nitrobenzene-1-carbonyl)amino]methyl}phenyl 2-nitrobenzoate × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2,4-dibromo-6-{[(2-nitrobenzene-1-carbonyl)amino]methyl}phenyl 2-nitrobenzoate × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LASR_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–170； UniProt 1–170 作者链 B； PDB构建体 1–170； UniProt 1–170 作者链 C； PDB构建体 1–170； UniProt 1–170 作者链 D； PDB构建体 1–170； UniProt 1–170 作者链 E； PDB构建体 1–170； UniProt 1–170 作者链 F； PDB构建体 1–170； UniProt 1–170 作者链 G； PDB构建体 1–170； UniProt 1–170 作者链 H； PDB构建体 1–170； UniProt 1–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6d6b
沉积日期 deposition_date	2018-04-20
结构标题 title	The structure of ligand binding domain of LasR in complex with TP-1 homolog, compound 11
关键词 keywords	LuxR receptor, signaling protein-agonist complex; signaling protein/agonist
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6d6b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6d6b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6d6b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.03 Å
Rg（电子密度）	20.73 Å
总 Rg	21.52 Å
原子数	2686
残基数	332
排除体积	47598 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6d6b__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6d6b__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6d6b__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6d6b__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcriptional activator protein LasR
分子量 formula_weight	19008.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	11472

MALVDGFLELERSSGKLEWSAILQKMASDLGFSKILFGLLPKDSQDYENAFIVGNYPAAWREHYDRAGYARVDPTVSHCTQSVLPIFWEPSIYQTRKQHEFFEEASAAGLVYGLTMPLHGARGELGALSLSVEAENRAEANRFMESVLPTLWMLKDYALQSGAGLAFEHP

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2,4-dibromo-6-{[(2-nitrobenzene-1-carbonyl)amino]methyl}phenyl 2-nitrobenzoate
分子量 formula_weight	579.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	750

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6d6bA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain

结构域编号 domain_id	6d6bB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain

结构域编号 domain_id	6d6bC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain

结构域编号 domain_id	6d6bD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain

结构域编号 domain_id	6d6bE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain

结构域编号 domain_id	6d6bF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain

结构域编号 domain_id	6d6bG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain

结构域编号 domain_id	6d6bH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain

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晶胞边长 a length_a	54.276 Å
晶胞边长 b length_b	84.467 Å
晶胞边长 c length_c	156.203 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	42.230 Å
R 因子 r_factor	0.1802
R_work r_work	0.1786
R_free r_free	0.2099

The structure of ligand binding domain of LasR in complex with TP-1 homolog, compound 11

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional activator protein LasR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6d6b__assembly_1__model_1

6d6b__assembly_1__model_1 | I(q)

6d6b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of ligand binding domain of LasR in complex with TP-1 homolog, compound 11

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional activator protein LasR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6d6b__assembly_1__model_1

6d6b__assembly_1__model_1 | I(q)

6d6b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)