6dc9

Fab/epitope complex of human chimeric monoclonal antibody h4E6 targeting a phosphorylated tau epitope.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated protein tau

物种未注明

UniProt P10636

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 696–725 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Fab heavy chain × 1 Fab light chain × 1 GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;25.5% polyethylene glycol 4000 and 0.17 M ammonium sulfate 分辨率 3.00 Å R-free 0.260
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 696–725 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Fab heavy chain × 1 Fab light chain × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;291 K;25.5% polyethylene glycol 4000 and 0.17 M ammonium sulfate 分辨率 3.00 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 248 个其他 PDB 条目、269 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TAU_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–30; UniProt 696–725 作者链 Q; PDB构建体 1–30; UniProt 696–725

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6dc9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6dc9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6dc9
沉积日期 deposition_date2018-05-04
结构标题 titleFab/epitope complex of human chimeric monoclonal antibody h4E6 targeting a phosphorylated tau epitope.
关键词 keywordsmonoclonal antibody, fab, tau, phosphorylation state -specific antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.92
零角强度 I(0) i0146106000.00
分子量 molecular_weight94083.0 kDa
排除体积 excluded_volume116580 ų
包络体积 envelope_volume154710 ų
水化壳体积 shell_volume38342 ų
包络直径 envelope_diameter109.0
壳层 Rg shell_rg40.09
包络 Rg envelope_rg33.38
形状 Rg shape_rg33.89
总 Rg total_rg34.47
总原子数 total_atoms6613
残基数 n_residues862
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.4
Rg (实空间) rg_real34.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81
I(0) (实空间) i0_real1.4610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal146100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9093
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary40.8
偏度 Skewness skewness0.223
峰度 Kurtosis kurtosis-0.643
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha21490000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.954; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.964

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6dc9H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6dc9I02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6dc9L01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6dc9L02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6dc9M01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6dc9M02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)