SAXSdb — 6dg5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-2 receptor subunit beta

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 2 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 27–235	未记录	Neoleukin-2/15 × 1 Cytokine receptor common subunit gamma × 1 （P34902） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.091 M Tris pH 7.5 8 mM imidazole pH 8.0 4.2% DEXTRAN SULFATE 50 mM sodium citrate 2.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.52 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL2RB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–209； UniProt 27–235

Cytokine receptor common subunit gamma

Mus musculus

UniProt P34902

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 3 其他聚合物 2 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 56–254	未记录	Neoleukin-2/15 × 1 Interleukin-2 receptor subunit beta × 1 （P16297） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.091 M Tris pH 7.5 8 mM imidazole pH 8.0 4.2% DEXTRAN SULFATE 50 mM sodium citrate 2.2 M ammonium sulfate	分辨率 2.52 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6DG5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8DDC Intramembrane recognition between transmembrane domains of IL-7R and common gamma chain 提交 2022-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 253–286（34 aa）片段：Transmembrane domain, residues 253-286	突变：M271V, C282F	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 1 NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 15N, 13C Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8DDD Intramembrane recognition between transmembrane domains of IL-9R and common gamma chain 提交 2022-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 253–286（34 aa）片段：Transmembrane domain, residues 253-286	突变：M271V, C282F	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 1 NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-9 receptor alpha subunit, 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 80 mM deuterated DMPC, 200 mM deuterated DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL2RG_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–199； UniProt 56–254

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dg5
沉积日期 deposition_date	2018-05-16
结构标题 title	Structure of a de novo designed Interleukin-2/Interleukin-15 mimetic complex with IL-2Rb and IL-2Rg
关键词 keywords	cytokine mimetic, cytokine receptor complex, BIOSYNTHETIC PROTEIN, BIOSYNTHETIC PROTEIN-Protein Binding complex; BIOSYNTHETIC PROTEIN/Protein Binding
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.54 Å
零角强度 I(0) i0	56450800.00
分子量 molecular_weight	58007.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72199 Å³
包络体积 envelope_volume	90445 Å³
水化壳体积 shell_volume	28282 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.56 Å
包络 Rg envelope_rg	27.95 Å
形状 Rg shape_rg	27.53 Å
总 Rg total_rg	28.19 Å
总原子数 total_atoms	4087
残基数 n_residues	492
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.6920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6832
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	98.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.393
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.275
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.852; Smooth: 0.933

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neoleukin-2/15
分子量 formula_weight	12112.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4100

GSHMPKKKIQLHAEHALYDALMILNIVKTNSPPAEEKLEDYAFNFELILEEIARLFESGDQKDEAEKAKRMKEWMKRIKTTASEDEQEEMANAIITILQSWIFS

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-2 receptor subunit beta
分子量 formula_weight	24469.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AVKNCSHLECFYNSRANVSCMWSHEEALNVTTCHVHAKSNLRHWNKTCELTLVRQASWACNLILGSFPESQSLTSVDLLDINVVCWEEKGWRRVKTCDFHPFDNLRLVAPHSLQVLHIDTQRCNISWKVSQVSHYIEPYLEFEARRRLLGHSWEDASVLSLKQRQQWLFLEMLIPSTSYEVQVRVKAQRNNTGTWSPWSQPLTFRTRPA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytokine receptor common subunit gamma
分子量 formula_weight	23799.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PLPEVQCFVFNIEYMNCTWNSSSEPQATNLTLHYRYKVSDNNTFQECSHYLFSKEITSGCQIQKEDIQLYQTFVVQLQDPQKPQRRAVQKLNLQNLVIPRAPENLTLSNLSESQLELRWKSRHIKERCLQYLVQYRSNRDRSWTELIVNHEPRFSLPSVDELKRYTFRVRSRYNPICGSSQQWSKWSQPVHWGSHTVEE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1219.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6dg5B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6dg5B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6dg5C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6dg5C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.125 Å
晶胞边长 b length_b	67.914 Å
晶胞边长 c length_c	172.084 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.516 Å
最低分辨率 resolution_low	47.005 Å
R 因子 r_factor	0.2256
R_work r_work	0.2211
R_free r_free	0.2659

fit	/app/data/saxs_computation/dg/6dg5/6dg5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dg/6dg5/6dg5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dg/6dg5/6dg5.dat

Structure of a de novo designed Interleukin-2/Interleukin-15 mimetic complex with IL-2Rb and IL-2Rg

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-2 receptor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytokine receptor common subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)