SAXSdb — 6diz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	VP2 × 60 （I6W7A3） VP3 × 60 （A0A0E3SXU7） VP4 × 60 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	VP2 × 1 （I6W7A3） VP3 × 1 （A0A0E3SXU7） VP4 × 1 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	VP2 × 5 （I6W7A3） VP3 × 5 （A0A0E3SXU7） VP4 × 5 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	VP2 × 6 （I6W7A3） VP3 × 6 （A0A0E3SXU7） VP4 × 6 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	VP2 × 1 （I6W7A3） VP3 × 1 （A0A0E3SXU7） VP4 × 1 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D4QGA8_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–297； UniProt 566–862

VP2

物种未注明

UniProt I6W7A3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	VP1 × 60 （D4QGA8） VP3 × 60 （A0A0E3SXU7） VP4 × 60 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	VP1 × 1 （D4QGA8） VP3 × 1 （A0A0E3SXU7） VP4 × 1 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	VP1 × 5 （D4QGA8） VP3 × 5 （A0A0E3SXU7） VP4 × 5 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	VP1 × 6 （D4QGA8） VP3 × 6 （A0A0E3SXU7） VP4 × 6 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	VP1 × 1 （D4QGA8） VP3 × 1 （A0A0E3SXU7） VP4 × 1 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I6W7A3_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–245； UniProt 79–323

VP3

物种未注明

UniProt A0A0E3SXU7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	VP1 × 60 （D4QGA8） VP2 × 60 （I6W7A3） VP4 × 60 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	VP1 × 1 （D4QGA8） VP2 × 1 （I6W7A3） VP4 × 1 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	VP1 × 5 （D4QGA8） VP2 × 5 （I6W7A3） VP4 × 5 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	VP1 × 6 （D4QGA8） VP2 × 6 （I6W7A3） VP4 × 6 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	VP1 × 1 （D4QGA8） VP2 × 1 （I6W7A3） VP4 × 1 （M4QLY4） SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0E3SXU7_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–242； UniProt 324–565

VP4

物种未注明

UniProt M4QLY4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	VP1 × 60 （D4QGA8） VP2 × 60 （I6W7A3） VP3 × 60 （A0A0E3SXU7） SPHINGOSINE × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	VP1 × 1 （D4QGA8） VP2 × 1 （I6W7A3） VP3 × 1 （A0A0E3SXU7） SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	VP1 × 5 （D4QGA8） VP2 × 5 （I6W7A3） VP3 × 5 （A0A0E3SXU7） SPHINGOSINE × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	VP1 × 6 （D4QGA8） VP2 × 6 （I6W7A3） VP3 × 6 （A0A0E3SXU7） SPHINGOSINE × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	VP1 × 1 （D4QGA8） VP2 × 1 （I6W7A3） VP3 × 1 （A0A0E3SXU7） SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M4QLY4_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6diz
沉积日期 deposition_date	2018-05-24
结构标题 title	EV-A71 strain 11316 complexed with tryptophan dendrimer MADAL_0385
关键词 keywords	tryptophan dendrimers, EV-A71, 5-fold vertex, Cryo-EM, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6diz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6diz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6diz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	132.00 Å
总 Rg	132.00 Å
原子数	392100
残基数	50520
排除体积	6964400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6diz__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6diz__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6diz__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`6diz__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`6diz__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	32748.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6535

GDRVADVIESSIGDSVSRALTQALPAPTGQNTQVSSHRLDTGEVPALQAAEIGASSNTSDESMIETRCVLNSHSTAETTLDSFFSRAGLVGEIDLPLEGTTNPNGYANWDIDITGYAQMRRKVELFTYMRFDAEFTFVACTPTGQVVPQLLQYMFVPPGAPKPESRESLAWQTATNPSVFVKLTDPPAQVSVPFMSPASAYQWFYDGYPTFGEHKQEKDLEYGACPNNMMGTFSVRTVGSSKSKYPLVVRIYMRMKHVRAWIPRPMRNQNYLFKANPNYAGNSIKPTGTSRSAITTL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VP2
分子量 formula_weight	26946.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SDRVAQLTIGNSTITTQEAANIIVGYGEWPSYCSDDDATAVDKPTRPDVSVNRFYTLDTKLWEKSSKGWYWKFPDVLTETGVFGQNAQFHYLYRSGFCIHVQCNASKFHQGALLVAILPEYVIGTVAGGTGTEDSHPPYKQTQPGADGFELQHPYVLDAGIPISQLTVCHHQRINLRTNNCATIIVPYMNTLPFDSALNHCNFGLLVVPISPLDFDQGATPVIPITITLAPMCSEFAGLRQAVTQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VP3
分子量 formula_weight	26540.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GFPTELKPGTNQFLTTDDGVSAPILPNFHPTPCIHIPGEVRNLLELCQVETILEVNNVPTNATSLMERLRFPVSAQAGKGELCAVFRADPGRDGPWQSTMLGQLCGYYTQWSGSLEVTFMFTGSFMATGKMLIAYTPPGGPLPKDRATAMLGTHVIWDFGLQSSVTLVIPWISNTHYRAHARDGVFDYYTTGLVSIWYQTNYVVPIGAPNTAYIIALAAAQKNFTMKLCKDTSHILQTASIQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	VP4
分子量 formula_weight	8367.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGSQVSTQRSGSHENSNSATEGSTINYTTINYYKDSYAATAGKQSLKQDPDKFANPVKDIFTEMAAPLKSPSAEACGY

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6dizA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6dizB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6dizC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.59 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	11813

EV-A71 strain 11316 complexed with tryptophan dendrimer MADAL_0385

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6diz__assembly_1__model_1

6diz__assembly_1__model_1 | I(q)

6diz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

EV-A71 strain 11316 complexed with tryptophan dendrimer MADAL_0385

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6diz__assembly_1__model_1

6diz__assembly_1__model_1 | I(q)

6diz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)