6dkk

Structure of BoNT

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type A

Clostridium botulinum A str. ATCC 19397

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 547–871 链 B； UniProt 547–871	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；291 K；1.4 M sodium potassium phosphate and 0.1 M potassium sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 2.70 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6DKK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NYY Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with monoclonal antibody CR1 提交 2006-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1295（1295 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；297 K；8% PEG 20000, 8% PEG 550 MME, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.61 Å R-free 0.246
2NZ9 Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with monoclonal antibody AR2 提交 2006-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1295（1295 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；8% PEG 20000, 8% PEG 550 MME, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.79 Å R-free 0.278
2NZ9 Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with monoclonal antibody AR2 提交 2006-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1295（1295 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；297 K；8% PEG 20000, 8% PEG 550 MME, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 3.79 Å R-free 0.278
2VU9 CRYSTAL STRUCTURE OF BOTULINUM NEUROTOXIN SEROTYPE A BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH GT1B 提交 2008-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 876–1296（421 aa）片段：BINDING DOMAIN, RESIDUES 876-1296	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；21% PEG3350, 0.2 M MGCL2, 0.1 M BISTRIS PH5.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.186
2VUA Crystal Structure of the Botulinum Neurotoxin Serotype A binding domain 提交 2008-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 876–1296（421 aa）片段：BINDING DOMAIN, RESIDUES 876-1296	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；18% PEG3350, 0.2 M MGCL2, 0.1 M BISTRIS PH 5.2	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
3BTA CRYSTAL STRUCTURE OF BOTULINUM NEUROTOXIN SEROTYPE A 提交 1998-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1295（1295 aa）片段：FULL LENGTH TOXIN	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 3.20 Å R-free 0.280
3FUO The Crystal structure of receptor binding domain of botulinum neurotoxin serotype A 提交 2009-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 871–1296（426 aa）片段：sequence database residues 871-1296	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；292 K；0.1 M Hepes pH 7.6, 12% PEG8K, 8% glycerol and 0.1 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.248
3ZUR Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC0-A-SNAP25-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–431（429 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865 链 A 454–865（412 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS PH 7.5, 0.2 M LISO4, 15% PEG 3350.	分辨率 2.71 Å R-free 0.266
3ZUR Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC0-A-SNAP25-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–431（429 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865 链 B 454–865（412 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 3-431, SNAP25, RESIDUES 145-206, TRANSLOCATION DOMAIN RESIDUES, 454-865	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M TRIS PH 7.5, 0.2 M LISO4, 15% PEG 3350.	分辨率 2.71 Å R-free 0.266
3ZUS Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–431（429 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 链 A 454–865（412 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350.	分辨率 2.95 Å R-free 0.293
3ZUS Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–431（429 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 链 B 454–865（412 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350.	分辨率 2.95 Å R-free 0.293
3ZUS Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 3–431（429 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 链 C 454–865（412 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350.	分辨率 2.95 Å R-free 0.293
3ZUS Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A 提交 2011-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 3–431（429 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 链 D 454–865（412 aa）片段：LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350.	分辨率 2.95 Å R-free 0.293
4EJ5 Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A wild-type 提交 2012-04-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）片段：UNP residues 1-425	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；8.3% monomethyl polyethylene glycol 2000, 0.17 M lithium sulfate, 6.25% 4,2 methyl pentane diol, 0.1 M imidazole malate, pH 6.0, cryoprotectant: 18% MPEG2K, 22% MPD, 10% DMSO, .050 M bicine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.87 Å R-free 0.208
4EL4 Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134S/C165S double mutant 提交 2012-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）片段：UNP residues 1-425	突变：C134S, C165S	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 IMD IMIDAZOLE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；reservoir: 29% MPEG2K, 0.04 M Li2SO4, 0.1 M imidazole-HCl pH 6.0, cryoprotectant: 18% MPEG2K, 22% MPD, 10% DMSO, 0.050 M bicine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.20 Å R-free 0.202
4ELC Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134 mutant with MTSEA modified Cys-165 提交 2012-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）片段：UNP residues 1-425	突变：C134S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 2 LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 SO4 SULFATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 LI LITHIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
4HEV Clostridium Botulinum Serotype A Light Chain Inhibited By Adamantane Hydroxamate 提交 2012-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）片段：UNP Residues 1-425	未记录	ZN ZINC ION × 1 AXM N-hydroxy-2-[(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-1-yl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；10-12mg/ml enzyme in 50mM NaPO4, 2mM EDTA, pH 6.5; and 10-15% polyethylene glycol (PEG) 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3M K2HPO4, 0.1M D,L-malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
4HEV Clostridium Botulinum Serotype A Light Chain Inhibited By Adamantane Hydroxamate 提交 2012-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–425（425 aa）片段：UNP Residues 1-425	未记录	ZN ZINC ION × 1 AXM N-hydroxy-2-[(3S,5S,7S)-tricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-1-yl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；10-12mg/ml enzyme in 50mM NaPO4, 2mM EDTA, pH 6.5; and 10-15% polyethylene glycol (PEG) 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3M K2HPO4, 0.1M D,L-malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
4IQP Crystal Structure of HCRA-W1266A 提交 2013-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 871–1296（426 aa）	突变：W1266A	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；292 K；0.1 M Hepes, 12% PEG3350, 100 mM NaCl, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
4JRA CRYSTAL STRUCTURE OF THE BOTULINUM NEUROTOXIN A RECEPTOR-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH THE LUMINAL DOMAIN Of SV2C 提交 2013-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 871–1296（426 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 6 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM Hepes pH 7.5, 6% PEG 8000, 8% Glycerol, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
4JRA CRYSTAL STRUCTURE OF THE BOTULINUM NEUROTOXIN A RECEPTOR-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH THE LUMINAL DOMAIN Of SV2C 提交 2013-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 871–1296（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM Hepes pH 7.5, 6% PEG 8000, 8% Glycerol, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
4ZJX Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with a Novel Cyclic Peptide Inhibitor 提交 2015-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG 3350, BIs-Tris and Lithium Sulfate	分辨率 1.94 Å R-free 0.229
5JLV Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with human glycosylated SV2C 提交 2016-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：T1158A	ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 4% polypropylene glycol P 400	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
5JLV Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with human glycosylated SV2C 提交 2016-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：T1158A	ACT ACETATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 4% polypropylene glycol P 400	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
5JMC Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with rat SV2C 提交 2016-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：A1158T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM NaCl	分辨率 2.64 Å R-free 0.275
5JMC Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with rat SV2C 提交 2016-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：A1158T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM NaCl	分辨率 2.64 Å R-free 0.275
5JMC Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with rat SV2C 提交 2016-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：A1158T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM NaCl	分辨率 2.64 Å R-free 0.275
5JMC Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with rat SV2C 提交 2016-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 872–1296（425 aa）片段：UNP residues 872-1296	突变：A1158T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 13% polyethylene glycol (PEG) 3350, 200 mM NaCl	分辨率 2.64 Å R-free 0.275
5MK6 Crystal structure of the receptor-binding domain of botulinum neurotoxin A1 (crystal form 1) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 871–1296（426 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；289.15 K；0.1 M MIB, 25% w/v PEG 1500	分辨率 1.45 Å R-free 0.221
5MK7 Crystal structure of the receptor-binding domain of botulinum neurotoxin A1 (crystal form 2) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 871–1296（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；289.15 K；0.1 M MIB, 25% w/v PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
5TPB Binding domain of BoNT/A complexed with ganglioside variant 提交 2016-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 876–1296（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M BisTris propane pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.240
5TPB Binding domain of BoNT/A complexed with ganglioside variant 提交 2016-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 876–1296（421 aa）	未记录	SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M BisTris propane pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.240
5TPC Binding domain of BoNT/A complexed with ganglioside 提交 2016-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 876–1296（421 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；20% PEG6000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.238
5V8P Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	突变：P2Q	ZN ZINC ION × 1 90G N-[3-(4-chlorophenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Equal volumes of 10-12 mg/ml enzyme (50 mM Na2HPO4, 2 mM EDTA, pH 6.5) and crystallization buffer (10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0)	分辨率 2.50 Å R-free 0.252
5V8P Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	突变：P2Q	ZN ZINC ION × 1 90G N-[3-(4-chlorophenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Equal volumes of 10-12 mg/ml enzyme (50 mM Na2HPO4, 2 mM EDTA, pH 6.5) and crystallization buffer (10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0)	分辨率 2.50 Å R-free 0.252
5V8R Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 90J N-[4-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；Mix equal volumes of 10 mg/ml enzyme (20 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCl) with crystallization solution (10%-15% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.3 M (NH4)2HPO4, 50 mM Tris, pH 8.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.222
5V8R Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 90J N-[4-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；Mix equal volumes of 10 mg/ml enzyme (20 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCl) with crystallization solution (10%-15% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.3 M (NH4)2HPO4, 50 mM Tris, pH 8.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.222
5V8U Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	突变：P2Q	ZN ZINC ION × 1 90M N-[3-(4-fluorophenyl)-4-methyl-1H-pyrazol-5-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Mix equal volumes of 10-12 mg/ml enzyme (50 mM Na2HPO4, 2 mM EDTA, pH 6.5) and crystallization buffer (10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0)	分辨率 2.05 Å R-free 0.260
5V8U Small Molecule Inhibitor ABS-143 Bound to the Botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain 提交 2017-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	突变：P2Q	ZN ZINC ION × 1 90M N-[3-(4-fluorophenyl)-4-methyl-1H-pyrazol-5-yl]-2-sulfanylacetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；Mix equal volumes of 10-12 mg/ml enzyme (50 mM Na2HPO4, 2 mM EDTA, pH 6.5) and crystallization buffer (10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0)	分辨率 2.05 Å R-free 0.260
5VGV Structure of the C. botulinum neurotoxin serotype A with Cu bound 提交 2017-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；PEG8000 6%, Calcium Acetate 0.1 M, Sodium Cacodylate 0.1 M	分辨率 2.60 Å R-free 0.252
5VGX Structure of the C. botulinum neurotoxin serotype A with Hg bound 提交 2017-04-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；PEG8000 8%, Calcium Acetate 0.2 M, Sodium Cacodylate 0.1 M	分辨率 2.15 Å R-free 0.246

共 26 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BXA1_CLOBO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–327； UniProt 547–871 作者链 B； PDB构建体 3–327； UniProt 547–871

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dkk
沉积日期 deposition_date	2018-05-29
结构标题 title	Structure of BoNT
关键词 keywords	Protein translocation, Botulinum neurotoxin, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.04 Å
零角强度 I(0) i0	78387800.00
分子量 molecular_weight	73000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92607 Å³
包络体积 envelope_volume	120950 Å³
水化壳体积 shell_volume	33526 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.10 Å
包络 Rg envelope_rg	33.50 Å
形状 Rg shape_rg	33.04 Å
总 Rg total_rg	33.33 Å
总原子数 total_atoms	5149
残基数 n_residues	639
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.6 Å
Rg (实空间) rg_real	33.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	78380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8716
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.422
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.220
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.919; Smooth: 0.750

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Botulinum neurotoxin type A
分子量 formula_weight	37503.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5176

GPKYTMFHYLRAQEFEHGKSRIALTNSVNEALLNPSRVYTFFSSDYVKKVNKATEAAMFLGWVEQLVYDFTDETSEVSTTDKIADITIIIPYIGPALNIGNMLYKDDFVGALIFSGAVILLEFIPEIAIPVLGTFALVSYIANKVLTVQTIDNALSKRNEKWDEVYKYIVTNWLAKVNTQIDLIRKKMKEALENQAEATKAIINYQYNQYTEEEKNNINFNIDDLSSKLNESINKAMININKFLNQCSVSYLMNSMIPYGVKRLEDFDASLKDALLKYIYDNRGTLIGQVDRLKDKVNNTLSTDIPFQLSKYVDNQRLLSTFTEYIK

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum A str. ATCC 19397
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	441770
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6dkkA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1120 — Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain

结构域编号 domain_id	6dkkB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1120 — Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.659 Å
晶胞边长 b length_b	167.659 Å
晶胞边长 c length_c	222.834 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	52.010 Å
R 因子 r_factor	0.2098
R_work r_work	0.2091
R_free r_free	0.2234

fit	/app/data/saxs_computation/dk/6dkk/6dkk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dk/6dkk/6dkk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dk/6dkk/6dkk.dat