6ds2

Crystal structure of Ni(II)-bound human calprotectin

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein S100-A8

Homo sapiens

UniProt P05109

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Protein S100-A9 × 2 (P06702) SODIUM ION × 5 NICKEL (II) ION × 3 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Protein S100-A9 × 2 (P06702) SODIUM ION × 5 NICKEL (II) ION × 3 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S10A8_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–93; UniProt 1–93 作者链 C; PDB构建体 1–93; UniProt 1–93 作者链 E; PDB构建体 1–93; UniProt 1–93 作者链 G; PDB构建体 1–93; UniProt 1–93

Protein S100-A9

Homo sapiens

UniProt P06702

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Protein S100-A8 × 2 (P05109) SODIUM ION × 5 NICKEL (II) ION × 3 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Protein S100-A8 × 2 (P05109) SODIUM ION × 5 NICKEL (II) ION × 3 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S10A9_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 1–114 作者链 D; PDB构建体 1–114; UniProt 1–114 作者链 F; PDB构建体 1–114; UniProt 1–114 作者链 H; PDB构建体 1–114; UniProt 1–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ds2
沉积日期 deposition_date2018-06-13
结构标题 titleCrystal structure of Ni(II)-bound human calprotectin
关键词 keywordsS100, nickel, sodium, EF-hand, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ds2__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ds2__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ds2__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.05 Å
Rg(电子密度)20.80 Å
总 Rg21.76 Å
原子数3237
残基数394
排除体积57834 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6ds2__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 6ds2__assembly_2__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd6ds2a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins
结构域编号 domain_idd6ds2b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins
结构域编号 domain_idd6ds2c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins
结构域编号 domain_idd6ds2d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins
结构域编号 domain_idd6ds2e_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins
结构域编号 domain_idd6ds2f_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins
结构域编号 domain_idd6ds2g_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins
结构域编号 domain_idd6ds2h_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.2 — S100 proteins

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6ds2A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id6ds2B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id6ds2C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id6ds2D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id6ds2E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id6ds2F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id6ds2G00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id6ds2H00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

7. 引用文献 (1)