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6dtp

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN 17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH EM139

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1

Homo sapiens

UniProt P14061

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–328 链 B； UniProt 1–328 未记录 GOL GLYCEROL × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 EM9 N-butyl-11-[(7alpha,9beta,13alpha,14beta,16alpha,17alpha)-16-chloro-3,17-dihydroxyestra-1,3,5(10)-trien-7-yl]-N-methylundecanamide × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；MgCl2, PEG4000 分辨率 2.00 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6DTP Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A27 HUMAN 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE TYPE 1 C-TERMINAL DELETION MUTANT COMPLEXED WITH ESTRADIOL AND NADP+ 提交 1998-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–289（289 aa）
突变：C-TERMINAL DELETION (290 - 327) EST ESTRADIOL × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.1；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12-16 % PEG4000, 100 MM HEPES PH 7.1, 0.5 MM ESTRADIOL, 200 MM NACL, 100MM MGCL2, 2.2 MM DECYL-BETA-D-MALTOSIDE; THEN SOAKED IN 30 % PEG 4000, 100 MM HEPES PH 7.1, 100 MM MGCL2, 0.5 MM ESTRADIOL, 1 MM NADP+
分辨率 1.90 Å R-free 0.261
1BHS HUMAN ESTROGENIC 17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE 提交 1995-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.229
1DHT ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE COMPLEXED DIHYDROTESTOSTERONE 提交 1998-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20
分辨率 2.24 Å R-free 0.279
1EQU TYPE 1 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE EQUILIN COMPLEXED WITH NADP+ 提交 1998-12-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
链 B 1–327（327 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 EQI EQUILIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；VAP. DIFF. FROM 28% PEG 4000 IN HEPES BUFFER, PH 7.5, CONTAINING 1 MM EQUILIN, pH 7.50
分辨率 3.00 Å R-free 0.315
1FDS HUMAN 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH 17-BETA-ESTRADIOL 提交 1996-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 EST ESTRADIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å R-free 0.203
1FDT HUMAN 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH ESTRADIOL AND NADP+ 提交 1996-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 EST ESTRADIOL × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.243
1FDU HUMAN 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE TYPE 1 MUTANT H221L COMPLEXED WITH ESTRADIOL AND NADP+ 提交 1998-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
链 B 1–327（327 aa）
突变：H221L 突变：H221L SO4 SULFATE ION × 2 EST ESTRADIOL × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.3, 1 MM NADP+, 100 MM NACL; THEN SOAKED IN 30 % PEG 4000, 100 MM HEPES PH 6.5, 100 MM NACL, 0.5 MM ESTRADIOL, 1 MM NADP+
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
1FDU HUMAN 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE TYPE 1 MUTANT H221L COMPLEXED WITH ESTRADIOL AND NADP+ 提交 1998-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–327（327 aa）
链 D 1–327（327 aa）
突变：H221L 突变：H221L SO4 SULFATE ION × 2 EST ESTRADIOL × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.3, 1 MM NADP+, 100 MM NACL; THEN SOAKED IN 30 % PEG 4000, 100 MM HEPES PH 6.5, 100 MM NACL, 0.5 MM ESTRADIOL, 1 MM NADP+
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
1FDV HUMAN 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE TYPE 1 MUTANT H221L COMPLEXED WITH NAD+ 提交 1998-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
链 B 1–327（327 aa）
突变：H221L 突变：H221L SO4 SULFATE ION × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.3, 1 MM NAD+, 100 MM NACL; THEN SOAKED IN 27 % GLYCEROL, 2.3 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.1, 80 MM NACL, 1 MM NAD+
分辨率 3.10 Å R-free 0.295
1FDV HUMAN 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE TYPE 1 MUTANT H221L COMPLEXED WITH NAD+ 提交 1998-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–327（327 aa）
链 D 1–327（327 aa）
突变：H221L 突变：H221L SO4 SULFATE ION × 2 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.3, 1 MM NAD+, 100 MM NACL; THEN SOAKED IN 27 % GLYCEROL, 2.3 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 6.1, 80 MM NACL, 1 MM NAD+
分辨率 3.10 Å R-free 0.295
1FDW HUMAN 17-BETA-HYDROXYSTEROID-DEHYDROGENASE TYPE 1 MUTANT H221Q COMPLEXED WITH ESTRADIOL 提交 1998-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
突变：H221Q EST ESTRADIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM PEG 4000 30%, 100 MM HEPES BUFFER PH 7.0, 100 MM MGCL2, 0.5 MM ESTRADIOL, PROPANE DIOL 2-4%
分辨率 2.70 Å R-free 0.263
1I5R TYPE 1 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE EM1745 COMPLEX 提交 2001-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 HYC O5'-[9-(3,17B-DIHYDROXY-1,3,5(10)-ESTRATRIEN-16B-YL)-NONANOYL]ADENOSINE × 2 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；PEG3500, GLYCEROL, SODIUM CHLORIDE, BETA-OCTYL GLUCOSIDE, DITHIOTHREITOL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.60 Å R-free 0.205
1I5R TYPE 1 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE EM1745 COMPLEX 提交 2001-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 HYC O5'-[9-(3,17B-DIHYDROXY-1,3,5(10)-ESTRATRIEN-16B-YL)-NONANOYL]ADENOSINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；PEG3500, GLYCEROL, SODIUM CHLORIDE, BETA-OCTYL GLUCOSIDE, DITHIOTHREITOL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.60 Å R-free 0.205
1IOL ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE COMPLEXED 17-BETA-ESTRADIOL 提交 1996-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 EST ESTRADIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.257
1JTV Crystal structure of 17beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 complexed with Testosterone 提交 2001-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 TES TESTOSTERONE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；300 K；PEG 4000,magnesium chloride,beta-octylglucoside,glycerol,Hepes,soaking with testosterone, pH 7.5, temperature 300K
分辨率 1.54 Å R-free 0.208
1QYV Crystal structure of human estrogenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase complex with NADP 提交 2003-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；PEG4000, magnisum chloride, beta-octylglucoside, HEPES, glycerol, soaking with NADP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.81 Å R-free 0.235
1QYW Crystal structure of human estrogenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase complex with androstanedione and NADP 提交 2003-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 5SD 5ALPHA-ANDROSTAN-3,17-DIONE × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；PEG 4000, magnisum chloride, beta-octylglucoside, HEPES, glycerol, soaking with dihydrotestosterone and NADP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.63 Å R-free 0.249
1QYX Crystal structure of human estrogenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase complex with androstenedione and NADP 提交 2003-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 ASD 4-ANDROSTENE-3-17-DIONE × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；PEG 4000, magnisum chloride, beta-octylglucoside, HEPES, glycerol, soaking with testosterone and NADP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.89 Å R-free 0.227
3DEY Crystal structure of 17beta-HSD1 with DHT in normal and reverse orientation. 提交 2008-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 2–328（327 aa）
未记录 DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 1.70 Å R-free 0.257
3DHE ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE COMPLEXED DEHYDROEPIANDROSTERONE 提交 1998-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–327（327 aa）
未记录 AND 3-BETA-HYDROXY-5-ANDROSTEN-17-ONE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.20
分辨率 2.30 Å R-free 0.249
3HB4 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type1 complexed with E2B 提交 2009-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 2–328（327 aa）
未记录 E2B 3-{[(9beta,14beta,16alpha,17alpha)-3,17-dihydroxyestra-1,3,5(10)-trien-16-yl]methyl}benzamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 2.21 Å R-free 0.257
3HB5 Binary and ternary crystal structures of a novel inhibitor of 17 beta-HSD type 1: a lead compound for breast cancer therapy 提交 2009-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 2–328（327 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 E2B 3-{[(9beta,14beta,16alpha,17alpha)-3,17-dihydroxyestra-1,3,5(10)-trien-16-yl]methyl}benzamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
分辨率 2.00 Å R-free 0.248
3KLM 17beta-HSD1 in complex with DHT 提交 2009-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 2–328（327 aa）
未记录 DHT 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.70 Å R-free 0.257
3KLP 17beta-HSD1 in complex with A-diol 提交 2009-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 2–328（327 aa）
未记录 B81 (3alpha,8alpha,17beta)-androst-5-ene-3,17-diol × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.254
3KM0 17betaHSD1 in complex with 3beta-diol 提交 2009-11-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–328（327 aa）
链 B 2–328（327 aa）
未记录 AOM 5-ALPHA-ANDROSTANE-3-BETA,17BETA-DIOL × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.30 Å R-free 0.312
6CGC Crystal structure of human 17beta-HSD type 1 in ternary complex with 2-MeO-CC-156 and NADP+ 提交 2018-02-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–328（328 aa）
链 B 1–328（328 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 F0A 3-{[(9beta,14beta,16alpha,17alpha)-3,17-dihydroxy-2-methoxyestra-1,3,5(10)-trien-16-yl]methyl}benzamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；300 K；PEG 8000, potassium phosphate monobasic
分辨率 2.10 Å R-free 0.260
6CGE Crystal structure of human 17beta-HSD type 1 in ternary complex with PBRM and NADP+ 提交 2018-02-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–328（328 aa）
链 B 1–328（328 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 F0D 3-{[(14beta,16alpha,17alpha)-3-(2-bromoethyl)-17-hydroxyestra-1,3,5(10)-trien-16-yl]methyl}benzamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；300 K；PEG 8000, potassium phosphate monobasic
分辨率 2.20 Å R-free 0.303
6MNC CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN 17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH ESTRONE 提交 2018-10-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–328（328 aa）
链 B 1–328（328 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 J3Z (9beta,13alpha)-3-hydroxyestra-1,3,5(10)-trien-17-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；MgCl2, PEG3350, Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.287
6MNE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN 17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH ESTRONE AND NADP+ 提交 2018-10-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–328（328 aa）
链 B 1–328（328 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 J3Z (9beta,13alpha)-3-hydroxyestra-1,3,5(10)-trien-17-one × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；300 K；KH2PO4, PEG8000
分辨率 1.86 Å R-free 0.223
7X3Z Crystal structure of human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 complexed with estrone and NAD 提交 2022-03-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–328（328 aa）
链 B 1–328（328 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 J3Z (9beta,13alpha)-3-hydroxyestra-1,3,5(10)-trien-17-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；300 K；KH2PO4, PEG 8000
分辨率 2.25 Å R-free 0.255

共 27 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DHB1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–328； UniProt 1–328 作者链 B； PDB构建体 1–328； UniProt 1–328

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6dtp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6dtp
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6dtp
沉积日期 deposition_date2018-06-18
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN 17BETA-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 1 COMPLEXED WITH EM139
关键词 keywords17BETA-HSD1, OXIDOREDUCTASE, STEROID, inhibitor, OXIDOREDUCTASE-Inhibitor complex; OXIDOREDUCTASE/Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.09 Å
零角强度 I(0) i061702200.00
分子量 molecular_weight61974.0 kDa
排除体积 excluded_volume78021 ų
包络体积 envelope_volume92099 ų
水化壳体积 shell_volume31238 ų
包络直径 envelope_diameter86.3 Å
壳层 Rg shell_rg31.95 Å
包络 Rg envelope_rg24.25 Å
形状 Rg shape_rg24.11 Å
总 Rg total_rg24.87 Å
总原子数 total_atoms4350
残基数 n_residues557
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.6 Å
Rg (实空间) rg_real25.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.3330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8821
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.5 Å
偏度 Skewness skewness0.301
峰度 Kurtosis kurtosis-0.253
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15580000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6dtpa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases
结构域编号 domain_idd6dtpb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6dtpA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6dtpB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)