SAXSdb — 6dtz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase large subunit

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P20457

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 316–512	突变：Y397F	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；100 mM TRIS, 40% MPD	分辨率 1.36 Å R-free 0.179

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6DTZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3LGB Crystal Structure of the Fe-S Domain of the yeast DNA primase 提交 2010-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 317–512（196 aa）片段：Fe-S DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M TrisHCl pH 7.5, 1mM Zn acetate, 11% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.54 Å R-free 0.164
3LGB Crystal Structure of the Fe-S Domain of the yeast DNA primase 提交 2010-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 317–512（196 aa）片段：Fe-S DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M TrisHCl pH 7.5, 1mM Zn acetate, 11% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.54 Å R-free 0.164
6DTV Crystal structure of eukaryotic DNA primase large subunit iron-sulfur cluster domain Y395F mutant 提交 2018-06-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 316–512（197 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；MPD, TRIS 8.5	分辨率 1.12 Å R-free 0.137
6DU0 Crystal structure of eukaryotic DNA primase large subunit iron-sulfur cluster domain Y395L mutant 提交 2018-06-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 316–512（197 aa）	突变：Y395L	GOL GLYCEROL × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；100 mM TRIS 8.5, 40-60% MPD	分辨率 1.82 Å R-free 0.324
8B9A S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha primase. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 A 1–528（528 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8B9B S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 A 1–528（528 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8B9C S. cerevisiae pol alpha - replisome complex 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–528（528 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRI2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–201； UniProt 316–512

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dtz
沉积日期 deposition_date	2018-06-18
结构标题 title	Crystal structure of eukaryotic DNA primase large subunit iron-sulfur cluster domain, Y397F mutant
关键词 keywords	DNA primase, p58, iron-sulfur cluster, replication, regulatory subunit; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.55 Å
零角强度 I(0) i0	9447540.00
分子量 molecular_weight	22080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27345 Å³
包络体积 envelope_volume	30792 Å³
水化壳体积 shell_volume	15760 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.8 Å
壳层 Rg shell_rg	22.40 Å
包络 Rg envelope_rg	16.91 Å
形状 Rg shape_rg	16.57 Å
总 Rg total_rg	17.45 Å
总原子数 total_atoms	1537
残基数 n_residues	183
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.8 Å
Rg (实空间) rg_real	17.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4480e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9448000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8546
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.272
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.253
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1866000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.714; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA primase large subunit
分子量 formula_weight	23347.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
突变 mutation	Y397F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1746

GPGSDDEINAQSVWSEEISSNYPLCIKNLMEGLKKNHHLRYYGRQQLSLFLKGIGLSADEALKFWSEAFTRNGNMTMEKFNKEYRFSFRHNYGLEGNRINYKPWDCHTILSKPRPGRGDYHGCPFRDWSHERLSAELRSMKLTQAQIISVLDSCQKGEYTIACTKVFEMTHNSASADLEIGEQTHIAHPNLYFERSRQLQK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	157

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.806 Å
晶胞边长 b length_b	50.810 Å
晶胞边长 c length_c	90.035 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.360 Å
最低分辨率 resolution_low	22.120 Å
R 因子 r_factor	0.1570
R_work r_work	0.1550
R_free r_free	0.1790

fit	/app/data/saxs_computation/dt/6dtz/6dtz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dt/6dtz/6dtz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dt/6dtz/6dtz.dat

Crystal structure of eukaryotic DNA primase large subunit iron-sulfur cluster domain, Y397F mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction