SAXSdb — 6dyt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine phenol-lyase

Citrobacter freundii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	POTASSIUM ION × 4 (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-alanine × 2 ALANYL-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPL_CITFR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–456； UniProt 1–456 作者链 B； PDB构建体 1–456； UniProt 1–456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dyt
沉积日期 deposition_date	2018-07-02
结构标题 title	Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant complexed with L-alanine
关键词 keywords	;pyridoxal-5'-phosphate, aminotransferase fold, LYASE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6dyt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6dyt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6dyt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.08 Å
Rg（电子密度）	36.46 Å
总 Rg	36.82 Å
原子数	14524
残基数	1820
排除体积	258310 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6dyt__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine phenol-lyase
分子量 formula_weight	51432.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.99.2
突变 mutation	F448A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7940

MNYPAEPFRIKSVETVSMIPRDERLKKMQEAGYNTFLLNSKDIYIDLLTDSGTNAMSDKQWAGMMMGDEAYAGSENFYHLERTVQELFGFKHIVPTHQGRGAENLLSQLAIKPGQYVAGNMYFTTTRYHQEKNGAVFVDIVRDEAHDAGLNIAFKGDIDLKKLQKLIDEKGAENIAYICLAVTVNLAGGQPVSMANMRAVRELTAAHGIKVFYDATRCVENAYFIKEQEQGFENKSIAEIVHEMFSYADGCTMSGKKDCLVNIGGFLCMNDDEMFSSAKELVVVYEGMPSYGGLAGRDMEAMAIGLREAMQYEYIEHRVKQVRYLGDKLKAAGVPIVEPVGGHAVFLDARRFCEHLTQDEFPAQSLAASIYVETGVRSMERGIISAGRNNVTGEHHRPKLETVRLTIPRRVYTYAHMDVVADGIIKLYQHKEDIRGLKFIYEPKQLRAFTARFDYI

来源 Source

来源生物 organism	Citrobacter freundii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	546
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-alanine
分子量 formula_weight	318.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ALANYL-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	320.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	623

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6dyta_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.2 — Beta-eliminating lyases

结构域编号 domain_id	d6dytb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.2 — Beta-eliminating lyases

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晶胞边长 a length_a	59.640 Å
晶胞边长 b length_b	133.270 Å
晶胞边长 c length_c	145.070 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	37.893 Å
R 因子 r_factor	0.1877
R_work r_work	0.1865
R_free r_free	0.2321

Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant complexed with L-alanine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine phenol-lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6dyt__assembly_1__model_1

6dyt__assembly_1__model_1 | I(q)

6dyt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase F448A mutant complexed with L-alanine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine phenol-lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6dyt__assembly_1__model_1

6dyt__assembly_1__model_1 | I(q)

6dyt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)