SAXSdb — 6dz3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–283 链 B； UniProt 1–283 链 C； UniProt 1–283	未记录	CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 OS6 (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-({[3-(1-butyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl]sulfanyl}methyl)pyrrolidin-3-ol × 3 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；100 mM sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.91 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6DZ3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CB0 STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE AT 1.7 A RESOLUTION 提交 1999-02-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	突变：ILE56VAL	ADE ADENINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 1.70 Å R-free 0.202
1CG6 STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE AND SULFATE AT 1.7 A RESOLUTION 提交 1999-03-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	突变：ILE56VAL	SO4 SULFATE ION × 3 MTA 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；12% (W/V) PEG 6000, 25% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 0.2M TRIS-HCL PH 7.8, 0.002M DTT, pH 7.4	分辨率 1.70 Å R-free 0.225
1K27 Crystal Structure of 5'-Deoxy-5'-Methylthioadenosine Phosphorylase in Complex with a Transition State Analogue 提交 2001-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 MTM (3S,4R)-2-(4-AMINO-5H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-[(METHYLSULFANYL)METHYL]PYRROLIDINE-3,4-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG 6000, Spermidine, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.207
1SD1 STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH FORMYCIN A 提交 2004-02-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	FMC (1S)-1-(7-amino-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-3-yl)-1,4-anhydro-D-ribitol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；12% (W/V) PEG 6000, 25%(V/V) ETHYLENE GLYCOL, 0.2M Tris-HCL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.03 Å R-free 0.198
1SD2 STRUCTURE OF HUMAN 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE PHOSPHORYLASE COMPLEXED WITH 5'-METHYLTHIOTUBERCIDIN 提交 2004-02-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 MTH 2-(4-AMINO-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-METHYLSULFANYLMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；12% (W/V) PEG 6000, 25%(V/V) ETHYLENE GLYCOL, 0.2M Tris-HCL, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.207
3LN5 Crystal structure of HLA-B*4104 in complex with a 11mer self-peptide derived from S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase 提交 2010-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 227–237（11 aa）片段：UNP residues 227-237	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1M citrate pH 5.6, 14-20% PEG 4000, 0.2M NH4OAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.241
3OZC Crystal Structure of human 5'-deoxy-5'-methyladenosine phosphorylase in complex with pCl-phenylthioDADMeImmA 提交 2010-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	4CT (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(4-chlorophenyl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；291 K；0.2M NaCl, 0.1M phosphate buffer, 10% PEG 8000, pH 6.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 1.93 Å R-free 0.154
3OZD Crystal Structure of human 5'-deoxy-5'-methyladenosine phosphorylase in complex with pCl-phenylthioDADMeImmA 提交 2010-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	4CT (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(4-chlorophenyl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M NaCl, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3OZD Crystal Structure of human 5'-deoxy-5'-methyladenosine phosphorylase in complex with pCl-phenylthioDADMeImmA 提交 2010-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–283（283 aa）	未记录	4CT (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(4-chlorophenyl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；2M NaCl, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
3OZE Crystal Structure of human 5'-deoxy-5'-methyladenosine phosphorylase 提交 2010-09-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）链 C 1–283（283 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；200mM NaCl, 0.1M Hepes, 20% PEG3000, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
3OZE Crystal Structure of human 5'-deoxy-5'-methyladenosine phosphorylase 提交 2010-09-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–283（283 aa）链 E 1–283（283 aa）链 F 1–283（283 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；200mM NaCl, 0.1M Hepes, 20% PEG3000, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.262
5EUB Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with 2-amino-MTA and sulfate 提交 2015-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 5S7 (2~{R},3~{R},4~{S},5~{S})-2-[2,6-bis(azanyl)purin-9-yl]-5-(methylsulfanylmethyl)oxolane-3,4-diol × 3 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Protein 15 mg/mL, Reservoir 0.2 M magnesium chloride, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.193
5TC5 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with butylthio-DADMe-Immucillin-A and chloride 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）链 C 1–283（283 aa）	未记录	BIG (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-[(butylsulfanyl)methyl]pyrrolidin-3-ol × 3 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；Protein (15 mg/mL); Reservoir (3 M sodium chloride and 0.1 M sodium acetate (pH 4.5))	分辨率 1.96 Å R-free 0.217
5TC6 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with propylthio-immucillin-A 提交 2016-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	7A6 (2S,3S,4R,5S)-2-(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)-5-[(propylsulfanyl)methyl]pyrrolidine-3,4-diol × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；Protein (15 mg/mL); Reservoir (0.17 M sodium acetate, 85 mM Tris:HCl (pH 8.5), 25% (w/v) PEG 4000 and 15% (v/v) glycerol)	分辨率 1.48 Å R-free 0.185
5TC7 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with 5'-methylthiotubercidin at 1.75 angstrom 提交 2016-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 9 MTH 2-(4-AMINO-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-METHYLSULFANYLMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；Protein (15 mg/mL); Reservoir (0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.5 and 20% (w/v) PEG 4000)	分辨率 1.75 Å R-free 0.184
5TC8 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with methylthio-DADMe-Immucillin-A 提交 2016-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	TDI (3R,4S)-1-[(4-AMINO-5H-PYRROLO[3,2-D]PYRIMIDIN-7-YL)METHYL]-4-[(METHYLSULFANYL)METHYL]PYRROLIDIN-3-OL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 3 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；Protein (15 mg/mL); Reservoir (0.2 M magnesium chloride, 0.1 M sodium citrate:citric acid (pH 5.5) and 40% (v/v) PEG 400)	分辨率 1.80 Å R-free 0.180
6DYZ Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-((prop-2-yn-1-ylthio)methyl)pyrrolidin-3-ol 提交 2018-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 OS2 (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(prop-2-yn-1-yl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 10% w/v PEG6000	分辨率 1.62 Å R-free 0.190
6DZ0 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-((pent-4-yn-1-ylthio)methyl)pyrrolidin-3-ol 提交 2018-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 OS3 (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-{[(pent-4-yn-1-yl)sulfanyl]methyl}pyrrolidin-3-ol × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100 mM HEPES, pH 7.0, 10% w/v PEG6000	分辨率 1.62 Å R-free 0.176
6DZ2 Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-(((3-(1-benzyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl)thio)methyl)pyrrolidin-3-ol 提交 2018-07-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–283（283 aa）链 B 1–283（283 aa）链 C 1–283（283 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 CL CHLORIDE ION × 4 ACY ACETIC ACID × 1 OS5 (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-({[3-(1-benzyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl]sulfanyl}methyl)pyrrolidin-3-ol × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；100 mM sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 2.0 M sodium chloride	分辨率 1.99 Å R-free 0.236

共 17 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTAP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–297； UniProt 1–283 作者链 B； PDB构建体 15–297； UniProt 1–283 作者链 C； PDB构建体 15–297； UniProt 1–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dz3
沉积日期 deposition_date	2018-07-02
结构标题 title	Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-(((3-(1-butyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl)thio)methyl)pyrrolidin-3-ol
关键词 keywords	MTAP enzyme, cancer, phosphorylase, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.64 Å
零角强度 I(0) i0	132171000.00
分子量 molecular_weight	91322.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114570 Å³
包络体积 envelope_volume	135080 Å³
水化壳体积 shell_volume	39240 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.28 Å
包络 Rg envelope_rg	27.99 Å
形状 Rg shape_rg	27.63 Å
总 Rg total_rg	28.45 Å
总原子数 total_atoms	6386
残基数 n_residues	819
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9060
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.227
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.518
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	44790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase ;
分子量 formula_weight	33119.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.28
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6752

MHHHHHHENLYFQSMASGTTTTAVKIGIIGGTGLDDPEILEGRTEKYVDTPFGKPSDALILGKIKNVDCVLLARHGRQHTIMPSKVNYQANIWALKEEGCTHVIVTTACGSLREEIQPGDIVIIDQFIDRTTMRPQSFYDGSHSCARGVCHIPMAEPFCPKTREVLIETAKKLGLRCHSKGTMVTIEGPRFSSRAESFMFRTWGADVINMTTVPEVVLAKEAGICYASIAMATDYDCWKEHEEAVSVDRVLKTLKENANKAKSLLLTTIPQIGSTEWSETLHNLKNMAQFSVLLPRH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;(3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-({[3-(1-butyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl]sulfanyl}methyl)pyrrolidin-3-ol ;
分子量 formula_weight	444.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	338

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6dz3a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family family	c.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

结构域编号 domain_id	d6dz3b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family family	c.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

结构域编号 domain_id	d6dz3c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.2 — Purine and uridine phosphorylases
家族 Family family	c.56.2.1 — Purine and uridine phosphorylases

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6dz3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Nucleoside phosphorylase domain

结构域编号 domain_id	6dz3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Nucleoside phosphorylase domain

结构域编号 domain_id	6dz3C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1580 — Nucleoside phosphorylase domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.355 Å
晶胞边长 b length_b	135.133 Å
晶胞边长 c length_c	158.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.910 Å
最低分辨率 resolution_low	79.430 Å
R 因子 r_factor	0.1984
R_work r_work	0.1971
R_free r_free	0.2205

fit	/app/data/saxs_computation/dz/6dz3/6dz3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dz/6dz3/6dz3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dz/6dz3/6dz3.dat

Crystal structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase in complex with (3R,4S)-1-((4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl)-4-(((3-(1-butyl-1H-1,2,3-triazol-4-yl)propyl)thio)methyl)pyrrolidin-3-ol