6dzl

Ebola virus Makona variant GP (mucin-deleted) in complex with pan-ebolavirus human antibody ADI-15878 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ebola virus Makona GP1

Zaire ebolavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 6	Ebola virus Makona GP2 × 3 （P87666） Fv domain of ADI-15878 Fab light chain × 3 Fv domain of ADI-15878 Fab heavy chain × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0F7IM40_9MONO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–280； UniProt 32–311 作者链 B； PDB构建体 1–280； UniProt 32–311 作者链 C； PDB构建体 1–280； UniProt 32–311

Ebola virus Makona GP2

Zaire ebolavirus

UniProt P87666

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 6	Ebola virus Makona GP1 × 3 （A0A0F7IM40） Fv domain of ADI-15878 Fab light chain × 3 Fv domain of ADI-15878 Fab heavy chain × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGP_EBOZ5
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–128； UniProt 504–629 作者链 E； PDB构建体 3–128； UniProt 504–629 作者链 F； PDB构建体 3–128； UniProt 504–629

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dzl
沉积日期 deposition_date	2018-07-05
结构标题 title	Ebola virus Makona variant GP (mucin-deleted) in complex with pan-ebolavirus human antibody ADI-15878 Fab
关键词 keywords	Ebola, antibody, pan-ebolavirus, internal fusion loop, HR1, glycoprotein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6dzl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6dzl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6dzl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.08 Å
Rg（电子密度）	38.42 Å
总 Rg	38.93 Å
原子数	12693
残基数	1587
排除体积	225040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6dzl__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ebola virus Makona GP1
分子量 formula_weight	35517.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	12693

SIPLGVIHNSTLQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSVTKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYASGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFTAVNNNTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRR

来源 Source

来源生物 organism	Zaire ebolavirus
通用名 common_name	ZEBOV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	128951
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ebola virus Makona GP2
分子量 formula_weight	18334.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

EVIVNAQPKCNPNLHFWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYTEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNITDKIDQIIHDVEVDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Zaire ebolavirus
通用名 common_name	ZEBOV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	128951
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fv domain of ADI-15878 Fab light chain
分子量 formula_weight	11333.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L

DIVLTQSPSTLSASVGDRVTITCRASQSISSWLAWYQQKPGEAPKLLISDASSLESGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDFATYYCQQYYSSPTFGGGTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Nicotiana benthamiana

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fv domain of ADI-15878 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	13171.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

QVQLVQSGVTLVQPGGSLRVSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGLGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDHRVWAAGYHFDYWGQGALVTVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Nicotiana benthamiana

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

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分辨率 resolution	4.14 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	157861

Ebola virus Makona variant GP (mucin-deleted) in complex with pan-ebolavirus human antibody ADI-15878 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ebola virus Makona GP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ebola virus Makona GP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6dzl__assembly_1__model_1

6dzl__assembly_1__model_1 | I(q)

6dzl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Ebola virus Makona variant GP (mucin-deleted) in complex with pan-ebolavirus human antibody ADI-15878 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ebola virus Makona GP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ebola virus Makona GP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6dzl__assembly_1__model_1

6dzl__assembly_1__model_1 | I(q)

6dzl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)