6e5p

Backbone model based on cryo-EM map at 8.5 A of domain-swapped, glycan-reactive, neutralizing antibody 2G12 bound to HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, which was also bound to CD4-binding site antibody VRC03

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp120

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 24 其他聚合物 21	2G12 Light chain × 6 2G12 heavy chain × 6 Envelope glycoprotein gp160 × 3 （Q2N0S9） VRC03 heavy chain × 3 VRC03 Light chain × 3 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 9 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2N0S6_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–474； UniProt 30–503 作者链 C； PDB构建体 1–474； UniProt 30–503 作者链 E； PDB构建体 1–474； UniProt 30–503

Envelope glycoprotein gp160

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q2N0S9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 24 其他聚合物 21	2G12 Light chain × 6 2G12 heavy chain × 6 Envelope glycoprotein gp120 × 3 （Q2N0S6） VRC03 heavy chain × 3 VRC03 Light chain × 3 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose × 9 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2N0S9_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–153； UniProt 511–663 作者链 D； PDB构建体 1–153； UniProt 511–663 作者链 F； PDB构建体 1–153； UniProt 511–663

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6e5p
沉积日期 deposition_date	2018-07-21
结构标题 title	Backbone model based on cryo-EM map at 8.5 A of domain-swapped, glycan-reactive, neutralizing antibody 2G12 bound to HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, which was also bound to CD4-binding site antibody VRC03
关键词 keywords	HIV-1 Env, complex, neutralizing, VIRAL PROTEIN, domain-swapped antibody; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6e5p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6e5p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6e5p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	76.21 Å
Rg（电子密度）	76.26 Å
总 Rg	75.91 Å
原子数	21252
残基数	5046
排除体积	297820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6e5p__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	2G12 Light chain
分子量 formula_weight	23130.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,4,K,L,Q,T
原子数 atom_count	21252

VVMTQSPSTLSASVGDTITITCRASQSIETWLAWYQQKPGKAPKLLIYKASTLKTGVPSRFSGSGSGTEFTLTISGLQFDDFATYHCQHYAGYSATFGQGTRVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	2G12 heavy chain
分子量 formula_weight	23932.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2,3,H,M,R,S

EVQLVESGGGLVKAGGSLILSCGVSNFRISAHTMNWVRRVPGGGLEWVASISTSSTYRDYADAVKGRFTVSRDDLEDFVYLQMHKMRVEDTAIYYCARKGSDRLSDNDPFDAWGPGTVVTVSPASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	53086.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E

AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYRLINCNTSACTQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQCMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVV

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp160
分子量 formula_weight	19102.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALDGSAPTKAKRRVVQREKR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	VRC03 heavy chain
分子量 formula_weight	24699.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,O,V

QVQLVQSGAVIKTPGSSVKISCRASGYNFRDYSIHWVRLIPDKGFEWIGWIKPLWGAVSYARQLQGRVSMTRQLSQDPDDPDWGVAYMEFSGLTPADTAEYFCVRRGSCDYCGDFPWQYWCQGTVVVVSSASTKGPSVFPLAPSSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	VRC03 Light chain
分子量 formula_weight	23043.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,P,W

EIVLTQSPGILSLSPGETATLFCKASQGGNAMTWYQKRRGQVPRLLIYDTSRRASGVPDRFVGSGSGTDFFLTINKLDREDFAVYYCQQFEFFGLGSELEVHRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 10 Entity 10 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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分辨率 resolution	8.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	5245

Backbone model based on cryo-EM map at 8.5 A of domain-swapped, glycan-reactive, neutralizing antibody 2G12 bound to HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, which was also bound to CD4-binding site antibody VRC03

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Envelope glycoprotein gp160

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6e5p__assembly_1__model_1

6e5p__assembly_1__model_1 | I(q)

6e5p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 branched

实体 10 Entity 10 branched

7. 引用文献 (1)

Backbone model based on cryo-EM map at 8.5 A of domain-swapped, glycan-reactive, neutralizing antibody 2G12 bound to HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, which was also bound to CD4-binding site antibody VRC03

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein gp120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Envelope glycoprotein gp160

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6e5p__assembly_1__model_1

6e5p__assembly_1__model_1 | I(q)

6e5p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 branched

实体 10 Entity 10 branched

7. 引用文献 (1)