6edh

Taurine:2OG dioxygenase (TauD) bound to the vanadyl ion, taurine, and succinate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	ACETATE ION × 2 oxovanadium(2+) × 4 SUCCINIC ACID × 2 2-AMINOETHANESULFONIC ACID × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TAUD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 B； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6edh
沉积日期 deposition_date	2018-08-09
结构标题 title	Taurine:2OG dioxygenase (TauD) bound to the vanadyl ion, taurine, and succinate
关键词 keywords	hydroxylase, 2-oxo-glutarate, vanadyl ion, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6edh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6edh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6edh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.35 Å
Rg（电子密度）	32.44 Å
总 Rg	33.13 Å
原子数	9094
残基数	1124
排除体积	160470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6edh__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
分子量 formula_weight	32453.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4897

MSERLSITPLGPYIGAQISGADLTRPLSDNQFEQLYHAVLRHQVVFLRDQAITPQQQRALAQRFGELHIHPVYPHAEGVDEIIVLDTHNDNPPDNDNWHTDVTFIETPPAGAILAAKELPSTGGDTLWTSGIAAYEALSVPFRQLLSGLRAEHDFRKSFPEYKYRKTEEEHQRWREAVAKNPPLLHPVVRTHPVSGKQALFVNEGFTTRIVDVSEKESEALLSFLFAHITKPEFQVRWRWQPNDIAIWDNRVTQHYANADYLPQRRIMHRATILGDKPFYRAG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	oxovanadium(2+)
分子量 formula_weight	66.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINOETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	125.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	301

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6edha_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family family	b.82.2.5 — TauD/TfdA-like

结构域编号 domain_id	d6edhb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.2 — Clavaminate synthase-like
家族 Family family	b.82.2.5 — TauD/TfdA-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6edhA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Double-stranded beta-helix
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Clavaminate synthase-like

结构域编号 domain_id	6edhB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Double-stranded beta-helix
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Clavaminate synthase-like

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晶胞边长 a length_a	118.410 Å
晶胞边长 b length_b	54.199 Å
晶胞边长 c length_c	87.385 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.730 Å
最低分辨率 resolution_low	36.354 Å
R 因子 r_factor	0.1834
R_work r_work	0.1828
R_free r_free	0.2048

Taurine:2OG dioxygenase (TauD) bound to the vanadyl ion, taurine, and succinate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6edh__assembly_1__model_1

6edh__assembly_1__model_1 | I(q)

6edh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Taurine:2OG dioxygenase (TauD) bound to the vanadyl ion, taurine, and succinate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6edh__assembly_1__model_1

6edh__assembly_1__model_1 | I(q)

6edh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)