SAXSdb — 6eje

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xylosyltransferase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 232–959	片段：UNP residues 232-959	Syndecan-1 × 1 （P18827） PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.43 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6EJE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6EJ7 Human Xylosyltransferase 1 in complex with UDP-xylose and peptide QEEEGAGGGQGG 提交 2017-09-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–959（728 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 UDX URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-XYLOPYRANOSE × 1 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus precipitant mix 2 (PEG8000 and ethylene glycol), 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1 M of Morpheus NPS mix.	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
6EJ8 Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEEEGSGGGQGG 提交 2017-09-20	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–959（728 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.09 Å R-free 0.223
6EJ9 Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEPEGSGGGQGG 提交 2017-09-20	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–959（728 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.02 Å R-free 0.225
6EJA Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEEEYSGGGQGG 提交 2017-09-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–959（728 aa）片段：UNP residues 232-959	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 1.94 Å R-free 0.212
6EJB Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEEEGSAGGQGG 提交 2017-09-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–959（728 aa）片段：UNP residues 232-959	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.56 Å R-free 0.280
6EJC Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEEEGSGVGQGG 提交 2017-09-20	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–959（728 aa）片段：UNP residues 232-959	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.06 Å R-free 0.273
6EJD Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide QEEEGSGGPQGG 提交 2017-09-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 232–959（728 aa）片段：UNP residues 232-959	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.68 Å R-free 0.279
6FOA Human Xylosyltransferase 1 apo structure 提交 2018-02-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 232–959（728 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% precipitant mix 2 (PEG8000 and ethylene glycol), 100 mM Bicine/Tris buffer at pH 7.5 100 mM of a sodium nitrate/sodium phosphate/ammonium sulphate mix.	分辨率 1.87 Å R-free 0.222

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XYLT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–751； UniProt 232–959

Syndecan-1

物种未注明

UniProt P18827

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 201–212	片段：UNP residues 201-212	Xylosyltransferase 1 × 1 （Q86Y38） PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；55-65% Morpheus Precipitant mix 2 (PEG8000 and Ethylene glycol) 0.1M Bicine/Tris buffer at pH 7.5 0.1M of NPS mix (0.033M of each)	分辨率 2.43 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6EJE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4GVC Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with phosphorylated Syndecan1 Peptide 提交 2012-08-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 303–310（8 aa）片段：UNP residues 303-310	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1 M sodium acetate, 25% PEG4000, 8% isopropanol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.54 Å R-free 0.200
4GVD Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with Syndecan1 Peptide 提交 2012-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 303–310（8 aa）片段：UNP residues 303-310	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1 M MES, 20% PEG8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.243
4GVD Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with Syndecan1 Peptide 提交 2012-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 303–310（8 aa）片段：UNP residues 303-310	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1 M MES, 20% PEG8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.243

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–12； UniProt 201–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6eje
沉积日期 deposition_date	2017-09-20
结构标题 title	Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide PAAEGSGEQDFT
关键词 keywords	Proteoglycan, Glycosyltransferase, Golgi, Xylosyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.46 Å
零角强度 I(0) i0	100113000.00
分子量 molecular_weight	78933.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98690 Å³
包络体积 envelope_volume	123300 Å³
水化壳体积 shell_volume	35793 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.14 Å
包络 Rg envelope_rg	28.39 Å
形状 Rg shape_rg	28.42 Å
总 Rg total_rg	29.30 Å
总原子数 total_atoms	10880
残基数 n_residues	704
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	100100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9070
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.493
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Xylosyltransferase 1
分子量 formula_weight	86122.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.26
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10991

APLVHHHHHHALDENLYFQGALADVSRPPHARKTGGSSPETKYDQPPKCDISGKEAISALSRAKSKHCRQEIGETYCRHKLGLLMPEKVTRFCPLEGKANKNVQWDEDSVEYMPANPVRIAFVLVVHGRASRQLQRMFKAIYHKDHFYYIHVDKRSNYLHRQVLQVSRQYSNVRVTPWRMATIWGGASLLSTYLQSMRDLLEMTDWPWDFFINLSAADYPIRTNDQLVAFLSRYRDMNFLKSHGRDNARFIRKQGLDRLFLECDAHMWRLGDRRIPEGIAVDGGSDWFLLNRRFVEYVTFSTDDLVTKMKQFYSYTLLPAESFFHTVLENSPHCDTMVDNNLRITNWNRKLGCKCQYKHIVDWCGCSPNDFKPQDFHRFQQTARPTFFARKFEAVVNQEIIGQLDYYLYGNYPAGTPGLRSYWENVYDEPDGIHSLSDVTLTLYHSFARLGLRRAETSLHTDGENSCRYYPMGHPASVHLYFLADRFQGFLIKHHATNLAVSKLETLETWVMPKKVFKIASPPSDFGRLQFSEVGTDWDAKERLFRNFGGLLGPMDEPVGMQKWGKGPNVTVTVIWVDPVNVIAATYDILIESTAEFTHYKPPLNLPLRPGVWTVKILHHWVPVAETKFLVAPLTFSNRQPIKPEEALKLHNGPLRNAYMEQSFQSLNPVLSLPINPAQVEQARRNAASTGTALEGWLDSLVGGMWTAMDICATGPTACPVMQTCSQTAWSSFSPDPKSELGAVKPDGRLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Syndecan-1
分子量 formula_weight	1208.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PAAEGSGEQDFT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	111

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.280 Å
晶胞边长 b length_b	86.720 Å
晶胞边长 c length_c	153.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.430 Å
最低分辨率 resolution_low	61.619 Å
R 因子 r_factor	0.1991
R_work r_work	0.1972
R_free r_free	0.2349

fit	/app/data/saxs_computation/ej/6eje/6eje.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ej/6eje/6eje.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ej/6eje/6eje.dat

Human Xylosyltransferase 1 in complex with peptide PAAEGSGEQDFT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xylosyltransferase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Syndecan-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)