SAXSdb — 6ejp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Yop proteins translocation protein U

Yersinia pestis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHATE ION × 2 CHLORIDE ION × 1 methyl 2-(5-methyl-2-phenyl-1,3-thiazol-4-yl)ethanoate × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHATE ION × 1 methyl 2-(5-methyl-2-phenyl-1,3-thiazol-4-yl)ethanoate × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YSCU_YERPE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–58； UniProt 211–263 作者链 B； PDB构建体 6–58； UniProt 211–263 作者链 C； PDB构建体 1–91； UniProt 264–354 作者链 D； PDB构建体 1–91； UniProt 264–354

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ejp
沉积日期 deposition_date	2017-09-22
结构标题 title	Yersinia YscU C-terminal fragment in complex with a synthetic compound
关键词 keywords	AUTOCLEAVAGE, TYPE III SECRETION SYSTEM, INHIBITOR, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ejp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ejp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ejp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.65 Å
Rg（电子密度）	23.15 Å
总 Rg	23.72 Å
原子数	1188
残基数	140
排除体积	21196 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ejp__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6ejp__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Yop proteins translocation protein U
分子量 formula_weight	6832.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2391

GPLGSIKELKMSKDEIKREYKEMEGSPEIKSKRRQFHQEIQSRNMRENVKRSSVVVAN

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia pestis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	632
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Yop proteins translocation protein U
分子量 formula_weight	10547.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

PTHIAIGILYKRGETPLPLVTFKYTDAQVQTVRKIAEEEGVPILQRIPLARALYWDALVDHYIPAEQIEATAEVLRWLERQNIEKQHSEML

来源 Source

来源生物 organism	Yersinia pestis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	632
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	methyl 2-(5-methyl-2-phenyl-1,3-thiazol-4-yl)ethanoate
分子量 formula_weight	247.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6ejpC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1690 — name from scop
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — secretion proteins EscU

结构域编号 domain_id	6ejpD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1690 — name from scop
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — secretion proteins EscU

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晶胞边长 a length_a	53.740 Å
晶胞边长 b length_b	69.650 Å
晶胞边长 c length_c	242.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	24
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.480 Å
最低分辨率 resolution_low	23.390 Å
R 因子 r_factor	0.2162
R_work r_work	0.2144
R_free r_free	0.2522

Yersinia YscU C-terminal fragment in complex with a synthetic compound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Yop proteins translocation protein U

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ejp__assembly_1__model_1

6ejp__assembly_1__model_1 | I(q)

6ejp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Yersinia YscU C-terminal fragment in complex with a synthetic compound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Yop proteins translocation protein U

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ejp__assembly_1__model_1

6ejp__assembly_1__model_1 | I(q)

6ejp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)