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6eo0

Zebrafish Sirt5 in complex with stalled peptidylimidate and bicyclic intermediate of inhibitory compound 29

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial

Danio rerio

UniProt Q6DHI5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 ;3-[[(~{Z})-~{C}-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]sulfanyl-~{N}-[(5~{S})-6-[[(2~{S})-3-(1~{H}-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-1-(propan-2-ylamino)propan-2-yl]amino]-6-oxidanylidene-5-(phenylmethoxycarbonylamino)hexyl]carbonimidoyl]amino]propanoic acid ; × 1 ;3-[[(2~{S},3~{a}~{R},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-2-[[(5~{S})-6-[[(2~{S})-3-(1~{H}-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-1-(propan-2-ylamino)propan-2-yl]amino]-6-oxidanylidene-5-(phenylmethoxycarbonylamino)hexyl]amino]-6-oxidanyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-2-yl]amino]propanoic acid ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 ;3-[[(2~{S},3~{a}~{R},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-2-[[(5~{S})-6-[[(2~{S})-3-(1~{H}-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-1-(propan-2-ylamino)propan-2-yl]amino]-6-oxidanylidene-5-(phenylmethoxycarbonylamino)hexyl]amino]-6-oxidanyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-2-yl]amino]propanoic acid ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 ;3-[[(2~{S},3~{a}~{R},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-2-[[(5~{S})-6-[[(2~{S})-3-(1~{H}-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-1-(propan-2-ylamino)propan-2-yl]amino]-6-oxidanylidene-5-(phenylmethoxycarbonylamino)hexyl]amino]-6-oxidanyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-2-yl]amino]propanoic acid ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 ZINC ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 ;3-[[(2~{S},3~{a}~{R},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-2-[[(5~{S})-6-[[(2~{S})-3-(1~{H}-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-1-(propan-2-ylamino)propan-2-yl]amino]-6-oxidanylidene-5-(phenylmethoxycarbonylamino)hexyl]amino]-6-oxidanyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-2-yl]amino]propanoic acid ; × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
4utn 4utr 4utv 4utx 4utz 4uu7 4uu8 4uua 4uub 5ojo 6enx 6eo0

共 17 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
4utn 4utr 4utv 4utx 4utz 4uu7 4uu8 4uua 4uub 5ojo 6fky 6fkz

共 13 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIR5_DANRE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–277； UniProt 28–298 作者链 B； PDB构建体 7–277； UniProt 28–298 作者链 C； PDB构建体 7–277； UniProt 28–298 作者链 D； PDB构建体 7–277； UniProt 28–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6eo0
沉积日期 deposition_date2017-10-08
结构标题 titleZebrafish Sirt5 in complex with stalled peptidylimidate and bicyclic intermediate of inhibitory compound 29
关键词 keywordsHydrolase, PTM, inhibitor, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6eo0__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6eo0__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6eo0__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）20.86 Å
Rg（电子密度）20.09 Å
总 Rg21.04 Å
原子数2225
残基数275
排除体积39358 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6eo0__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 6eo0__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 6eo0__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 6eo0__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd6eo0a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators
结构域编号 domain_idd6eo0a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6eo0b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators
结构域编号 domain_idd6eo0b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6eo0c1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators
结构域编号 domain_idd6eo0c2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6eo0d1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators
结构域编号 domain_idd6eo0d2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6eo0A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id6eo0A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
结构域编号 domain_id6eo0B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id6eo0B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
结构域编号 domain_id6eo0C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id6eo0C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
结构域编号 domain_id6eo0D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id6eo0D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
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7. 引用文献 (1)