SAXSdb — 6es1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type A

Clostridium botulinum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 874–1296	片段：Binding domain, UNP residues 874-1296	Synaptic vesicle glycoprotein 2C × 1 （Q496J9） ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.160 mM HcA2 (8.27 mg/mL), 0.160 mM SV2CL4 (2.24 mg/mL), 2 mM Sialylated Thomsen-Friedenreich carbohydrate antigen (Sialyl-T). Reservoir solution: 200 mM CaCl2, 100 mM MES pH 6.0, 20 % PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ES1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E1H Crystal Structure of recombinant Botulinum Neurotoxin Type A Light Chain, self-inhibiting Zn endopeptidase. 提交 2000-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 10–250（241 aa）片段：RESIDUES 10-250 链 B 251–416（166 aa）片段：RESIDUES 252-416 链 C 10–250（241 aa）片段：RESIDUES 10-250 链 D 251–416（166 aa）片段：RESIDUES 252-416	突变：YES 突变：YES	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION, DROP: 4UL 5MG/ML PROTEIN & 2UL WELL. PROTEIN: 0.05M TRIS PH 8.0,10% GLYCEROL, 0.1% TRITON X-100,1.0MM 2-ME,4% XYLITOL. WELL: 0.2M (NH4)2SO4,0.1M NAOAC PH 4.6, 25% PEG4000.	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
2G7K Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin, Serotype A Bound to small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；0.1M HEPES buffer, 30% PEG1500, 0.1M NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2G7K Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin, Serotype A Bound to small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；294 K；0.1M HEPES buffer, 30% PEG1500, 0.1M NaCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2G7N Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin Serotype A Bound to small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	未记录	ZN ZINC ION × 1 AG SILVER ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1 M Sodium cacodylate, 28% PEG4K, 0.2M ammonium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
2G7P Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin Serotype A Bound to Small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	突变：R362A, Y365F	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1M Sodium Citrate, 24% PEG4K, 0.2M Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
2G7P Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin Serotype A Bound to Small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	突变：R362A, Y365F	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1M Sodium Citrate, 24% PEG4K, 0.2M Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
2G7Q Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin Serotype A Bound to Small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	突变：R362A, Y365F	ZN ZINC ION × 1 AHL N-HYDROXY-L-ARGININAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1M Sodium Citrate, PEG4K, 0.2 M Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.41 Å R-free 0.261
2G7Q Structure of the Light Chain of Botulinum Neurotoxin Serotype A Bound to Small Molecule Inhibitors 提交 2006-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–425（424 aa）片段：Light Chain A, residues 2-425	突变：R362A, Y365F	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.1M Sodium Citrate, PEG4K, 0.2 M Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.41 Å R-free 0.261
5MOY Crystal structure of the BoNT/A2 receptor-binding domain in complex with the luminal domain of its neuronal receptor SV2C 提交 2016-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 871–1296（426 aa）片段：UNP residues 871-1296	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；285 K；20% PEG 8000, 65 mM Hepes	分辨率 2.30 Å R-free 0.251

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BXA2_CLOBO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 23–445； UniProt 874–1296

Synaptic vesicle glycoprotein 2C

Homo sapiens

UniProt Q496J9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 474–567	片段：luminal domain 4, UNP residues 474-567	Botulinum neurotoxin type A × 1 （Q45894） ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.160 mM HcA2 (8.27 mg/mL), 0.160 mM SV2CL4 (2.24 mg/mL), 2 mM Sialylated Thomsen-Friedenreich carbohydrate antigen (Sialyl-T). Reservoir solution: 200 mM CaCl2, 100 mM MES pH 6.0, 20 % PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ES1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4JRA CRYSTAL STRUCTURE OF THE BOTULINUM NEUROTOXIN A RECEPTOR-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH THE LUMINAL DOMAIN Of SV2C 提交 2013-03-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 456–574（119 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 6 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM Hepes pH 7.5, 6% PEG 8000, 8% Glycerol, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
4JRA CRYSTAL STRUCTURE OF THE BOTULINUM NEUROTOXIN A RECEPTOR-BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH THE LUMINAL DOMAIN Of SV2C 提交 2013-03-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 456–574（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；100 mM Hepes pH 7.5, 6% PEG 8000, 8% Glycerol, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
5JLV Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with human glycosylated SV2C 提交 2016-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 473–567（95 aa）片段：UNP residues 473-567	未记录	ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 4% polypropylene glycol P 400	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
5JLV Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with human glycosylated SV2C 提交 2016-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 473–567（95 aa）片段：UNP residues 473-567	未记录	ACT ACETATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 4% polypropylene glycol P 400	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
5MOY Crystal structure of the BoNT/A2 receptor-binding domain in complex with the luminal domain of its neuronal receptor SV2C 提交 2016-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 456–574（119 aa）片段：UNP residues 456-574	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；285 K；20% PEG 8000, 65 mM Hepes	分辨率 2.30 Å R-free 0.251

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SV2C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 24–117； UniProt 474–567

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6es1
沉积日期 deposition_date	2017-10-19
结构标题 title	Crystal structure of the binding domain from botulinum neurotoxin A2 bound to extracellular domain of human receptor SV2C
关键词 keywords	Receptor, Human, Clostridium botulinum, Binding domain, SV2C, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.54 Å
零角强度 I(0) i0	57401000.00
分子量 molecular_weight	60073.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75550 Å³
包络体积 envelope_volume	91056 Å³
水化壳体积 shell_volume	29115 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.45 Å
包络 Rg envelope_rg	26.61 Å
形状 Rg shape_rg	26.50 Å
总 Rg total_rg	27.42 Å
总原子数 total_atoms	4238
残基数 n_residues	515
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.9 Å
Rg (实空间) rg_real	27.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9106
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.205
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.684
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.947

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Botulinum neurotoxin type A
分子量 formula_weight	51643.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4647

MGSSHHHHHHSSGENLYFQGHMVNTSILSIVYKKDDLIDLSRYGAKINIGDRVYYDSIDKNQIKLINLESSTIEVILKNAIVYNSMYENFSTSFWIKIPKYFSKINLNNEYTIINCIENNSGWKVSLNYGEIIWTLQDNKQNIQRVVFKYSQMVNISDYINRWIFVTITNNRLTKSKIYINGRLIDQKPISNLGNIHASNKIMFKLDGCRDPRRYIMIKYFNLFDKELNEKEIKDLYDSQSNSGILKDFWGNYLQYDKPYYMLNLFDPNKYVDVNNIGIRGYMYLKGPRGSVVTTNIYLNSTLYEGTKFIIKKYASGNEDNIVRNNDRVYINVVVKNKEYRLATNASQAGVEKILSALEIPDVGNLSQVVVMKSKDDQGIRNKCKMNLQDNNGNDIGFIGFHLYDNIAKLVASNWYNRQVGKASRTFGCSWEFIPVDDGWGESSL

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1491
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Synaptic vesicle glycoprotein 2C
分子量 formula_weight	13878.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMERDKYANFTINFTMENQIHTGMEYDNGRFIGVKFKSVTFKDSVFKSCTFEDVTSVNTYFKNCTFIDTVFDNTDFEPYKFIDSEFKNCSFFHNKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	359

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6es1a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.6 — Clostridium neurotoxins, the second last domain

结构域编号 domain_id	d6es1a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.4 — STI-like
家族 Family family	b.42.4.2 — Clostridium neurotoxins, C-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6es1A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	6es1A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	6es1B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — E3 ubiquitin-protein ligase SopA

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.714 Å
晶胞边长 b length_b	122.108 Å
晶胞边长 c length_c	47.657 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	47.660 Å
R 因子 r_factor	0.1839
R_work r_work	0.1814
R_free r_free	0.2297

fit	/app/data/saxs_computation/es/6es1/6es1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/es/6es1/6es1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/es/6es1/6es1.dat

Crystal structure of the binding domain from botulinum neurotoxin A2 bound to extracellular domain of human receptor SV2C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Synaptic vesicle glycoprotein 2C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)