SAXSdb — 6exo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine protease

Trypanosoma brucei rhodesiense

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	1,2-ETHANEDIOL × 11 ;(3~{S},14~{E})-19-chloranyl-~{N}-(1-cyanocyclopropyl)-5-oxidanylidene-12,17-dioxa-4-azatricyclo[16.2.2.0^{6,11}]docosa-1(21),6(11),7,9,14,18(22),19-heptaene-3-carboxamide ; × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	1,2-ETHANEDIOL × 12 ;(3~{S},14~{E})-19-chloranyl-~{N}-(1-cyanocyclopropyl)-5-oxidanylidene-12,17-dioxa-4-azatricyclo[16.2.2.0^{6,11}]docosa-1(21),6(11),7,9,14,18(22),19-heptaene-3-carboxamide ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q95PM0_TRYBR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–215； UniProt 126–340 作者链 B； PDB构建体 1–215； UniProt 126–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6exo
沉积日期 deposition_date	2017-11-08
结构标题 title	Crystal Structure of Rhodesain in complex with a Macrolactam Inhibitor
关键词 keywords	Cysteine Protease, Papain-like Protease, Cathepsin L-like Protease, Endopeptidase, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6exo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6exo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6exo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.33 Å
Rg（电子密度）	16.12 Å
总 Rg	17.14 Å
原子数	1681
残基数	214
排除体积	29479 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6exo__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6exo__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine protease
分子量 formula_weight	22919.2 kDa
突变 mutation	S172A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3658

APAAVDWREKGAVTPVKDQGQCGSCWAFSTIGNIEGQWQVAGNPLVSLSEQMLVSCDTIDFGCGGGLMDNAFNWIVNSNGGNVFTEASYPYVSGNGEQPQCQMNGHEIGAAITDHVDLPQDEDAIAAYLAENGPLAIAVDATSFMDYNGGILTSCTSEQLDHGVLLVGYNDASNPPYWIIKNSWSNMWGEDGYIRIEKGTNQCLMNQAVSSAVVG

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei rhodesiense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31286
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(3~{S},14~{E})-19-chloranyl-~{N}-(1-cyanocyclopropyl)-5-oxidanylidene-12,17-dioxa-4-azatricyclo[16.2.2.0^{6,11}]docosa-1(21),6(11),7,9,14,18(22),19-heptaene-3-carboxamide ;
分子量 formula_weight	451.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	219

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6exoa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d6exob_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6exoA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	6exoB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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晶胞边长 a length_a	31.724 Å
晶胞边长 b length_b	49.813 Å
晶胞边长 c length_c	67.466 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	103.86 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	99.99 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	47.180 Å
R 因子 r_factor	0.1981
R_work r_work	0.1952
R_free r_free	0.2513

Crystal Structure of Rhodesain in complex with a Macrolactam Inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6exo__assembly_1__model_1

6exo__assembly_1__model_1 | I(q)

6exo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Rhodesain in complex with a Macrolactam Inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6exo__assembly_1__model_1

6exo__assembly_1__model_1 | I(q)

6exo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)