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6f9i

Crystal structure of KLC2 bound to the second tryptophan-acidic motif peptide from calsyntenin-1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 137.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinesin light chain 2

Mus musculus

UniProt Q91YS4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 191–481 链 B； UniProt 191–481 未记录 Calsyntenin-1 × 2 （Q9EPL2） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；298 K；0.893 M sodium potassium tartrate, 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole pH 8.0 分辨率 3.99 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6F9I Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3ZFW Crystal structure of the TPR domain of kinesin light chain 2 in complex with a tryptophan-acidic cargo peptide 提交 2012-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 218–480（263 aa） 片段：TPR DOMAIN, RESIDUES 218-477
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.10 M MES PH 6.5, 0.2 L-PROLINE, 7% PGA
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
3ZFW Crystal structure of the TPR domain of kinesin light chain 2 in complex with a tryptophan-acidic cargo peptide 提交 2012-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 218–480（263 aa） 片段：TPR DOMAIN, RESIDUES 218-477
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.10 M MES PH 6.5, 0.2 L-PROLINE, 7% PGA
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
5FJY Crystal structure of mouse kinesin light chain 2 (residues 161-480) 提交 2015-10-14 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 161–480（320 aa） 片段：TPR DOMAIN WITH N-TERMINAL EXTENSION
链 B 161–480（320 aa） 片段：TPR DOMAIN WITH N-TERMINAL EXTENSION
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；8% (W/V) PGA-LM 0.3 M NA-MALONATE 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5
分辨率 4.00 Å R-free 0.261
5FJY Crystal structure of mouse kinesin light chain 2 (residues 161-480) 提交 2015-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 161–480（320 aa） 片段：TPR DOMAIN WITH N-TERMINAL EXTENSION
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；8% (W/V) PGA-LM 0.3 M NA-MALONATE 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5
分辨率 4.00 Å R-free 0.261
5OJF Crystal Structure of KLC2-TPR domain (fragment [A1-B6] 提交 2017-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 190–484（295 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；12 % PEG 3350, 0.5 M Phos. pH 7.5 Glycerol 25 %
分辨率 3.40 Å R-free 0.264
5OJF Crystal Structure of KLC2-TPR domain (fragment [A1-B6] 提交 2017-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 190–484（295 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；12 % PEG 3350, 0.5 M Phos. pH 7.5 Glycerol 25 %
分辨率 3.40 Å R-free 0.264
5OJF Crystal Structure of KLC2-TPR domain (fragment [A1-B6] 提交 2017-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 190–484（295 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；12 % PEG 3350, 0.5 M Phos. pH 7.5 Glycerol 25 %
分辨率 3.40 Å R-free 0.264
6EJN The KLC2 TPR domain bound to the JIP3 leucine zipper domain 提交 2017-09-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 191–479（289 aa）
链 B 191–479（289 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；20% PEG 3350 0.2 M NaCSN
分辨率 3.20 Å R-free 0.210

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q91YS4_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–293； UniProt 191–481 作者链 B； PDB构建体 3–293； UniProt 191–481

Calsyntenin-1

物种未注明

UniProt Q9EPL2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 965–979 链 X； UniProt 965–979 未记录 Kinesin light chain 2 × 2 （Q91YS4） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；298 K；0.893 M sodium potassium tartrate, 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole pH 8.0 分辨率 3.99 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSTN1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–15； UniProt 965–979 作者链 X； PDB构建体 1–15； UniProt 965–979

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6f9i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6f9i
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6f9i
沉积日期 deposition_date2017-12-14
结构标题 titleCrystal structure of KLC2 bound to the second tryptophan-acidic motif peptide from calsyntenin-1
关键词 keywordskinesin, cargo, activation, transport, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.11 Å
零角强度 I(0) i061657800.00
分子量 molecular_weight61497.0 kDa
排除体积 excluded_volume76579 ų
包络体积 envelope_volume114490 ų
水化壳体积 shell_volume27419 ų
包络直径 envelope_diameter139.6 Å
壳层 Rg shell_rg38.99 Å
包络 Rg envelope_rg39.38 Å
形状 Rg shape_rg40.14 Å
总 Rg total_rg39.94 Å
总原子数 total_atoms8650
残基数 n_residues544
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax137.8 Å
Rg (实空间) rg_real40.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61630000.0000
解质量估计 total_estimate0.7197
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1 Å
偏度 Skewness skewness0.486
峰度 Kurtosis kurtosis-0.615
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2681000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.544; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.262; Smooth: 0.457
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)