6fdt

NMR structure of the second TPR domain of the human RPAP3 protein in complex with HSP70 peptide SGPTIEEVD

Method: SOLUTION NMR
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II-associated protein 3

Homo sapiens

UniProt Q9H6T3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Heat shock 70 kDa protein 1B × 1 (P0DMV9) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAP3_HUMAN
Isoform Q9H6T3-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–120; UniProt 281–396

Heat shock 70 kDa protein 1B

Homo sapiens

UniProt P0DMV9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 RNA polymerase II-associated protein 3 × 1 (Q9H6T3) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HS71B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–9; UniProt 633–641

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6fdt
沉积日期 deposition_date2017-12-26
结构标题 titleNMR structure of the second TPR domain of the human RPAP3 protein in complex with HSP70 peptide SGPTIEEVD
关键词 keywordsTPR HSP RUVBL Polymerase, chaperone; CHAPERONE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6fdt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6fdt__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6fdt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)15.44 Å
Rg(电子密度)14.52 Å
总 Rg15.78 Å
原子数2018
残基数129
排除体积17859 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6fdt__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 6fdt__assembly_1__model_2 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 6fdt__assembly_1__model_3 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 6fdt__assembly_1__model_4 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 6fdt__assembly_1__model_5 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 6fdt__assembly_1__model_6 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 6fdt__assembly_1__model_7 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 6fdt__assembly_1__model_8 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 9 6fdt__assembly_1__model_9 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 10 6fdt__assembly_1__model_10 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 11 6fdt__assembly_1__model_11 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 12 6fdt__assembly_1__model_12 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 13 6fdt__assembly_1__model_13 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 14 6fdt__assembly_1__model_14 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 15 6fdt__assembly_1__model_15 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 16 6fdt__assembly_1__model_16 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 17 6fdt__assembly_1__model_17 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 18 6fdt__assembly_1__model_18 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 19 6fdt__assembly_1__model_19 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 20 6fdt__assembly_1__model_20 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6fdta1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.8 — TPR-like
家族 Family familya.118.8.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6fdta2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6fdtA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
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7. 引用文献 (1)