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6fdy

Unc-51-Like Kinase 3 (ULK3) In Complex With Bosutinib

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase ULK3

Homo sapiens

UniProt Q6PHR2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 U； UniProt 2–277 未记录 DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5; 0.2 M sodium citrate; 30% PEG400 分辨率 1.70 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6FDY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4WZX ULK3 regulates cytokinetic abscission by phosphorylating ESCRT-III proteins 提交 2014-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 359–449（91 aa） 片段：MIT 2 domain (UNP residues 359-449)
未记录 CO COBALT (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；50mM MES pH 6.5, 5mM Cobalt chloride, 800mM ammonium sulfate
分辨率 1.39 Å R-free 0.180
6FDZ Unc-51-Like Kinase 3 (ULK3) In Complex With Momelotinib 提交 2017-12-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 U 2–277（276 aa）
未记录 C87 Momelotinib × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 30% 2-propanol
分辨率 2.55 Å R-free 0.301

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ULK3_HUMAN
Isoform Q6PHR2-3
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 1–276； UniProt 2–277

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6fdy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6fdy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6fdy
沉积日期 deposition_date2017-12-27
结构标题 titleUnc-51-Like Kinase 3 (ULK3) In Complex With Bosutinib
关键词 keywordsKinase Inhibitor DFG-in, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.14 Å
零角强度 I(0) i015187200.00
分子量 molecular_weight30153.0 kDa
排除体积 excluded_volume38067 ų
包络体积 envelope_volume45274 ų
水化壳体积 shell_volume19829 ų
包络直径 envelope_diameter65.7 Å
壳层 Rg shell_rg25.46 Å
包络 Rg envelope_rg19.30 Å
形状 Rg shape_rg19.11 Å
总 Rg total_rg20.19 Å
总原子数 total_atoms2119
残基数 n_residues261
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.3 Å
Rg (实空间) rg_real20.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15190000.0000
解质量估计 total_estimate0.7322
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.3 Å
偏度 Skewness skewness0.204
峰度 Kurtosis kurtosis-0.416
角度范围 angular_range— – 0.3950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3652000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.260; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.998
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6fdyu_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6fdyU01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6fdyU02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)